Mycobacterium tuberculosis kompleks ve rifampisin direncinin saptanmasında hızlı moleküler yöntemle konvansiyonel yöntemlerin karşılaştırılması
Comparison of A rapid molecular method with conventional methods for detection of mycobacterium tuberculosis complex and rifampicin resistance
- Tez No: 463931
- Danışmanlar: PROF. DR. NURAN ESEN
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Mikroskopi, Mycobacterium tuberculosis, Rifampin, Teşhis, Teşhis teknikleri ve prosedürleri, Teşhis testleri, Tüberküloz, İlaçlara direnç, İlaçlara direnç-mikrobiyal, Microscopy, Mycobacterium tuberculosis, Rifampin, Diagnosis, Diagnostic techniques and procedures, Diagnostic tests, Tuberculosis, Drug resistance, Drug resistance-microbial
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı'nda kullanılan GeneXpert MTB/RIF (GX) testinin Mycobacterium tuberculosis kompleks (MTK) tanısı ve rifampisin (RIF) direncinin saptanmasındaki performansının mikroskobi ve kültür yöntemleri ile karşılaştırılarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Dokuz Eylül Üniversitesi Hastanesi Merkez Laboratuvarı Mikobakteriyoloji Birimine, Haziran 2012 ile Kasım 2016 tarihleri arasında, tüberküloz (TB) ön tanısı ile 12086 klinik örnek gönderilmiştir. Bunlardan 1361'i solunum yolu, 2838'i solunum yolu dışı olmak üzere toplam 4199 örneğe klinik istem doğrultusunda Kinyoun boyalı mikroskobik inceleme ve kültür yöntemleri ile birlikte GX testi de çalışılmış ve elde edilen sonuçlar retrospektif olarak değerlendirilmiştir. GX testi ve Kinyoun boyalı mikroskobik inceleme sonuçları, kültür sonuçları (BACTEC MGIT 960 sistemi ve Löwenstein-Jensen besiyeri) ile karşılaştırılarak değerlendirilmiştir. GX testi ile elde edilen RIF direncini belirleyen mutasyon sonuçları ile kültürde MTK üremesi saptanan izolatların RIF duyarlılığı MGIT 960 yöntemi ile karşılaştırılmıştır. MTK saptanmasında kültür yöntemleri referans alındığında; GX testinin duyarlılığı %74.5, özgüllüğü %99.1, pozitif öngörü değeri (PÖD) %68.9 ve negatif öngörü değeri (NÖD) %99.3 olarak bulunmuştur. GX testinin duyarlılığı ve özgüllüğü sırasıyla; solunum yolu örnekleri için %82.7 ve %98.7; solunum yolu dışı örnekler için ise %67.2 ve %99.3 olarak hesaplanmıştır. GX testinin mikroskobik incelemede ARB pozitif örneklerde duyarlılığı %100 ve özgüllüğü %64.3; ARB negatif örneklerde ise duyarlılığı %69.6 ve özgüllüğü %99.2 olarak belirlenmiştir. Mikroskobik incelemenin duyarlılık ve özgüllüğü sırasıyla; tüm örnekler için %16.4 ve %99.7; solunum yolu örnekleri için %28.8 ve %99.2; solunum yolu dışı örnekler için %5.2 ve %99.9 olarak hesaplanmıştır. Tüm örneklerde ve solunum yolu ile solunum yolu dışı örneklerde GX testi ile mikroskobik incelemenin duyarlılıkları arasındaki fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur (p<0.001). MGIT yöntemi ile elde edilen RIF duyarlılık sonuçları referans alındığında, GX testinin RIF direncini saptamadaki duyarlılığı %100, özgüllüğü %95.8, PÖD %25 ve NÖD %100 olarak hesaplanmıştır. Sonuç olarak, GX testinin özellikle mikroskobik incelemede ARB görülen örneklerde güvenilirliği yüksek olup, kolay uygulanabilirliği, iki saat içinde doğrudan klinik örnekten MTK DNA'sı ve RİF direncini birlikte saptayabilmesi, mikroskobik incelemeye göre duyarlılığının daha yüksek olması göz önünde bulundurulduğunda TB hızlı tanısında yararlı bir yöntem olduğu sonucuna varılmıştır. Ancak, test sonuçlarının daima kültür ve fenotipik ilaç duyarlılık testi sonuçlarıyla doğrulanması önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
The objective of this study was to evaluate the performance of the Gene-Xpert MTB/RIF (GX) assay for detection of Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) and rifampicin (RIF) resistance and compare with microscopy and culture methods in Dokuz Eylul University Hospital Central Laboratory. 12086 clinical samples were sent to the Mycobacteriology Unit of Dokuz Eylül University Hospital Central Laboratory with preliminary tuberculosis (TB) diagnosis, between June 2012 and November 2016. A total of 4199 specimens, 1361 of which were pulmonary and 2838 of which were extra pulmonary were stained by Kinyoun method for microscopic examination and applied culture methods in addition to GX test. Results were evaluated retrospectively. GX test and Kinyoun stained microscopic examination results were compared with culture results (BACTEC MGIT 960 system and Lowenstein-Jensen medium). The isolates identified in culture as MTC were evaluated by MGIT 960 method for RIF sensitivity testing. For the detection of MTC; sensitivity, specificity, positive and negative predictive values of GX assay were 74.5%, 99.1%, 68.9% and 99.3%, respectively when culture results were used as reference The sensitivity and specificity of GX test were 82.7% and 98.7% for pulmonary specimens; 67.2% and 99.3% for extra pulmonary specimens, respectively. The sensitivity and specificity of GX test for acid-fast bacilli (AFB) positive samples were 100% and 64.3%, and for AFB negative samples were 69.6% and 99.2%, respectively. The sensitivity and specificity of microscopic examination were 16.4% and 99.7% for all specimens, 28.8% and 99.2% for pulmonary; and 5.2% and 99.9% for extra pulmonary specimens, respectively. The difference between the sensitivities of the GX assay and the microscopic examination was found to be statistically significant (p <0.001) for all samples, pulmonary and extra pulmonary samples. For the detection of RIF resistance; sensitivity, specificity, positive and negative predictive values of GX test were 100%, 95.8%, 25% and 100%, respectively, when MGIT method used as gold standard. In conclusion, GX assay is a useful assay for rapid diagnosis of tuberculosis considering that the test is reliable for the diagnosis of TB especially for AFB smear-positive samples. GX test is easy to apply and directly detects MTC DNA and resistance to RIF within 2 hours and is superior in sensitivity than microscopic examination. However, test results should always be confirmed by culture and phenotypic drug susceptibility test methods.
Benzer Tezler
- Mycobacterium tuberculosis klinik izolatlarında ilaç direncinin multipleks“Real-Time PCR”yöntemiyle saptanması
Detection of drug resistance in mycobacterium tuberculosis clinical isolates by multiplex Real-Time PCR
FATMA NUR AKDOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZEYNEP SARIBAŞ
- Tüberküloz tanısında ve çok ilaca direncin (MDR) belirlenmesinde microscopic-observation drug susceptibility (MODS) yönteminin değeri
The value of microscopic-observation drug susceptibility (MDOS) assay in the diagnosis of tuberculosis and detection of multidrug resistance (MDR)
DENİZ SERTEL ŞELALE
Doktora
Türkçe
2015
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELTEM UZUN
- Tüberküloz basillerinin izolasyonunda, identifikasyonunda ve antimikrobiyal direncin saptanmasında bactec mgıt 960 ve bactec 460tb kültür sistemlerinin karşılaştırılması
Comporison of the bactec mgıt 960 and bactec 460tb culture systems for recovery, identification and drug susceptibility testing of mycobacterium tuberculosis
NURAY ÇALIŞKAN GÜRSEV
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
MikrobiyolojiCelal Bayar ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURİ ÖZKÜTÜK
- Mycobacterıum tuberculosıs suşlarında primer antitüberküloz ilaç direncinin BACTEC MGIT 960 sistemi ile araştırılması
Invastigation of primary antitüberculosis drug resistance using BACTEC MGIT 960 system in mycobacterium tuberculosis strains
MEVLİYE ZEKİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
MikrobiyolojiHarran ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FADİLE YILDIZ ZEYREK
- Tüberküloz basilleri kompleks'inin izoniazid ve rifampisin duyarlılıklarının real-time PCR floresans rezonans enerji transferi) yöntemi ile araştırılması
Identification of susceptibilities isoniazid and rifampicin by real-time PCR (fluorescence resonance energy transfer) in tuberculosis bacilli complex
MERYEM ÇETİN
Doktora
Türkçe
2002
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MURAT GÜNAYDIN