Molecular phylogenetics of Turkish Salix L. species
Türkiye Salix L. türlerinin moleküler filogenisi
- Tez No: 461906
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Filogeni, Salix, Phylogeny, Salix
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Türkiye'de doğal olarak yayılış gösteren Salix cinsine ait türlerde, evrimsel ilişkileri ortaya çıkarmak için kloroplast (trnT-F, matK and rbcL) ve nükleer genom bölgeleri (ITS) kullanılmıştır. Morfolojik analizler ise Temel Bileşenler Analizi (PCA) ile gerçekleştirilmiştir. Türkiye'deki Salix L. türlerine ait kloroplast ve nükleer gen bölgeleri dizi verileri, alt cins seviyesinde (altcins Salix ve Vetrix) sınıflandırma yapabilmektedir. Morfolojik ve genetik verilere göre Türkiye söğütlerinin iki alt cinste gruplandığı ve geleneksel taksonomik kavramı ile uyumlu olduğu görülmüştür. Kloroplast bölgesinin iki kodlanan geni (matK ve rbcL) korunmuş iken, kloroplastta kodlanmayan (trnT-F) ve çekirdek (ITS) genlerinin evrimleşme hızının Türkiye Salix türleri için yüksek olduğu gözlenmiştir. Türkiye söğüt türleri çok iyi desteklenen iki grup (altcins Salix ve Vetrix) kloroplast DNA açısından monofiletik veya çekirdek DNA'ya göre potensiyel olarak monofiletiktir. Biyocoğrafik olarak altcins Vetrix türleri yüksek rakım ve serin iklimlerde bulunurken, altcins Salix türleri daha ılıman iklimlere uyum göstermektedir. S.acmophylla genelde altcins Salix grubu üyelerinden uzak konumlanmaktadır. Altcins Vetrix grubuna dahil olan S. rizeensis ve S. amplexicaulis türlerinin altcins Salix'te yer alması, altcins Salix'in diğer üyeleri ile ortak yaşam alanlarında doğal melez yapması ile açıklanabilir. Yeni Dünya (Amerika kıtası) ve Eski Dünya (Asya kıtası) Salix türleri, oluşturulan bütün filogenetik ağaçlarda Türkiye türleri arasında dağılım göstermişlerdir. Altcins Salix-Eski Dünya ve altcins Vetrix-Yeni Dünya arasındaki yakın moleküler ilişki, coğrafik dağılımdan çok taksonomik ilişki ile belirlenmektedir. Türkiye Salix altcinslerinin diğerlerinden yakın zamanda (geç Pliosen) farklılaştığı düşünülmektedir. Türkiye'ye özgü Salix türlerinde gözlenen yüksek haplotip çeşitliliği, kloroplast introgresyonu ve türleşmenin henüz tamamlanmamış olması ile açıklanabilir.
Özet (Çeviri)
Chloroplast (trnT-F, matK and rbcL) and nuclear genome (ITS) regions were used to explore the evolutionary relationships of Salix species which are native to Turkey. Morphological analysis with the utilization of Principal Component Analysis (PCA) was also carried out. Such a combined sequence data from cpDNA and nrDNA genes enabled reliable subgenus-level classification of Turkish willows (subgenus Salix and Vetrix). Morphological and genetic results agree with traditional taxonomic concepts in clustering of two subgenera. Two coding cpDNA gene regions (matK and rbcL) are found as conserved whereas non-coding cpDNA (trn T-F) and nrDNA (ITS) evolved rapidly for Turkish Salix. Turkish willow species appear to be a monophyletic (cpDNA) or potentially monophyletic (nrDNA) with having two well supported clades. Biogeographically, subg. Vetrix species are located in high altitude and cool climate whereas subg. Salix species are in warmer climate. S. acmophylla is always located at distant positions of subg. Salix clade. The appearance of the subg. Vetrix members (S. rizeensis and S. amplexicaulis) in subg. Salix clade can be explained by occurrence of natural hybrids with species from subg. Salix in shared habitat. New World (America) and Old World (Asia) Salix species are scattered throughout Turkish subgenera in all phylogenetic trees. The close molecular relations between subg. Salix-OWS and subg. Vetrix-NWS were determined by taxonomical relations, rather than geographical distribution. Turkish subgenera were diverged from others in late Pliocene. Chloroplast introgression and incomplete lineage sorting events in Salix species of Turkey may explained the high haplotype diversity in the genus.
Benzer Tezler
- Molecular phylogenetics of Turkish abies (Pinaceae) species based on matK gene regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki matK gen bölgesinin karşılaştırılması yapılarak Türkiye göknarlarının filogenetik analizi
MEVLÜDE ALEV ATEŞ
- Molecular phylogenetic position of Turkish abies (Pinaceae) based on noncoding trn regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak Türkiye göknarının filogenetik analizi
FUNDA ÖZDEMİR DEĞİRMENCİ
- Türkiye'de dağılım gösteren Gadidae türlerinin mtDNA sekans analiz yöntemiyle moleküler filogenetik yapısının belirlenmesi
Identification of molecular phylogenetic of Gadidae species from Turkish waters by mtDNA sequence analysis
ÜMİT GÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Balıkçılık TeknolojisiOrdu ÜniversitesiBalıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. YILMAZ ÇİFTCİ
- Türkiye denizlerinde bulunan Scombridae familyasına ait türlerin moleküler filogenetiği
Molecular phylogeny of the species belonging to Scombridae family in Turkish waters
DİLRUBA SEYHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
GenetikMustafa Kemal ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. CEMAL TURAN
- Phylogenetic analysis and phylogeographic structure of Cynips quercusfolii (Hymenoptera:Cynipidae) as inferred from mtDNA and nDNA sequences
Cynips quercusfolii'nin (Hymenoptera:Cynipidae) filogenetik analizi ve filocoğrafik yapısının mtDNA ve nDNA sekans yoluyla araştırılması
SERDAR DİNÇ
Doktora
İngilizce
2017
BiyolojiAbant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP MUTUN