Array-CGH analizlerinde saptanan de novo değişimlerin konfirmasyonunda kullanılan tekniklerin standardizasyonu
Standardization of techniques used in the confirmations of the de novo changes which was detected in array-CGH analysis
- Tez No: 458339
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BİRSEN KARAMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: FISH, Genetik, Kromozom düzensizlikleri, Kromozomlar, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Sitogenetik, FISH, Genetics, Chromosome aberrations, Chromosomes, Polymerase chain reaction, Cytogenetics
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Pre/postnatal dönemde kromozom anomalileri için artmış risk taşıyan popülasyonlarda sayısal ve yapısal kromozom anomalilerinin tanısında klasik sitogenetik teknikler“Gold Standard”olarak kabul edilmekle birlikte; <5 Mb'ın altındaki anomalilerin tanısında yetersiz kalmaktadır. Çeşitli probların kullanımıyla hedefe yönelik uygulanan FISH tekniği ile kromozom anomalilerinin tanısında aşama kaydedilmiş ancak, non-spesifik bulgularla başvuran olgularda bu teknik de bekleneni verememiştir. Son yıllarda, klasik sitogenetik yöntemler ve FISH ile tespit edilemeyen 3-5 Mb'dan daha küçük submikroskobik değişimlerin araştırılmasında a-CGH yöntemi kullanılmaktadır. a-CGH, genomik dengesizliklerin DNA düzeyinde araştırılabilmesine olanak sağlayan bir tekniktir. Hücre kültürüne gerek duyulmaması, az miktarda DNA örneği ile çalışılabilmesi, genomdaki değişiklikleri kilobaz düzeyinde saptayabilmesi açısından diğer tekniklere üstünlük sağlamaktadır. Tekniğin bu avantajlarının yanı sıra saptanan her değişimin teknikten kaynaklı bir hataya bağlı olup olmadığının ya da fenotipik etkisinin kesin olarak bilinmemesi gibi dezavantajları bulunmaktadır. Veritabanlarından yararlanılarak daha önce tanımlanmış hastalık ilişkili veya varyant olduğu kesinleşmiş değişimlerin analizi kolaylıkla yapılabilirken, de novo değişimlerin ek testlerle doğrulanması gerekmektedir. Bu amaçla, değişimin ne olduğuna bağlı olarak FISH, gerçek zamanlı kantitatif PZR ve MLPA gibi teknikler kullanılmaktadır. Bu tez kapsamında, a-CGH çalışmalarında de novo değişim saptanan 10 olguda (9 postnatal, 1 prenatal) değişim bölgesine göre FISH, gerçek zamanlı kantitatif PZR veya ikinci bir array platformu ile konfirmasyon çalışmaları yapılmıştır (4 olguda gerçek zamanlı kantitatif PZR, 4 olguda FISH, 1 olguda ikinci bir array platformu, 1 olguda ise hem gerçek zamanlı kantitatif PZR hem de ikinci bir array platformu). Çalışmalarda; 8 olgunun değişimi doğrulanarak fenotiple ilişkisi kesinleştirilmiş, 2 olguda ise değişimin tekniğe bağlı hibridizasyon hatalarından kaynaklandığı sonucuna varılmıştır.
Özet (Çeviri)
Although conventional cytogenetic techniques are regarded as“Gold standard”for pre/postnatal diagnosis of chromosomal abnormalities, these are limited to a resolution of 5-10 Mb. Application of target-specific FISH techniques, the diagnostic ratio of chromosomal abnormalites has increased, but it's inadequate for non-specific findings. Recently, a-CGH technique overcomes those limitations and is used to detect submicroscopic changes and provides a locus by locus measure of DNA copy-number variations. Array-CGH technique has advantages such as: 1) no need for dividing cells, 2) a small amount of DNA template is sufficient and 3) can detect changes in the range of kilobase unit in DNA. There are also some disadvantages that it is not known whether the origin of each change due to a technical error, or precisely determined for each change of the phenotypic effect. There will be a correlation between genotype and phenotype with using a variety of databases that has some changes associated with the known previously identified disease or variant. However, de novo changes have to be ascertained whether the clinical effect of the change. So, the detected change has to be confirmed with using techniques such as FISH, Real-Time qPCR and MLPA. The scope of the thesis is confirmation of de novo changes detected in 10 cases by a-CGH technique by using techniques such as FISH, Real-Time qPCR or second array platform. At the end of the studies, changes of the 8 cases were confirmed, but changes in the remaining 2 were not confirmed.
Benzer Tezler
- Tekrarlayan gebelik kaybı olan olgularda array CGH analizinin yeri ve önemi
The importance and diagnostic value of array CGH analysis in recurrent pregnancy loss couples
ONUR YILDIZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
GenetikÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA SILAN
- Prematür over yetmezliği olgularında genomik kopya sayısı değişikliklerinin array CGH yöntemi ile değerlendirilmesi
Assessing copy number variations by array CGH in cases with premature ovarian failure
HALİME KÜÇÜK
Doktora
Türkçe
2015
GenetikEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN
- İntrauterin gebelik kayıpları olan çiftlerde fetal materyallerinin moleküler etiyolojik sebepler açısından karşılaştırmalı genomik mikrodizin (mikroarray-cgh) yöntemi ile analizleri
The analysis of fetal materials for molecular ethiological parameters in couples with intrauterine pregnancy loss by comperative genomic hybridisation (microarray-cgh) technique
BARIŞ PAKSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Moleküler TıpÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZTÜRK ÖZDEMİR
- Kronik lenfositik lösemi olgularında 13Q delesyon büyüklüğünün CGH+SNP array yöntemi ile araştırılması
Investigation of 13q deletion size in patients with chronic lymphocytic leukemia by CGH + SNP array method
SEVGİ IŞIK
Doktora
Türkçe
2020
GenetikEskişehir Osmangazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEYHAN DURAK ARAS
- Non-sendromik (primer) otizm hastalarında CGH-array çalışması
CGH-array study in non-syndromic (primary) autism patients
KUDRET ESEN GÜMÜŞLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Moleküler TıpKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
DOÇ. DR. BÜLENT KARA