CACO2 kolon kanseri hücrelerinde ultra performanslı sıvı kromatografisi-kütle spektroskopisi bazlı proteomik çalışmalar
Ultra performance liquid chromatography-mass spectroscopy based proteomics studies on CACO2 colon cancer cells
- Tez No: 454004
- Danışmanlar: PROF. DR. SACİDE ALTINÖZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Biyokimya, Eczacılık ve Farmakoloji, Chemistry, Biochemistry, Pharmacy and Pharmacology
- Anahtar Kelimeler: Hemostatikler, Kolon neoplazmları, Kromatografi-yüksek basınçlı-sıvı, Manyetik rezonans spektroskopi, Neoplazmlar, Proteomik, Hemostatics, Colonic neoplasms, Chromatography-high pressure-liquid, Magnetic resonance spectroscopy, Neoplasms, Proteomics
- Yıl: 2017
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Analitik Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kanser günümüz dünyasında teşhis ve tedavisi en zor hastalıkların başında gelmektedir. Yeni geliştirilen omik teknolojilerinden proteomik çalışmalar özellikle kanser üzerine yapılan genomik çalışmaları tamamlamakta ve kanseri protein seviyesinde inceleyerek kanser oluşum mekanizmalarının aydınlatılmasında, hastalığın teşhis ve tedavisinde klinik çalışmalara destek vermektedir. Bugün dünyada sıvı kromatografisi bazlı proteomik çalışmalar nano sıvı kromatografisi ile yapılmaktadır. Nano sıvı kromatografisi yüksek duyarlılık sağlamasına karşın kontrol edilmesi oldukça güç sistemlerdir. Bu tez çalışması temel olarak iki kısımdan oluşmaktadır; birinci kısımda nano sıvı kromatografisinin gösterdiği dezavantajları ortadan kaldırarak daha güvenilir sonuçlar verebilen standart protein sığır serum albumin kullanılarak ultrabasınçlı sıvı kromatografik yöntem geliştirilmesi ve valide edilmesi planlanmıştır. Geliştirilen ve valide edilen bu yöntem kullanılarak CaCo2 kolon kanseri hücrelerinde bulunan protein ve peptitlerin nitel ve yarı nicel analizleri yapılmıştır. Tez çalışmasının ikinci kısmında bitkisel temelli hemostatik ajanın CaCo2 kolon kanseri hücreleri üzerindeki çoğalmayı durdurucu etkileri geliştirilen ultra basınçlı sıvı kromatografisi ile birlikte kuadrupol uçuş zamanlı kütle spektroskopisi yöntemi kullanılarak incelenmiştir. Sonuçlar Maxquant programı ile değerlendirilmiştir.Yapılan analizler sonucunda tez çalışmasının amaçları içinde yer alan bitkisel temelli hemostatik ajanın CaCo2 kolon kanseri hücreleri üzerinde hangi yolakları etkilediği ve hangi önemli kanser hedefleri üzerinde hücre proliferasyonu etki gösterdiği, bu etkiye karşı hücrenin hangi savunma yolaklarını kullandığı ve bu ajana karşı nasıl direnç geliştirdiği proteomik açıdan incelenmiştir. Çalışmalarda bitkisel temelli hemostatik ajan kullanılması ile bir çok proteinin azalarak ve çoğalarak etkilendiği ve miktarının değiştiği saptanmıştır.
Özet (Çeviri)
Cancer is the one of the most difficult disease to detect and treat. By omic technologies it has been analyzed at molecular level about cancer. Among the omic technologies Proteomic, has been studied intensively worldwide, is a interdisciplinary area. Especially proteomics studies, which investigate about cancer at protein level, provide more information to support genomics results and clinic studies for cancer progression, detection and treatment. Liquid chromatography based proteomics researches have been making by using nano liquid chromatography. Although it gives more sensitivity, it has some drawbacks and is very difficult to control. In this thesis there are two man objectives. Firstly it has been tried to develop new ultra pressure liquid chromatography method to correct the drawbacks of nano liquid chromatography and to get reliable results. Bovine serum albumin was used as a standard protein to develop new analytical method and insight of the bovine serum albumin results CaCo2 colon cancer cell line was investigated. In second part of thesis effect of plat based hemostatic agent on colon cancer was investigated with new developed analytical method. Ultra pressure liquid chromatography was followed quadruple time of flight mass spectrometry. Mass spectroscopy results were evaluated with Maxquant. It was evaluated cancer targets and cancer pathways that are affected by hemostatic agent in colon cancer cells.
Benzer Tezler
- Lösemi ve kolon kanseri hücrelerinde yeni bir proteozom inhibitörü olan MLN9708'in antineoplastik etkilerinin araştırılması
Investigation of antineoplastic effects of new proteasome inhibitor MLN9708 in leukemia and colon cancer cells
SELİN ENGÜR
- Induction of partial EMT with nutrient restriction and lysosomal alkalinization in caco-2 colorectal cancer cells
Caco-2 kolon kanseri hücrelerinde besin açlığı ve lizozomal alkalizasyon ile kısmi EMT indüksiyonu
HEPŞEN HAZAL HÜSNÜGİL
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SREEPARNA BANERJEE
- Hepg2, CACO-2 ve HT-29 kanser hücrelerinde 2D jel elektroforez ve MALDI-TOF/TOF-MS ile ankaferd hemostat' ın in-vitro antineoplastik etkisinin proteomik açıdan araştırılması
Nenni, m. proteomic investigation of in-vitro antineoplastic effect of ankaferd hemostat with 2d gel electrophoresis and maldi-TOF/TOF-MS in HEPG2, CACO-2 and HT-29 cancer cells
MERVE NENNİ
- Zencefilin kolon kanseri hücrelerinde total oksidan ve total antioksidan seviyeleri (TOS/TAS) üzerindeki etkileri
Effects of ginger on total oxidant and antioxydant levels (TOS/TAS) in colon cancer cells
KADRA LIBAN ABDI KADRA LIBAN ABDI
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. PINAR ARSLAN
- Investigation of the effect of sodium butyrate on the regulation of cyclooxygenase-2 in colon cancer cell lines CACO-2 and HT-29
CACO-2 VE HT-29 kolon kanseri hücre hatlarında sodyum bütirat muamelesinin sıiklooksıijenaz-2 regülasyonu üzerine etkisinin araştırılması
DOĞUKAN HAZAR ÜLGEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SREEPARNA BANERJEE