Kantitatif özelliklerde genomik değerlendirme: Tahmin isabetini etkileyen faktörler ve GBLUP yönteminin isabeti için bir üst sınır
Genomic evaluation of quantitative traits: Factors affecting the prediction accuracy, and an upper bound for accuracy of GBLUP
- Tez No: 450489
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ZİYA FIRAT
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Biyoteknoloji, Ziraat, Genetics, Biotechnology, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Genomik kalıtım derecesi, Tüm genom regresyon yöntemleri, Güvenilirlik, Genetik değer, Genomic heritability, Whole genome regression methods, Reliability, Genetic value
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Akdeniz Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, genomik tahmin R2 değerinin asimptotik davranışının belirlenmesi amaçlanmıştır. İnsanlardaki bağlantı dengesizliğini yansıtması ve çok sayıda bireye ait genomik verinin elde edilmesi amacıyla, 1,000 Genom Projesi (1,000 Genomes Project) kapsamında 85 Caucasian (Beyaz ırk) bireyinden elde edilen haplotip verileri kullanılarak 10,000 birey 111 kuşak boyunca şansa bağlı olarak eşleştirilecek şekilde bir simülasyon gerçekleştirilmiştir. Genom uzunluğu 0.5 Morgan olarak kısıtlanmış ve simülasyonlar yalnızca ilk 5 kromozomdan seçilen 0.1 Morgan uzunluğundaki bir alanda yer alan lokuslar kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Toplam uzunluğu 30 Morgan olan bir genom için elde edilecek genomik tahmin R2 değeri bu çalışmadakinin 60 katı büyüklüğünde bir referans popülasyon gerektirecektir. Kalıtım derecesi 0.8 olan bir özellik için QTL ve marker allel frekanslarının dağılımları bakımından farklılık gösteren bazı senaryolar oluşturulmuştur. Her bir senaryodaki marker sayısı 4,200, QTL sayısı ise 70 olarak belirlenmiştir. Genomik degerlendirmede isabet bir tahmin edilebilirlik problemi şeklinde ele alınarak güvenilirlik ve dolayısıyla da genomik tahmin R2 değeri için bir üst sınır önerilmiştir. Ayrıca bazı genomik tahmin yöntemleri de, GBLUP, BayesB ve BayesC, isabetleri bakımndan karşılaştırılmıştır. Sonuçlar, genom boyu 30 Morgan olarak alındığında Bayesçi değişken seçim yöntemleri BayesB ve BayesC'nin görece düşük referans popülasyon büyüklüklerinde (< 6, 000 birey) GBLUP yöntemine göre bir üstünlüklerinin olmadığını ortaya koymuştur. Diğer yandan, referans popülasyon büyüklüğü arttıkça söz konusu yöntemlerin GBLUP yöntemine göre daha isabetli tahminler sağladığı ortaya konmuştur. Referans popülasyon büyüklüğü yaklaşık yarım milyona ulaştığında her üç tahmin yöntemi de benzer genomik tahmin R2 değerleri vermiş olup, bu değerler genomik kalıtım derecesine yaklaşmaktadır.
Özet (Çeviri)
This study aims at characterizing the asymptotic behavior of genomic prediction R2. Haplotypes derived from whole-genome sequence of 85 Caucasian individuals from the 1,000 Genomes Project were used to simulate random mating in a population of 10,000 individuals for 111 generations to create the LD structure in humans for a large number of individuals. To reduce computational demands, only SNPs within a 0.1 Morgan region of each of the first 5 chromosomes were used in simulations, and therefore, the total genome length simulated was 0.5 Morgan. When the genome length is 30 Morgan, to get the same genomic prediction R2 as with a 0.5 Morgan genome would require a reference population 60 fold larger. Three scenarios were considered varying in minor allele frequency distributions of markers and QTL, for h2=0.8 resembling height in humans. Total number of markers was 4,200 and QTL were 70 for each scenario. In this study, we considered the prediction accuracy in terms of an estimability problem, and thereby provided an upper bound for reliability of prediction, and thus, for prediction R2. Genomic prediction methods GBLUP, BayesB and BayesC were compared. Our results imply that variable selection methods BayesB and BayesC applied to a 30 Morgan genome have no advantage over GBLUP when the size of reference population was small (<6,000 individuals), but are superior as more individuals are included in the reference population. All methods become asymptotically equivalent in terms of prediction R2, which approaches genomic heritability when the size of the reference population reaches about half a million individuals.
Benzer Tezler
- Glial beyin tümörlerinin evrelendirilmesinde T1 ağırlıklı kontrast ajanı bolus izleme tekniği ile elde olunan perfüzyon manyetik rezonans görüntülemenin rolü: Glial tümörün moleküler belirteçleri ile retrospektif korelasyonu
Quantitative analysis of dynamic contrast-enhanced T1-weightedperfusion MR imaging identifies glioblastoma molecular phenotypes viatumoral and peritumoral approach: Preliminary results with majorgenomic biomarkers
KEREM ÖZTÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Radyoloji ve Nükleer TıpBursa Uludağ ÜniversitesiRadyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHATTİN HAKYEMEZ
- Array-CGH ile tespit edilen kopya sayısı değişikliklerinin doğrulanmasında kantitatif PCR yönteminin kullanılması
Başlık çevirisi yok
AYSEL ÜNAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
GenetikGazi ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERDA EMRİYE PERÇİN
- Bazı Salvia türlerinin sekonder metabolitlerinin analizi, genomik karakterizasyonu ve biyolojik aktivitelerinin incelenmesi
Analysis, genomic characteristics and biological activities of secondary metabolites of some Salvia species
SEDA DAMLA HATIPOĞLU
Doktora
Türkçe
2017
Botanikİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TURAN ÖZTÜRK
PROF. DR. GÜLAÇTI TOPÇU
- İdiyopatik pulmoner fibrozis tanılı hastalarda MUC5B ve tert genleri varyantlarının incelenmesi
Analysis of MUC5B and tert gene variants in patients with idiopathic pulmonary fibrosis
AYŞE ÖDEMİŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Göğüs HastalıklarıAkdeniz ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİYE CANDAN ÖĞÜŞ
- Identification of QTL for grain quality traits in durum wheat (Triticum turgidum var. durum L.) mapping population derived from kunduru x Cham1
Kunduru x Cham1 melezinden oluşturulan makarnalık buğday haritalama populasyonunda dane kalitesi ile ilgili kantitatif özellik lokuslarının tanımlanması
AHMAD ALSALEH
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HAKAN ÖZKAN