Elucidation of molecular mechanisms conferring arsenic tolerance to yeast cells
Maya hücrelerine arsenik dirençliliği kazandıran moleküler mekanizmaların aydınlatılması
- Tez No: 449162
- Danışmanlar: DOÇ. DR. HÜSEYİN ÇAĞLAR KARAKAYA, PROF. DR. AHMET KOÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyoloji, Biyokimya, Genetics, Biology, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Arsenik doğada genellikle arsenit veya arsenat formlarında bulunan oldukça toksik bir metaloiddir. Bir yandan, birçok moleküler mekanizmayı etkileyerek, kanser de dahil olmak üzere çeşitli hastalıklara yol açarken, diğer taraftan bazı ilaçların içerisinde terapitik ajan olarak kullanılmaktadır. Fakat kanser hüc re leri bu ilaçlara karşı direnç geliştirmektedirler. Şimdiye kadar yapılmış çalışmalar, arsenik dirençliliği ve t oksisitesinin bazı yönlerini aydınlatmış olsa da, henüz tam bir anlayışa ulaşılamamıştır. Bu mekanizmaların her yönüyle anlaşılması, arsenikten korunma veya arseniği tedavilerde kullanabilme açısından çok önemlidir. Bu anlaşılmada, genom düzeyindeki tarama lar umut vaadeden yaklaşımlardır. Bu çalışma, maya genom kü tüphanesini tarayarak, yüksek ek presyonu, toksik arsenik konsantrasyonuna direnç kazandıran genleri tayin etmeyi amaçlamıştır. Dirençli olduğu kanıtlanmış kolonilerden elde edilen plasmidl e r, plasm idlerdeki genomik bölgeleri belirlemek için sekanslanmış ve bu bölgelerdeki genler in bir kısmı ekspresyon vektörlerine klonlamak için seçilmiştir. Seçilen yedi gen arasında, PHO86'nın arsenat a , VBA3'ün ise arsenite oldukça dirençli olduğu görülmüştür. Arse nat bir fosfat analoğu olduğundan, ER'dan çıkışı Pho86 proteini tarafından yönetilen fosfat taşıyıcı protein in den faydalanarak hücre içine girmektedir. Dola yısıyla, PHO86 geninin yüksek ek presyonunun direnç kazandırması mümkündür. Koful, toksik maddelerin sitozolden uzaklaştırılması için kullanılan bir organeldir ve VBA3 de kofulda bulunan ve bazik aminoasitleri kofula taşıyan bir taşıyıcı proteindir. Bilinen bu fonksiyonu, Vba3 proteininin dirençlilik mekanizmasında rol oynayabileceğine işaret eder. Sonuç olarak, yapılan bu tarama, arsenik dirençlilik mekanizmaları ile ilgili olabilecek ve umut vaaden iki tane geni tayin etmiştir.
Özet (Çeviri)
Arsenic is a highly toxic metalloid available in the environment mainly as arsenite or arsenate. The se compounds' interfere nce with many molecular mechanisms results in several diseases including cancer. Conversely, arsenic is used in therapeutic approaches, however, the y are associated with drug resistance. Although some tolerance and toxicity mechanisms of arsenicals in yeast have been enlightened by previous studies, complete understanding, which is important for development of protection and therapy strategies, has not yet been achieved. Comprehensive gen ome - wide screening is a promising approach for the elucidation of novel genes involved in arsenic - associated mechanisms. The aim in this study was to screen a yeast genome library to characterize novel genes whose overexpression confers resistance to toxic concentrations of arsenate or arsenite in Saccharomyces cerevisiae. The plasmids from the colonies confirmed to be highly - resistant against arsenicals were sequenced to determine the genomic regions and seven genes were selected to clone into expression v ectors. The overexpression of Ph o86p and Vba3p provided yeast cells with the highest arsenate and arsenite resistance, respectively. Arsenate is a phosphate analogue and taken up by phosphate transporters. Pho86p is an ER - resident protein regulating ER - exit of the phosphate transporter. Therefore, it is reasonable that overexpression of P ho86p provides arsenate resistance. Vacuolar sequestration is a common route for the removal of toxic compounds from the cytosol and V ba3p is a vacuole - located transporter of basic amino acids with a likely role in arsenite resistance. Consequently, the screen in the current study revealed two genes with promising roles for tolerance mechanisms against arsenicals.
Benzer Tezler
- O-asetilpeptidoglukan esteraz (APE1) enziminin tepkime mekanizmasının ın silico yöntemlerle aydınlatılması
Elucidation of reaction mechanism of APE1 enzyme with in silico methods
ZEYNEP AKSAKAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURCAN TÜZÜN
PROF. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
- Polikatvon-protein etkileşiminin ve makromoleküller arası kompleks oluşumunun incelenmesi
Başlık çevirisi yok
ORHAN GÜNEY
Doktora
Türkçe
1997
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDÜLKADİR SEZAİ SARAÇ
- Küçük hücre dışı akciğer kanserlerinde transkripsiyon faktörü NFKB-aracılı otofaji düzenlenme mekanizmalarının aydınlatılması
Elucidation of transcription factor NFKB-mediated autophagy regulation mechanisms in NON-small cell lung cancer
ÖZGE ALVUR
- Modifiye polianilin elektrodun metanol ve etilen glikol oksidasyonunda katalitik özelliklerinin incelenmesi
Başlık çevirisi yok
FEHMİ FIÇICIOĞLU
Doktora
Türkçe
1998
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimyagerlik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİGEN KADIRGAN
- Structure prediction of eukaryotic elongation factor 2 kinase (eEF-2K) and elucidation of binding mechanisms of its novel compounds with molecular modelling applications
Moleküler modelleme uygulamaları ile ökaryotik uzama faktör 2 kinaz (EEF-2k) enziminin yapı tahmini ve yeni bileşikleri ile bağlanma mekanizmasının aydınlatılması
GİZEM TATAR
Doktora
İngilizce
2018
BiyoteknolojiGaziantep ÜniversitesiBiyoenformatik ve Bilişimsel Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUĞBA TAŞKIN TOK