OXA-1/N266 ve OXA-320/I266 β-laktamaz varyantlarının karşılaştırmalı biyokimyasal karakterizasyonu ve mutasyonel analizi (OXA/A266)
Comparative biochemical characterization of OXA-1/N266 and OXA-320/I266 variants of β-lactamase and their mutational analysis (OXA/A266)
- Tez No: 445136
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CEMAL SANDALLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Moleküler Tıp, Biyoloji, Biochemistry, Molecular Medicine, Biology
- Anahtar Kelimeler: blaOXA-1, blaOXA-320, MIK, blaOXA-1, blaOXA-320, MIC
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Recep Tayyip Erdoğan Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tez kapsamında yakın zamanda tespit edilen D-Sınıfı β-laktamaz grubuna ait iki adet OXA alelinin (blaOXA-1 ve blaOXA-320) ekspresyon vektörlerinde rekombinant olarak ifade edilmesi ve hem minimum inhibisyon konsantrasyonunun belirlenmesi (MIK) hem saflaştırılan proteinlerin karşılaştırmalı olarak karakterizasyonu amaçlanmıştır. Böylelikle, OXA-tipi β-laktamazların allelik farklılıklarına bağlı olarak antibiyotik tedavilere cevap vermedeki değişimler araştırılmıştır. Her iki alel birbirinden tek bir aminoasit farklılık gösteren enzimleri kodlarlar. OXA-1 proteininde 266. pozisyonda asparajin (266N) aminoasiti mevcutken, OXA-320 proteininde aynı noktada izolösin aminoasiti (266I) bulunmaktadır. Her bir alelin MIK değerlerine bakılması için TOPO100 ekspresyon vektörüne ve kinetik karakterizasyonuna bakılması için pET28a vektörüne klonlanarak rekombinant olarak üretilmeleri sağlandı. Aynı zamanda 266. pozisyondaki aminoasit varyasyonun etkisini araştırmak için bu noktada alanin mutasyonu gerçekleştirildi. Rekombinant protein üretimi E. coli BL21 hücrelerinde gerçekleştirildi ve Ni-afinite kromotografi yöntemi ile saflaştırılarak kinetik karakterizasyon deneylerinde kullanıldı. Kinetik sonuçlarına göre OXA-1, OXA-320 ve OXA1/266A enzimlerinin β-laktam antibiyotikleri hidroliz etmeleri açısından aralarında büyük farkların olmadığı gözlemlendi. Üç enziminde meropenem ve seftazidimi hidroliz etmedikleri, benzilpenisilini ve sefepimi çok az hidroliz ettiği, en iyi ise sefalotini ise iyi hidroliz ettiği belirlendi. MIC sonuçlarına göre, amoksisilin ve piperasilin antibiyotiğine OXA-1, OXA-320 ve OXA320/266A örneklerinin direnç sağladığı, monobaktam grubu antibiyotiğe ve karbapenem grubu antibiyotiklere karşı direnç oluşturmadığı tespit edildi. MIK sonuçlarına paralel olarak OXA alelleri arasında β-laktam antibiyotiklere karşı katalitik etkide çok az farklılıklar görüldü.
Özet (Çeviri)
In this master thesis, it was aimed to express of two blaOXA alleles (blaOXA-1 and blaOXA-320) classified in Class-D β-lactamase on expression vector and then to determine the minimal inhibitory concentration (MIC) and comparatively characterization of the prufied recombinant protein. Thus, it was investigated the effect of amino acid changes in each variants related to enzyme activity. Each protein has a single amino acid changes from each other. While OXA-1 protein has asparagine (266N) at residue 266, OXA-320 protein has isoleucine (266I) at the same position. Each allele was separately cloned into TOPO-100 expression vector to determine the MIC and pET28a expression vector for kinetic characterization. Besides this, site-directed mutagenesis was used to make alanine mutation at residue 266 (266A) to evaluate the effect of mutation on enzyme activity. Recombinat protein was produced in E. coli BL21 cell and purified by Ni-afiinity chromotography and they were used to kinetic characterization. According to kinetic results, there was no big difference about hidrolysis activity of each variant (OXA-1, OXA-320 ve OXA1/266A) on β-lactam antibiotics. It was found no hydrolysis on meropenem and seftazidime, weak hidrolysis on benzylpenicilline and sefepime and strong hydrolysis on sefalothin for each variant. According to MIC results, each variant generates resistance to piperacilline and they could not affect to monobactams and carbapenems. In accordance with MIC values, it was determined small differences among their kinetic activity on β-lactam antibiotics of these two OXA variants and their alanin mutant.
Benzer Tezler
- Ceftazidime dirençli pseudumonas aeruginosa izolatlarında per-1 ve oxa-10 benzeri beta-laktamazların moleküler yöntemlerle belirlenmesi
Determination of per-1 and oxa-10-like beta-lactamases in ceftazidime-resistant pseudomonas aeruginosa isolates by molecular methods
MEHTAP ÜNLÜ SÖĞÜT
Doktora
Türkçe
2008
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTemel Tıp Bilimleri Bölümü
DOÇ. DR. ASUMAN BİRİNCİ
YRD. DOÇ. DR. TUBA YILDIRIM
- Kastamonu eğitim ve araştırma hastanesinden izole edilen seftazidime dirençli Pseudomonas aeruginosa izolatlarında PER-1 ve OXA-10 benzeri genişlemiş spektrumlu βeta-laktamaz varlığının araştırılması
Investigation of the presence of PER-1 and OXA-10 like extended spectrum βeta-lactamases in ceftazidime resistant Pseudomonas aeruginosa strains from Kastamonu training and research hospital
SARAH AKAR ALI AL-OGAILI
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
MikrobiyolojiKastamonu ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YASEMİN ÇELİK ALTUNOĞLU
- Çeşitli klinik örneklerden izole edilen Pseudomonas aeruginosa suşlarında PER-1, OXA-10 ve VEB-1 tip genişlemiş spektrumlu beta laktamaz enzimlerinin varlığının araştırılması
Investigation of the presence of PER-1, OXA-10 and VEB-1 type extended spectrum beta lactamase in Pseudomonas aeruginosa strains isolated from clinical specimens
OSMAN ACAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiPamukkale ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MELEK DEMİR
- Karbapenemlere dirençli Enterobacteriaceae üyesi bakterilerde VIM, IMP, NDM-1, KPC ve OXA 48 enzimlerinin araştırılması
The investigation of the VIM, IMP, NDM-1, KPC and OXA 48 enzymes in bacteria which belong to carbapenem resistant Enterobacteriaceae
YELDA DEMİR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
MikrobiyolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YASEMİN ZER
- Farklı klinik numunelerden izole edilen e. coli ve klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem, kinolon, kolistin direncinin araştırılması ve karbapenem dirençli suşlarda multipleks pcr yöntemi ile kpc, ndm, vım, oxa-48, ımp-1 genlerin tespiti
An investigation of carbapenem, quinolone and colistin resistance in e. coli and klebsiella pneumoniae strains isolated from different clinical samples and detection of kpc, ndm, vim, oxa-48, imp-1 genes by multiplex pcr in carbapenem-resistant strains.
ÖZGE ALKAN BİLİK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
MikrobiyolojiHarran ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET BAYRAKTAR