Reconstruction of the temporal signaling network in salmonella-infected human cells
Salmonella ile enfekte olmuş insan hücrelerinde zamana bağlı sinyal ağlarının yeniden kurulması
- Tez No: 441769
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON, ÖĞR. GÖR. NURCAN TUNÇBAĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: İstatistik, Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Biyoloji, Statistics, Computer Engineering and Computer Science and Control, Biology
- Anahtar Kelimeler: Salmonella enfeksiyonları, Salmonella infections
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Salmonella enterica, enfeksiyon mekanizması genellikle yiyecek kaynakları yoluyla olan bir bakteriyel patojendir. Patojen proteinleri, konak hücrelere konağın sinyal mekanizmalarını ve konak proteinlerini etkinleştirerek ya da engelleyerek değiştirmek üzere taşınır. Enfekte insan hücrelerindeki biyolojik yolakların ve zamana bağlı sinyal ağlarının daha bütün olarak yeniden kurulması için, Salmonella ile enfekte olmuş insan hücrelerinin zamana bağlı fosfoproteomik veriseti ile insan etkileşim haritası birleştirilerek, Ödül-toplayan Steiner Orman (ÖTSO) ve Tam Sayı Doğrusal Programlama (TSDP) temelli ilişki çıkarım yaklaşımları kullanıldı. Elde edilen zamana bağlı sinyal ağı, zaman ve yön bilgisini korurken SNARE bağlanma, mTOR sinyali, bağışıklık tepkisi, hücre iskeleti organizasyonu ve apoptoz yolakları gibi sinyallerdeki gizli fonksiyonları gösterdi. CDC42, RHOA, 14-3-3δ, Syntaxin ailesi, Oxysterol bağlanma proteinler gibi Salmonella etkileyicilerinin hedefleri fosfoproteomik verisetinde olmamasına rağmen, bu proteinler yeniden kurulan sinyal ağında ortaya çıktı. Bu hedeflerin yapısal analizi, komşularının bağlanma eğilimlerini gösterdi. Bu gibi birleştirilmiş yaklaşımların uygulaması, özellikle Salmonella enfeksiyonları olmak üzere, bulaşıcı hastalıklardaki klinik hedeflerin tanımlanmasında yüksek potansiyele sahiptir.
Özet (Çeviri)
Salmonella enterica is a bacterial pathogen whose mechanism of infection is usually through food sources. The pathogen proteins are translocated into the host cells to change the host signaling mechanisms either by activating or inhibiting the host proteins. In order to obtain a more complete view of the biological processes and the signaling networks and to reconstruct the temporal signaling network of the human host, we have used two network modeling approaches, the Prize-collecting Steiner Forest (PCSF) approach and the Integer Linear Programming (ILP) based edge inference approach by integrating a published temporal phosphoproteomic dataset of Salmonella-infected human cells and the human interactome. The final temporal signaling network conserves the information about temporality and directionality, while showing hidden entities in the signaling, such as the SNARE binding, mTOR signaling, immune response, cytoskeleton organization, and apoptosis pathways. Although the targets of Salmonella effectors such as CDC42, RHOA, 14-3-3δ, Syntaxin family, Oxysterol-binding proteins were not present in the phosphoproteomic dataset, they were revealed in the reconstructed signaling network. Structural analysis of these targets also revealed binding preferences of their neighbors. The application of such integrated approaches has a high potential to identify the clinical targets in infectious diseases, especially in the Salmonella infections.
Benzer Tezler
- Alt göz kapağı posterior lamella defektlerinin rekonstrüksiyonunda ideal greft materyali arayışı: deneysel bir çalışma
The search for an ideal graft material in the reconstruction of posterior lamellar defect of lower eyelid: an experimental study
HATİCE BİLKUR BULUT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Plastik ve Rekonstrüktif CerrahiAdnan Menderes ÜniversitesiPlastik Rekonstrüktif ve Estetik Cerrahi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERAY COPCU
- Reconstruction of SeaWiFS chlorophyll data for the Black Sea
SeaWiFS klorofil verisinin Karadeniz için yeniden yapılandırılması
SERKAN SANCAK
- Superfisyal temporal arter bazlı fleplerle yüz defektlerinin rekonstrüksiyonu: Klinik araştırma
Reconstruction of facial defects with superficial temporal artery based flaps: Clinical research
MEHMET FATİH ALGAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Plastik ve Rekonstrüktif Cerrahiİnönü ÜniversitesiPlastik Rekonstrüktif ve Estetik Cerrahi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HIDIR KILINÇ
- Temporal kemik üzerinde yer alan anatomik oluşumların yüz şekli ile olan ilişkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of the Relationship of Anatomical Formations on the Temporal Bone with the Face Shape
NİLGÜN TUNCEL ÇİNİ
- Rekürren idiyopatik periferik fasiyal paralizilerde fasiyal kanal darlığının multiplanar rekonstrüksiyonlu temporal bilgisayarlı tomografi ile araştırılması
Evaluation of the narrowness of the facial nerve canal via multiplanar reconstructed temporal bone computed tomography in recurrent idiopathic peripheral facial paralysis
ÖZLEM YAĞIZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
Kulak Burun ve BoğazSağlık BakanlığıKulak Burun Boğaz ve Baş-Boyun Cerrahisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM ÇUKUROVA
DR. YILDIZ ARSLAN
