Identification of gene mutations involved in drug resistance in liver cancer using RNA-Seq data analysis
Karaciğer kanserinde ilaca dirençlilik mütasyonlarının RNA-dizi analizi ile bulunması
- Tez No: 441759
- Danışmanlar: DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN ATALAY, YRD. DOÇ. DR. AYBAR CAN ACAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Enformatik Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoenformatik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Kanser araştırmasında önem kazanmış konulardan biri, kansere neden olan somatik mutasyonların tespitidir. Günümüzde besinci en yaygın görülen ve ikinci en ölümcül kanser, karaciğer kanseridir. Karaciğer kanseri ile ilişkili pek çok somatik mutasyon belirlenmiştir; ancak bunların kemoterapatik ilaçlara tepkileri detaylı bir şekilde çalışılmamıştır. Bu çalışmada iyi huylu Huh7 ve habis Mahlavu karaciğer kanseri hücrelerinin mutasyon durumlarının ilaca verdikleri tepkiyle ilişkisi incelenmiştir. Her iki kanser hücre hattının muamele görmemiş kontrol RNA-sekans verisi,“sorafenib”ve“PI3K/Akt Yolak inhibitörü”ile muamele görmüş RNA sekans verileriyle karşılaştırılmıştır. MuTect aracı kullanılarak ilaca dirençliliğe neden olan somatik mutasyonlar karşılaştırmalı olarak belirlenmiştir. Elde edilen sonuçlar, yanlış anlam mutasyonlarını ayırt etmek için filtrelenmiştir. İlaca dirençlilik sağlayan gen seti ile kontrol gen setleri arasında ortak olan genlerin karaciğer kanserinin direnç ve agresifliğiyle ilişkili olduğu bulunmuştur. SLC39A5, FRG1, PPHLN1 ve SRP9 gen mutasyonları en anlamlı olanlardır. Bunlar, üç ilaçla muamele edilmiş setler kontrol örnekleriyle karşılaştırıldığında ortak olarak belirlenen mutasyonlardır. Karaciğer kanseri ile ilişkili sağkalım genlerinin keşfedilmesi amacıyla bu setler daha detaylı incelenmiştir. Böylece, kanser hücre gelişimi için önemli olan hedef genler belirlenebilir ve karaciğer kanseri tedavisinde kullanılabilecek yeni hedefler bulunabilir
Özet (Çeviri)
A significant concern in cancer research is the detection of cancer associated somatic mutations. Liver cancer is the 5th most common and 2nd deadliest cancer in the world. Several somatic mutations were previously reported in liver cancer but their relations to chemotherapeutic response was not studied in detail. In this study, the relationship between mutation status and drug treatment response of well-differentiated Huh7 and poorly-differentiated Mahlavu liver cancer cells were analyzed. The RNA-Seq data of each cancer cell line (as control) was compared to“sorafenib”and“PI3K/Akt Pathway inhibitors”treated data. Somatic mutations associated with drug resistance were comparatively identified with MuTect tool. The results were then filtered to distinguish the missense mutations. The genes that were common in drug treatment resistant sets compared to control sets were found to be associated with liver cancer perseverance and aggressiveness. SLC39A5, FRG1, PPHLN1 and SRP9 gene mutations were found to be the most significant. They were shared among three drug treated sets, compared to the control samples. The sets were further investigated more in detail to discover the liver cancer associated survival genes. Subsequently, we can define the appropriate targets, playing a critical role in cancerous cell growth and provide better drug targets for HCC.
Benzer Tezler
- Aspergillus fumigatus kompleksi suşlarının identifikasyonu, aspergillus fumigatus'da azol direncinin belirlenmesi ve TR/l98H ile ilişkisi
Identification of aspergillus fumigatus complex strains, determination of azole resistance in aspergillus fumigatus and association with TR/l98H.
ÖZGE GÜNGÖR
Doktora
Türkçe
2016
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZAYRE ERTURAN
- Ailevi akdeniz ateşi hastalığında görülen inflamasyon sürecinde rol alan miRNA'ların tanımlanması
Identification of the miRNAs, which play roles in the inflammation process of the familial mediterranean fever disease
ZÜLFİYE YELİZ AKKAYA ULUM
Doktora
Türkçe
2018
Tıbbi BiyolojiHacettepe ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BANU PEYNİRCİOĞLU
- Yeni nesil dizileme yöntemiyle solid tümör örneklerinde kanserle ilişkili genlere ait patojenik varyantların belirlenmesi ve hastalıkla olan ilişkisinin araştırılması
Identification of pathogenic variants in cancer-associated genes and investigation of their relationship with the disease in solid tumor samples using Next-Generation Sequencing(NGS) method
CANSU ÖĞE
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NACİ ÇİNE
- Identification of genes involved in hepatocellular carcinoma : Evaluation of hCdc4 and B-Raf genes
Hepatoselüler karsinomda R01 alan genlerinin tanımlanması: hCdc4 and B-Raf genlerinin değerlendirilmesi
BANU SÜRÜCÜ
Yüksek Lisans
İngilizce
2003
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CENGİZ YAKICIER
- Miyeloproliferatif neoplaziler'de gen mutasyonlarının sekans analiziyle belirlenmesi
Identification of gene mutations in myeloproliferative neoplasms by sequence analysis
BURCU BÖLÜK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Tıbbi BiyolojiEge ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SUNDE YILMAZ SÜSLÜER