Geri Dön

Adenilat kinaz enziminin konformasyonel dönüşümlerinin moleküler dinamik yöntemi ile incelenmesi

Investigation of conformational transition of adeynlate kinase enzyme wi̇th molecular dynamics method

PDF İndir

  1. Tez No: 433071
  2. Yazar: HÜLYA UNAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. MUSTAFA TEKPINAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2016
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Yüzüncü Yıl Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Adenilat kinaz enzimi (AKE), adenozin nükleotitleri arasında dönüşümü sağlayan ve bu nedenle hücre enerji üretiminde önemli rol oynayan bir enzimdir. Bu enzim; ATP + AMP = ADP + ADP reaksiyonunu katalize eder. Burada ATP, adenozin trifosfat'ı, ADP adenozin difosfat'ı ve AMP adenozin monofosfat'ı ifade etmektedir. Bu reaksiyonun gerçekleşebilmesi için ATP, ADP ve AMP ligandlarının fiziksel olarak belirli bir yakınlıkta olması gerekir. Adenilat kinazın en önemli fonksiyonu bu ligandları belirli bir mesafede birbirine yakınlaştırmaktır. Adenilat kinaz bu işlemi gerçekleştirirken açık ve kapalı formları arasında konformasyonel (biçimsel) dönüşümler gerçekleştirir.Bu konformasyonel dönüşümün mekanizmasını anlamak, canlıların enerji üretim mekanizmasını anlamamız açısından oldukça önemlidir. Bu nedenle, bu tez çalışmasında adenilat kinazın kapalı ve açık konformasyonları arasındaki dönüşümü atomik ölçekte moleküler dinamik yöntemi ile ele aldık.

Özet (Çeviri)

Adenylate kinase enzyme (AKE) is an enzyme that help transformation among adenosine nucleotides and thus it has an important role on cellular energy production. This enzyme catalyzes following reaction: ATP + AMP = ADP + ADP . ATP denotes adenosine triphosphate, ADP denotes adenosine diphosphate and AMP denotes adenosine monophosphate. ATP , ADP and AMP ligands require to be close to each other physically for this reaction to occur. Most important function of adenylate kinase is to approach these ligands to each other at a certain distance. Adenylate kinase performs conformational changes between open and closed forms while performing this task. Understanding mechanism of the conformational transiton is very important in terms of understanding energy production mechanism of living organisms. Due to this reason, we investigated conformational transition between open and closed conformations of adenylate kinase by using molecular dynamics method in atomic scale in this thesis study.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    459386

    An integrated computational and experimental approach to allosteric control mechanism of biomolecular processes

    Biyomoleküler süreçlerin alosterik kontrol mekanizmasına hesaplamalı ve deneysel entegre bir yaklasım

    FİDAN SÜMBÜL

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU

  2. Tez No

    435587

    E2F1 transkrı̇psı̇yon faktörü'nün aktı̇vasyonunda proteı̇n kı̇naz-A'nın rolünün araştırılması

    Investigation of the role of protein kinase-a in E2F1transcription factor activation

    MUSTAFA GÖKHAN ERTOSUN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Tıbbi BiyolojiAkdeniz Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OSMAN NİDAİ ÖZEŞ

  3. Tez No

    315076

    Ekzopolifosfataz (ppx) ve polifosfatkinaz (ppk) genlerinden yoksun bacıllus thurıngıensıs subsp. ısraelensıs suşunda endotoksin biyosentezi.

    Endotoxin biosynthesis in bacillus thuringiensis subsp. israelensis strain deficient in exopolyphosphatase (ppx) and polyphosphate kinase (ppk) genes .

    AYBİKE YEDEKÇİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    BiyolojiGebze Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEDEF TUNCA GEDİK

  4. Tez No

    867050

    Assessment of the effects of melatonin on the funtional deficits induced by cellular stress in obese donor derived mesenchymal STEM cells

    Melatonin'in obez donor mezenkimal kök hücrelerinde hücresel strese bağlı olarak oluşan fonksiyon bozuklukları üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi

    ECE GİZEM POLAT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    BiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Kök Hücre Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FATİMA SUSANNA FAUSTINA AERTS KAYA

  5. Tez No

    79991

    Türk populasyonunda adenilat kinaz enzim polimorfizmi

    Adenylate kinase enzyme polymorphism in the Turkish population

    HATİCEGÜL YILDIZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Tıbbi BiyolojiCumhuriyet Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET ÇOLAK

Geri Dön