Gelişen pamuk tohumlarında mikroRNA'ların tanımlanması, karakterizasyonu ve gossipol içermeyen pamuklarla ifadelerinin karşılaştırılması
Identification and characterization of microRNAs in developing cotton seeds and comparisation of its expressions with non-gossypol cottons
- Tez No: 426720
- Danışmanlar: PROF. DR. ŞENGÜL KARAMAN, PROF. DR. YÜKSEL BÖLEK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biyoloji, Biotechnology, Biology
- Anahtar Kelimeler: Moleküler biyoloji, Molecular biology
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada Gossypium hirsutum (Pamuk) türüne ait gossipollü ve gossipolsüz çeşitlerde gelişen pamuk tohumlarının mikroRNA profilleri, yeni nesil küçük RNA-dizileme, RNA-dizileme ve biyoenformatik yöntemler kullanılarak analiz edilmiştir. Küçük RNA dizilemesinden elde edilen veriler sistematik bir şekilde G. hirsutum, G. arboreum, G. barbadense, G. raimondii genomlarına, RNA-dizilemesinden elde edilen de novo transkriptoma ve NCBI'daki G. hirsutum EST ve GSS dizilerine hizalanarak karşılaştırmalı bir şekilde korunmuş ve yeni G. hirsutum miRNAları karakterize edilmiş ve gossipol oluşumunda görev alabilecek potansiyel miRNAlar belirlenmiştir. Ayrıca farklı ifade olan miRNAların hedef genleri belirlenmiş, gen ontoloji analizleri ve KEGG yolak analizleri yapılmıştır. Seçilen miRNAlar kantitatif eş-zamanlı polimeraz zincir tepkimesiyle (qRT-PCR) doğrulanmış ve ifadeleri kıyaslanmıştır. Sonuçta, gelişen gossipollü ve gossipolsüz pamuk tohumlarında yer alan korunmuş ve yeni miRNAlar belirlenmiş ve aynı cinsin türleri arasında genom poliploidisine miRNA seviyesinde karşılaştırmalı yaklaşımlarda bulunulmuştur.
Özet (Çeviri)
In this study, microRNA profiles of developing seeds from cotton and non-gossypol cotton in Gossypium hirsutum were analyzed by using next generation small RNA sequencing, RNA sequencing, and bioinformatics methods. Data obtained from small RNA sequencing were systematically mapped to genomes of G. hirsutum, G. arboreum, G. barbadense, G. raimondii, and de novo transcriptome obtained from RNA sequencing, and EST-GSS sequences of G. hirsutum from NCBI. Conserved and novel G. hirsutum miRNAs were comparatively characterized, and potential miRNAs may be assigned to gossypol formation were determined. Furthermore, target gene analysis, gene ontology analysis, and KEGG pathway analysis of differentially expressed miRNAs were performed. Selected miRNAs were validated and its expression profiles compared with qRT-PCR. Consequently, conserved and novel miRNAs in developing cotton seeds with and without gossypol were discovered and polyploidy among species of same genus were analyzed in the miRNA level approach.
Benzer Tezler
- Pamuk kültürü içerisinde Geliçin (Sorghum halepense (L.)Pers.) gelişme biyolojisi ve antep turpunun (Raphanus sativus L.) bu biyolojik gelişmeye allelopatik ve biyoherbisit etkisinin araştırılması
A Studies on development biology of Johnsongrass (Sorghum halepense (L.)pers.) in cotton fields and allelopathic and bioherbicidal effect of Raphanus sativus L. on the biology of S. halepense
T.FİKRET KÖSELİ
- Pamuk / bambu karışımlı süprem kumaşlarda ısıl düzenleme özelliğinin deneysel olarak araştırılması
Experimental investigation of thermal regulation of thermal regulation feature in cotton/ bamboo blended supreme fabrics
OĞUZHAN KARAKAŞ
Doktora
Türkçe
2023
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiÇukurova ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FÜSUN DOBA KADEM
- Pamuk (Gossypium L.) genomlarında mikrosatellit DNA tipleri ve dağılımları
Types and distributions of microsatellite DNA in the Cotton (Gossypium L.) genome
DAMLA AKMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyoteknolojiAkdeniz ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET KARACA
- Kompakt eğirme prensibiyle üretilen pamuk ipliklerinde iplik özellikleri ile lif özellikleri arasındaki ilişkinin fonksiyonel olarak tahminlenmesi üzerine bir araştırma
An investigation about estimating the functional relationship of compact-spun cotton yarn properties and fiber propeties
MEMİK BÜNYAMİN ÜZÜMCÜ
Doktora
Türkçe
2017
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiEge ÜniversitesiTekstil Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN KADOĞLU
- Orhan Pamuk'un“Benim Adım Kırmızı”adlı romanının Türkçe ve Arapça nüshalarındaki isim tamlamalarının karşılaştırmalı olarak incelenmesi
A comparative study of noun completions in Orhan Pamuk's novel titled“Benim Adım Kırmızı”in Turkish and Arabic copies
NASHWA MOHAMED
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
DilbilimDokuz Eylül ÜniversitesiYabancı Dil Olarak Türkçe Öğretimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞERİF ALİ BOZKAPLAN