Doğada kurutulmuş ruminant dışkısından metagenomik DNA izolasyonu ve bazı rumen bakterilerinin tespiti
Metagenomic DNA isolation from naturally dried ruminant feces and detection of certain rumen bacteria
- Tez No: 423821
- Danışmanlar: DOÇ. DR. UĞUR ÇÖMLEKCİOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Rumen, bakteri, ruminant, metagenomik, DNA, PZR, Rumen, bacteria, ruminant, metagenomic, DNA, PCR Kahramanmaraş Sütçü İmam University
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Rumen bakterilerinin araştırılmasında günümüzde kültüre bağımlı teknikler ile beraber kültürden bağımsız bir yaklaşım olan metagenomik yöntemler de kullanılmaktadır. Bu çalışmanın amacı doğal şartlarda kuruyan dışkıdan metagenomik DNA izolasyonu gerçekleştirmek ve rumen bakterilerinin varlığını spesifik primerler ile belirlemektir. Bunun için koyuna ait dışkı örneklerinden metagenomik DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Elde edilen metagenomik DNA'dan PZR yöntemi ile 10 rumen bakterisi araştırılmış ve 7 adet bakteri tespit edilmiştir. Ayrıca doğal şartlarda kurumanın etkisini araştırmak için 8 hafta boyunca açık havada kurutulan dışkı örneklerinden de DNA izolasyonu gerçekleştirilmiştir. Dışkı örnekleri hızlı bir şekilde kuruyarak kütlesinin % 53-54'ünü kaybetmiştir. Taze ve kuru örneklerden yapılan izolasyonlar sonrasında DNA konsantrasyonları 25.60-59.50 ng/µL, saflıkları ise 1.72-1.90 arasında değişmiştir. Elde edilen DNA kullanılarak 16S rDNA bölgesi polimeraz zincir reaksiyonu ile çoğaltılmış ve fekal inhibitörlerin PZR üzerine etkisinin olmadığı görülmüştür. Spesifik primerler ile yapılan PZR sonucunda Anaerovibrio lipolytica, Fibrobacter succinogenes, Prevotella bryantii, P. ruminicola, Ruminobacter flavefaciens, Streptococcus bovis ve Selenomonas ruminantium varlığı tespit edilirken, R. amylophilus, R. albus ve Succinovibrio dextrinosolvens'in varlığına rastlanılmamıştır. Sonuç olarak bu çalışma, kurumuş dışkıdan yüksek kalitede ve yeterli konsantrasyonda metagenomik DNA'nın elde edilebileceğini ve mikroorganizmaların varlığının spesifik primerler kullanılarak tespitinin mümkün olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Recently, besides culture dependent techniques, culture independent metagenomic approaches are also used to investigate rumen bacteria. This study aimed to perform metagenomic DNA isolation from the feces dried in natural conditions and to determine the presence of rumen bacteria using PCR with specific primers.For this purpose, metagenomic DNA isolations were carried out from the sheep feces. PCR and specific primers were used for the detection of 10 rumen bacteria and 7 bacteria was determined in metagenomic DNA. Fecal samples were air-dried in natural conditions for 8 weeks to investigate the effect of drying and DNA isolations were carried out from dried samples with 1 week intervals. Fecal samples were rapidly lost 53.72% of its mass. DNA concentrations and purity were found to be between 25.60-59.50 ng/mL and 1.72-1.90, respectively. The 16S rDNA region was amplified by polymerase chain reaction from metagenomic DNA and no inhibition was observed due to the inhibitors. Anaerovibrio lipolytica, Fibrobacter succinogenes, Prevotella bryantii, P. ruminicola, Ruminobacter flavefaciens, Streptococcus bovis and Selenomonas ruminantium were detected by PCR, however no PCR products were obtained by using R. amylophilus, R. albus and Succinovibrio dextrinosolvens spesific primers. In conclusion, high quality DNA from dried feces in sufficient concentrations could be isolated in this study and the presence of rumen microorganisms were detected using specific primers from metagenomic DNA.
Benzer Tezler
- Çimentonun sertleşmesi üzerinde kimyasal komponentlerin etkisi
Başlık çevirisi yok
NACİYE TÜRKEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Kimya MühendisliğiUludağ ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CEBE
- Samsun ve çevresinde tarla sarmaşığı (conuolvulus arvensis L.)'na karşı biyolojik savaşa esas olacak fauna tespiti
Investigations on the insect fauna of the field binweed (Conuolvulus arvensis L.) related to its biological control in Samsun Province
YASEMİN UFUK GERMAN
- Çukurova bölgesinde biyoklimatik veriler kullanılarak açık ve yeşil alan sistemlerinin belirlenmesi ilkeleri üzerinde bir araştırma
A research on the determination of the principles in open and green spaces systems by using the bioclimatic data in Çukurova region
MEHMET FARUK ALTUNKASA
Doktora
Türkçe
1987
Çevre MühendisliğiÇukurova ÜniversitesiPeyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERDOĞAN GÜLTEKİN
- Bornova (İzmir) koşullarında çeşitli kültür bitkilerinde zarar yapan Dolycoris baccarum (L.) (Heteroptera: Pentatomidae)'un biyolojisi ve ekolojisi üzerinde araştırmalar
Investigations on the biology and ecology of Dolycoris baccarum (L.) (Heteroptera: Pentatomidae) which attacks to various plants of economic importance at Bornova (İzmir)
YUSUF KARSAVURAN
- Ege bölgesinde bağ küllemesi (Uncinula necator (Sahwein) Burr)'nin önerilen sistemik fungisidlere karşı dayanıklılığı üzerinde araştırmalar
Investigations on the resistance of vine powdery mildews Uncinula necator (schwein) Burr against recommended systemic fungicides in Aegean region
MUALLA ARI