Asma' da (Vitis vinifera L.) aquaporin genlerinin biyoinformatik analizi ve farklı dokularda ifade profillerinin belirlenmesi
The bioinformatic analysis of aquaporin genes in grape berries ( Vitis vinifera L.) and the determination of gene expression profiles in different tissues
- Tez No: 420549
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BİRSEN ÇAKIR AYDEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Aquaporinler insan, bitki, hayvan ve bakterilerde bulunan suyun zardan geçişini sağlayan kanal görevi yapan membran proteinleridir. Bitkilerde aquaporin ailesinin su dengesinin ayarlanması, fotosentez gibi hücresel ve fizyololojik olaylarda görev aldığı görülmüştür. Asma (Vitis vinifera L.) şarap ve gıda sektörü açısından ekonomik olarak oldukça önemli çok yıllık bir türdür. Çalışmada Vitis vinifera L. aquaporinleri biyoinformatik olarak belirlenmiştir. Vitis vinifera L. Aquaporin ailesine ait 19 adet genin sultani çekirdeksiz çeşidinde farklı tane gelişim dönemlerinde, yaprak, sülük ve genç sürgünlerde Real-time PCR tekniği ile ifade profilleri çıkarılmıştır. Tanede incelenen tüm aquaporin genlerinin ifadeleri olgunlaşma döneminde azalmıştır. mRNA ifade analiz sonuçları aquaporinlerin gelişim dönemlerinde yer aldıkları fizyolojik olayların belirlenmesi açısından bir bilgi sağlamıştır. Biyoinformatik analizlerle aquaporin genlerine ait EST verilerine ulaşılmıştır. Bu şekilde Vitis vinifera L. aquaporin genlerinin farklı üzüm çeşidlerine ait birçok doku ve organlarda ifade oldukları gösterilmiştir. Vitis Vinifera L. Aquaporin ailesine ait 20 birey ile diğer bazı bitkilerde bulunan aquaporinler arasında oluşturulan filogenetik ağaç ile akrabalık ilişkisi gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Aquaporins are membrane proteins that serve as a channel to pass water through the cell membranes of human, plant, animal and bacterium. They are involved in cellular and physiological processes such as adjusting the water balance and the plant photosynthesis. Grapevine (Vitis vinifera L.), a perennial species, is economically very important crop in terms of wine and food sector. In this study, we identified 19 genes that belong to Aquaporin gene family by bioinformatic analyses and analyzed their expression profile in grape berries, leaves, tendrils and young shoots at different developmental stages by Real-time PCR. Expression of all examined aquaporin genes in the grape berry decreased during the ripening. The result of mRNA expression analysis provided information for the determination of physiological events that take place in the developmental stages of grape berries. We identified ESTs belonging to V. vinifera L. Aquaporin genes using EST database by the bioinformatics analysis. Vitis vinifera L. aquaporin genes were expressed in many tissues and organs of different grape varieties. Finally, We constructed the phylogenetic tree including 20 individuals of Vitis vinifera L. Aquaporin family with aquaporins found in other plants.
Benzer Tezler
- Asma (Vitis vinifera L.)'da önemli vegetatif ve generatif karakterler ile hastalıklara dayanım özelliklerine yönelik genom haritalaması
Genome mapping in grape (Vitis vinifera L.) for some important vegetative, generative and discease resistance traits
ZELİHA YAŞA
Doktora
Türkçe
2005
ZiraatAnkara ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF.DR. GÖKHAN SÖYLEMEZOĞLU
- Asma (Vitis vinifera L.)'da genom haritalaması: Önemli morfolojik karakterlere ve fungal kökenli hastalıklara yönelik AFLP ve SSR linkage gruplarının oluşturulması
Genome mapping in grape (Vitis vinifera L.): Establishment of AFLP vand SSR linkage groups towards to significant morphological characters and fungal diseases
BURÇAK İŞÇİ
- Farklı asma anaçları üzerine aşılı sultani çekirdeksiz (Vitis vinifera L.) üzüm çeşidinin bor ve tuz stresine tolerans mekanizmalarının stresle ilgili fizyolojik parametreler ve antioksidan enzimlerle belirlenmesi
Evaluation of salt and boron tolerance of sultana seedless grapevines (Vitis vinifera L.) grafted on different grapevine rootstocks with physiological parameters and antioxidant enzymes symptomatic for oxidative stress
ÖZGE ŞAHİN
- Bazı asma anaçları ve sultani çekirdeksiz üzüm çeşidinde kuraklık stresine karşı gösterilen fizyolojik ve transkriptomik özelliklerin belirlenmesi
Determination of physiological and transcritomic responses in some rootstocks and sultani̇ çeki̇rdeksi̇z (Vitis vinifera L.)variety to drought stress
SEDA SUCU
Doktora
Türkçe
2016
ZiraatGaziosmanpaşa ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ADEM YAĞCI
YRD. DOÇ. DR. KUBİLAY YILDIRIM
- Gibberellik asitin asmada (Vitis vinifera L.cv. sultani) meyve morfolojisi ve fizyolojisi üzerine etkileri
Effects of gibberellic acid on the fruit morphology and physiology of grapes (vitis vinifera L.cv. sultani)
ARZU ÇOLAK(KAYHAN)