Next-generation sequencing and physical mapping of wheat chromosome 5D and comparison with its wild progenitor
Buğday 5D kromozomunun yeni-nesil dizilemesi, fiziksel haritalaması ve yabani atasıyla karşılaştırılması
- Tez No: 420262
- Danışmanlar: PROF. DR. HİKMET BUDAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Başlıca ekinlerimizden olan buğday, temel bir gıda maddesi ve hayvan yemi kaynağıdır. Tarımsal önemine rağmen, buğdayda genomik çalışmalar, genom özellikleri nedeniyle, uzun zamandır, diğer ekinlerin gerisinde kalmıştır. Ekmeklik buğday genomu, ~17 Gigabaz büyüklüğü ile insan genomunun neredeyse 6 katı büyüklükte olup, %80'den fazla oranda tekrarlı dizi içermektedir. Hekzaploid genomu, birbirine benzer üç alt genomdan oluştuğu için pek çok paralog ve homeolog lokusu kapsar. Bu çalışmada, tekrarlı dizi düzeni, gen içeriği ve korunması ve muhtemel tRNA içeriği dahilinde, akış sitometrisi ile saflaştırılmış, ekmeklik buğday, Triticum aestivum, 5D kromozomunu karakterize ettik. 5D kromozomunun sanal gen sırası, buğdaya özgü genom düzenlemelerinin yanısıra, korunmuş gen bloklarında pek çok karışıklık olabileceğini ortaya çıkardı. 5DS fiziksel haritası ise, gen düzleminin telomere doğru artan yoğunlukta gen adacıklarından oluştuğunu gösterdi. Fiziksel boyut tahminleri, 0.63-0.67 delesyon bölge aralığının sitogenetik tahminlerde ciddi ölçüde küçültülmüş olabileceğine işaret etti. Yabani atası Aegilops tauschii 5D kromozomu ile karşılaştırmalı analizler ise buğday genom evrimine ışık tuttu. Megabaz başına ~10.5 markör ile yüksek yoğunluklu 5DS fiziksel haritası ve 1.34x-1.61x kapsamalı tüm kromozom dizileri bu kromozomun referans dizilemesine temel teşkil etmekte olup, hem ıslahçıların hem de araştırmacıların yararlanabileceği değerli bir genomik kaynak da sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Wheat is a staple grain crop, essential to human nutrition and animal feed. Despite its agronomic importance, wheat genomics research has long lagged behind its counterparts, due to its genome attributes. Bread wheat genome is almost six times as large as the human genome at a size of ~17 Gigabases, and is composed of >80% repetitive elements. The hexaploid genome is organized into three related sub-genomes, giving rise to numerous paralogous and homeologous loci. In this study, we characterized the flow-sorted 5D chromosome of bread wheat, Triticum aestivum, through survey sequencing and physical mapping, including its repeat landscape, gene content and conservation and putative tRNA repertoire. The virtual gene order of 5D chromosome suggested several perturbations in synteny, in addition to a number of putatively wheat-specific genome rearrangements. The 5DS physical map revealed that its gene space is largely organized into gene islands with an increasing gradient towards the telomere. Physical size estimates on the physical map indicated that cytogenetic estimates may considerably underestimate the 0.63-0.67 deletion bin interval. Comparative analyses of its wild progenitor, Aegilops tauschii 5D chromosome shed light into wheat genome evolution. The high density 5DS physical map at ~10.5 markers/Mb and 1.34x-1.61x survey sequences of the entire chromosome provides the foundation of the reference sequencing of this chromosome and presents a valuable genomics resource that the breeders and the researchers should benefit from.
Benzer Tezler
- Okunabilir kopyalama algoritmalı DSM sisteminin gerçeklenmesi
Başlık çevirisi yok
ÖZGÜR KORAY ŞAHİNGÖZ
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiKontrol ve Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TAKUHİ NADİA ERDOĞAN
- Tekrarlayan alt solunum yolu enfeksiyonu ve kronik akciğer hastalığı olan çocuklarda yeni nesil dizilemenin uygulanması
Application of next-generation sequencing in children with recurrent lower respiratory tract infections and chronic lung disease
MUSTAFA GÜNEŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Genetikİstanbul Medeniyet ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF YILMAZ GÜLEÇ
- Periferal hipotoni tanılı çocuk hastalarda genetik etiyolojinin yeni nesil dizi analizi yöntemi ile araştırılarak, fenotip-genotip ilişkisinin belirlenmesi
The determination of phenotype-genotype relationships by investigating of genetic etiology with next-generation sequencing method in pediatric patients with peripheral hypotonia
DAMLA EKER
Doktora
Türkçe
2020
GenetikTrakya ÜniversitesiBiyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAKAN GÜRKAN
- Noonan sendromu tanılı hastalarda klinik bulgular ve moleküler analiz sonuçlarının değerlendirilmesi
Evaluation of clinical findings and molecular analysis results in patients diagnosed with noonan syndrome
ELİF SARIKAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA KILIÇ
- Patolojik tanısı“belirsiz sitoloji”olan tiroit nodüllerinde yeni nesil dizi analizi tabanlı hedefe yönelik somatik mutasyon analizi
Next generation sequence-based targeted somatic mutation analysis in thyroid nodules with pathologically diagnosed as“indeterminate cytology”
GİZEM KÖK KILIÇ