Nöroblastom mikroRNA ilişkisi
Relationship between neuroblastoma and microRNA
- Tez No: 417206
- Danışmanlar: PROF. DR. HATİCE NUR OLGUN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Onkoloji, Oncology
- Anahtar Kelimeler: mikroRNA, nöroblastom, ganglionörom, Gen ifadesi, Mikrodizilim analizi, Neoplazmlar, RNA, RNA-haberci, microRNA, neuroblastoma, ganglioneuroma, Gene expression, Microarray analysis, Neoplasms, RNA, RNA-messenger
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Giriş ve Amaç: Nöroblastom tüm çocukluk çağı kanserlerinin % 8-10'unu oluşturur. MikroRNA (miRNA)'lar küçük ve kodlayıcı olmayan RNA'lar olup gen ekpresyonunun posttranskripsiyonel düzenlenmesinde ve bazı kanserlerin patogenezinde önemli bir rol oynamaktadırlar. Bu çalışmanın amacı; farklı klinik ve histolojik özellikler gösteren nöroblastom dokularında miRNA ekspresyon profilini saptamaktır. Gereç ve Yöntem: Çalışmada 17 adet hastanın arşiv parafin bloklarına ait toplam 24 adet farklı örnek kullanıldı. Bu dokular gruplandırılarak 5 ayrı analizde mikroarray ile mikroRNA profilleri karşılaştırıldı: I. analiz: İyi differansiye (n=6), andifferansiye (n=6) II. analiz: Kemoterapi öncesi (n=3), kemoterapi sonrası (n=3) III. analiz: İyi histoloji (n=10), kötü histoloji (n=8) IV. analiz: Nöroblastom (n=4), Ganglionörom (n=4) V. analiz: düşük risk (n=10), orta risk (n=6), yüksek risk (n=8) Biyoinformatik analizi sonrasında eş zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ile validasyon yapıldı. Bununla birlikte yüksek ve düşük riskli yeni hastalara ait tümör dokularında valide mikroRNA'lar ile karşılaştırma yapıldı. Ayrıca klinik veriler ile farklı eksprese olan miRNA'lar açısından karşılaştırma yapıldı. Bulgular: I. analiz'de 25 adet, II. analiz'de 8 adet, III. analiz'de 3 adet, IV. analiz'de 4 adet, V. analiz'de düşük-orta risk için 7 adet, orta-yüksek risk için 1 adet ve düşük-yüksek risk için 14 adet farklı miRNA tespit edildi (p<0.01). KEGG yolak analizinde bu miRNA'ların en çok kanser yolağını hedefledikleri saptandı. Klinik veriler ile mikroRNA'lar karşılaştırıldığında en belirgin farklılık miR-132 ve miR-490' de görüldü. Yüksek ve düşük riskli yeni vakaların tümör dokuları arasında en çok kat değişimi miR-98-5p'de belirlendi. Sonuç: Çalışmamızın mikroRNA'ları hedefleyen tedavilerin gelişimi ve biyomarker çalışmaları için bilgi verebilecek nitelikte olduğunu düşünmekteyiz.
Özet (Çeviri)
Introduction: Neuroblastoma tumors, presents % 8-10 of all childhood cancers. MicroRNAs (miRNA) are small and noncoding RNAs which play important roles at regulation of posttranscriptional gene expression and pathogenesis of some cancers. The aim of this study was to determine the miRNA expression profiles of neuroblastomas with different clinical and histological characteristics. Material and methods: In this study 24 samples from 17 patients paraffin blocks, were used. Tissues were seperated into groups and their microRNA profiles were compared by 5 different analysis: Analysis I: Well (n=6), poorly (n=6) differantiated Analysis II: Before (n=3), after (n=3) chemotherapy Analysis III: Favorable (n=10), unfavorable (n=8) histology Analysis IV: Neuroblastoma (n=4), ganglioneuroma (n=4) Analysis V: Low (n=10), middle (n=6), high (n=8) risk After bioinformatics analysis Real-time PCR was performed for validation. Validated microRNAs were compared of high- and low-risk new patients' tumors. Clinical data were compared with differentially expressed microRNAs. Results: 25 miRNA in analysis I, 8 miRNA in analysis II, 3 miRNA in analysis III, 4 miRNA in analysis IV, 7 miRNA at low-middle risk, 1 miRNA at middle-high risk, 14 miRNA at low-high risk comparison in analysis V were found different (p < 0.01). These miRNA's targeted mostly the cancer pathway by the KEGG pathway analysis. The markedly difference were at miR-132 and miR-490, comparing the clinical data and microRNAs. The most fold change was detected at miR-98-5p between the tissues of high- and low-risk patients. Conclusion: Our study can be informative for therapies which targets microRNAs and for biomarker studies.
Benzer Tezler
- Nöroblastom tümör dokusunda eksprese edilen mikroRNA'ların risk grubu ve prognoz ile ilişkisi
Relationship between microRNA expressed in neuroblastoma tumor tissue and risk group and prognosis
SALİH GÜNEŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıÇukurova ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERHAN KÜPELİ
- Şizofreni ilişkili potansiyel miRNA'ların comt geni ile olası ilişkisinin in vitro model oluşturularak araştırılması
Investigation of the possible association of schizophrenia-associated potential miRNAs with the comt gene by creating an in vitro model
ONUR TONK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Tıbbi BiyolojiManisa Celal Bayar ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NURAY ALTINTAŞ
DR. ÖĞR. ÜYESİ ONUR TOKGÜN
- Alzheimer hastalığı tanısında APP ilişkili gen ve miRNA seviyelerinin biyolojik belirteç olarak kullanılmasının SH-SY5Y insan nöroblastoma hücrelerinde incelenmesi
Analysis of the use of APP related gene and miRNA levels as biomarkers in SH-SY5Y neuroblastoma cells in the diagnosis of Alzheimer's disease
EZGİ KESKE
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
GenetikHaliç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZLEM SAĞLAM UÇAR
- Hücre kültüründe aromataz/sirtuin-1 etkileşiminin miRNA ifade düzeyine olan etkisinin araştırılması"
Investigation of the effect of aromatase / sirtuin-1 interaction on mirna expression level in cell culture
YASEMİN KARTAL
- Influence of micropatterned polymeric substrates on cancer cell behavior
Mikrodesenli polimerik sübstratların kanser hücresi davranışı üzerine etkisi
MENEKŞE ERMİŞ ŞEN
Doktora
İngilizce
2016
BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VASIF NEJAT HASIRCI
DOÇ. DR. UTKAN DEMİRCİ