Evolution of bladder cancer investigated using exome sequencing
Ekzom dizileme yoluyla mesane kanseri evriminin araştırılması
- Tez No: 416670
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MEHMET SOMEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Günümüzde yeni nesil genom dizileme teknolojileri kanser evrimini bireysel örneklemlerle çalışmaya olanak tanımaktadır. Mesane kanseri vakalarının %30'unda, birden fazla tümör aynı anda gözlemlenmiştir. Fakat, bu tümörlerin bağlantılı olup olmadığı (Klonal Köken Hipotezi) ya da birbirinden bağımsız olarak aynı anda oluşup oluşmadığı (Alan Etkisi Hipotezi) bilinmemektedir. Bu çalışmada, bu tümörlerin kökenini anlamak için ekzom sekanslama yöntemi kullanıldı. Mesane tümörü örnekleri (hasta başına 3 tümör örneği) ve komşu normal mukoza örneği (hasta başına 1 örnek), 3 hastadan toplandı ve dizilendi. Örnekler, tümör kesitlerinin apeks ve baz kısmından alındı. 2 hastanın, tek nükleotit varyant (TNV) datalarından oluşturulan filogenetik ağaçlar, klonal köken hipoteziyle uyumluydu; yani sonuçlar bu hastalarda tümörlerin aynı kökenden geldiği yönündeydi. Öteyandan, üçüncü hastanın örneklerine neoplastik materyal bulaştığı sonucuna varıldı. Dolayısıyla, bu hasta analizden çıkarıldı. Daha sonra, örneklerde TNV motifleri analiz edildi ve daha önceden de literatürde belirtildiği üzere; TpC* mutasyonlarının, özellikle tümör dalında zenginleştiği farkedildi. Bu bulgular ışığında, 2 hastada enfeksiyonu takiben APOBEC enzimleri (tek sarmallı DNA/RNA editleme proteinleri) aktivitesinin TpC* mutasyonu birikimine sebep olduğundan şüphelenildi. Bu mutasyonların bir kısmının kanseri tetikleyici bölgelerde yer alarak, tümörleşmeye sebep olduğu ve bunu takriben tümörlerin birbirinden ayrıldığı hipotezi öne sürüldü.
Özet (Çeviri)
New genome sequencing technologies today allow the study of cancer evolution within individual tissues. In bladder cancer, it is commonly observed that multiple tumours co-occur in a tissue. However, whether these tumours are related (clonal hypothesis) or develop independently but synchronously (field effect hypothesis), was yet unknown. In this study, exome sequencing data was utilized to reveal the origin of multifocal tumours. The data was generated in an experiment where samples from bladder tumour (3 tumour samples per patient) and neighbouring normal mucosa (1 normal sample per patient) from 3 patients were collected and sequenced. The tumour samples were composed of apex and base sections of the tumours. Thousands of single nucleotide variants (SNV) were called in each patient. The phylogenetic trees constructed by SNV datasets of the 2 patients showed a topology consistent with clonal origin hypothesis, with a long shared tumour branch, indicating that the tumours derive from the same origin. The third patient's samples were suspected to be contaminated with neoplastic material, and thus not included in the rest of the analysis. An analysis of SNV types with respect to sequence context revealed that TpC* mutations were particularly enriched on the shared tumour branch, indicative of activity of APOBEC enzymes (single stranded DNA/RNA editing proteins) causing accumulation of TpC* mutations. Thus, it is hypothesized that a period of APOBEC activity led to accumulation of TpC* mutations, some of which included driver mutations that led to tumour formation, and subsequent separation of the tumours in 2 patients.
Benzer Tezler
- YOĞUNLUK AYARLI ARK TEDAVİSİ (VMAT) PLANLARINDA DOZ ÇÖZÜNÜRLÜĞÜNÜN KALİTE KONTROL ÜZERİNE ETKİSİ
THE EFFECT OF DOSE RESOLUTION ON QUALITY ASSURANCE IN VOLUMETRİC MODULATED ARC THERAPY (VMAT) PLANS
SEHER KARAMAZI
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Radyasyon Onkolojisiİzmir Tınaztepe ÜniversitesiSağlık Fiziği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF EBRU ERMİŞ
PROF. DR. LÜTFİYE ZÜMRE ARICAN ALICIKUŞ
- Mesane kanseri tur materyallerinin histopatolojik değerlendirmesinde yapay zekanın rutine katkısı
The role of artificial intelligence in the workflow of histopathological evaluation of bladder cancer in transurethral resection specimens
NACİYE BETÜL BARUT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Patolojiİstanbul ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MESUDE YASEMİN ÖZLÜK
- Development of a biomarker panel for the differential diagnosis of muscle-invasive and non-muscle-invasive bladder cancer
Kasa invaziv ve kasa invaziv olmayan mesane kanserinin ayırıcı tanısı için bir biyomarker panelinin geliştirilmesi
ÖZDEN ÖZ
Doktora
İngilizce
2024
Moleküler TıpDokuz Eylül ÜniversitesiGenom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞERİF ŞENTÜRK
PROF. DR. MEHMET ÖZTÜRK
- Değişici epitel hücreli mesane kanserinde insan telomeraz reverse transkriptaz mutasyonunun yüksek ve düşük dereceli tümörlerde karşılaştırmalı analizi
Comparative analysis of human telomerase reverse transcriptase mutation in transitional epithelial cell bladder cancer in high and low grade tumors
MUSTAFA KAPLAN
Doktora
Türkçe
2023
OnkolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiMoleküler Onkoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA DUMAN
- Yüksek riskli mesane kanseri tanılı hastalar arasında T1 yüksek dereceli, T1 yüksek dereceli+karsinoma in situ ve izole karsinoma in situ tanılı hastaların her-2 ekspresyonu açısından karşılaştırılması ve bu ekspresyonun sağkalıma etkisi
Comparison of T1 high-grade, T1 high-grade+carcinoma in situ and isolated carcinoma in situ among patients diagnosed with high-risk bladder cancer in terms of her-2 expression and the effect of this expression on survival
HÜSEYİN SALİH KINA