Systematic and integrative analysis of breast cancer and other associated diseases using transcriptome data and interactome networks
Meme kanseri ve ilişkili hastalıkların transkriptom verileri ve interaktom ağları kullanılarak sistematik ve bütüncül analizi
- Tez No: 413448
- Danışmanlar: DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Hastalıklar nadiren tek bir gendeki anormallikler sonucunda oluşurlar, genellikle karmaşik hücresel ağlardaki (protein-protein etkileşim, transkripsyonel düzenleyici ve metabolik ağlar gibi) bozulmalar sonucunda meydana gelirler. İnsan protein interaktomunun kalite ve kapsamının tıbbi biyoloji gibi çeşitli disiplinlerde kullanılabilmesi için geliştirilmesi gerekmektedir. Bu nedenle, yüksek güvenilirlikli protein etkileşim ağı kurmak için yeni bir skorlama yöntemi geliştirilmiştir. Metotun uygulanabilirliği mayada, Saccharomyces cerevisiae, gösterilmiştir ve sonrasinda yüksek güvenilirlikli ve tamamlanmış bir insan interaktomu kurulmuştur. Bu çalışmada meme kanseri, üçlü negatif meme kanseri ve yemek borusu kanserlerinin moleküler mekanizmaları hakkında detaylı bilgi sunan çoklu omik analizleri kullanılmıştır. Bütüncül analizler sonucu ise her hastalığın mekanizmasına ait önemli ve hedef olabilecek yolaklar belirlenmiş, potansiyel ilaç hedefleri ve biyo-işaretçiler tayin edilmiştir. RHOB, ARGHDIB, GSTM3, MLPH, ATF5, CSF2RA, ve CXCL10 genlerinin üçlü negatif meme kanseriyle, ACPP, C2orf54, DYNLT3, KANK1, ENDOU, FMO2, HOMER3, RFC4, COL10A1, FNDC3B ve MARCKSL1 genlerinin de yemek borusu kanserleriyle ilişkili oldukları ilk olarak bu çalışmayla sunulmuştur. Hastalığa özel yeni ilaç hedefleri ve biyo-işaretçilerin belirlenmesini sağlayan önerdiğimiz çoklu-omik yaklaşımı meme kanseri, üçlü negatif meme kanseri ve yemek borusu kanserlerine yönelik yeni tanı ve kişiselleştirilmiş tıp tedavi yöntemlerinin tasarlanmasına olanak sağlayacaktır.
Özet (Çeviri)
The diseases are rarely the outcomes of aberrance in a single gene but they are consequents of the disruptions of the complex cellular networks including protein-protein interaction (PPI), transcriptional regulatory and metabolic networks. The quality and coverage of human protein interactome needs to be improved to be used in various disciplines, especially in biomedicine. Therefore, novel scoring methodology was developed for reconstruction of highly reliable protein-protein interaction network. The applicability of method was shown in yeast, Saccharomyces cerevisiae, and then a consensus – highly reliable, almost complete – interactome of Homo sapiens was reconstructed. A multi-omic discovery approach was developed which could offer detailed information about the molecular mechanisms of breast cancer, triple negative breast cancer (TNBC), and esophageal squamous cell carcinoma (ESCC). As a result of a comprehensive data assessment and processing, we identified disease specific signaling and metabolic pathways together with candidate novel drug targets and biomarkers. The associations of RHOB, ARGHDIB, GSTM3, MLPH, ATF5, CSF2RA, and CXCL10 with TNBC were reported for the first time. Moreover, ACPP, C2orf54, DYNLT3, KANK1, ENDOU, FMO2, HOMER3, RFC4, COL10A1, FNDC3B and MARCKSL1 were reported for the first time in ESCC. The multi-omics molecular target and biomarker discovery approach presented here can offer ways forward on novel diagnostics and potentially help to design personalized therapeutics for breast cancer, triple negative breast cancer and esophageal squamous cell carcinoma in the future.
Benzer Tezler
- Ulaş Sağlık Ocağı merkezinde nüfusun bazı niteliklerine ve konutların durumuna ilişkin bir çalışma
An Investigation carried out at the Ulaş Public Health Centre concerning some characteristics of the population and housing conditions in the district of Ulaş
EROL ŞANLI
Doktora
Türkçe
1985
Halk SağlığıCumhuriyet ÜniversitesiHalk Sağlığı Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SERVET ÖZGÜR
- Hazar Gölü-Ergani (Elazığ vilyeti) çevresinde yaşayan heteroptera türlerin sistematiği ve ekolojisi üzerine araştırmalar
Siystematich-ökologische untersuchurgen uber die ganzen (heteroptera) ausdem gebiet Hazar-see, maden und Ergani (Prov. Elazığ)
SUAT KIYAK
- Ankara botanik parkındaki bazı bitkilerin polenlerinin morfolojik çalışması
Morphological study of the pollen grains of some plants in Ankara botanic Park
MELAHAT KURTULUŞ
- İsmayıl Hakkı Baltacıoğlu'nun kültür ve eğitim kavramı üzerine bir inceleme
An Examination of the concepts of culture and education of Ismayıl Hakkı Baltacıoğlu
ABDULLAH DİKİCİ
Doktora
Türkçe
1986
Eğitim ve ÖğretimUludağ ÜniversitesiEğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SUAT ANAR