Çocukluk çağı nüks akut lösemi hastalarında tüm genom analizleri
Whole genome analysis in relapsed childhood acute leukemia
- Tez No: 412467
- Danışmanlar: PROF. DR. UĞUR ÖZBEK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Epigenetik, Genom, Lenfoblastik lösemi-akut, Metilasyon, Neoplazmlar, Nüks, Prekürsör hücreli lenfoblastik lösemi-lenfoma, Çocuk hastalıkları, Çocuklar, Epigenetic, Genome, Methylation, Neoplasms, Recurrence, Precursor cell lymphoblastic leukemia-lymphoma, Child diseases, Children
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Akut lösemilerin genetik karakterizasyonu genellikle sitogenetik analizler ve spesifik translokasyonların veya mutasyonların moleküler tekniklerle tespitine dayanmaktadır. Bu yaklaşım tanı için önemli olmakla beraber lösemilerin genetik alt yapısını açıklamak ve yüksek riskli hastaların belirlenebilmesi için yeterli değildir. Akut lenfoblastik lösemi nüksü çocukluk çağı kanserleri arasında dördüncü en sık rastlanan malignitedir. Var olan tedavi protokolleri ile daha iyi sonuçlar alınamaması ve akut löseminin heterojen bir hastalık olması nedeni ile nüks akut lösemilerin biyolojik ve moleküler temelinin daha iyi anlaşılması gerekmektedir. Bu doğrultuda hematoloji kliniklerinde n=10 B-ALL, n=6 T-ALL tanısı almış 16 hastanın tanı ve erken dönem nüks örnekleri ile ilgili kontrol örnekleri tüm genom metilasyonu Infinium HumanMethylation450K BeadChip kullanılarak incelenmiştir. Genel metilasyon profili analizlerinde, ALL örneklerinin kontrol örneklerine nazaran artmış metilasyon gösterdiği tespit edilmiştir. Kümelendirme analizlerinde ise ALL hastaları farklı alt gruplara ayrılmıştır. Eşlenik karşılaştırma analizlerinde nüks örnekleri artmış CpG metilasyonu ve kanser yolaklarında bozulmuş metilasyon paterni göstermiştir. Kontrol grupları ile yapılan analizlerde hücre döngüsü, adezyon ve glikolizlenmede rol oynayan genlerde anlamlı düzeyde metilasyon farklılığı tespit edilmiştir. Tüm genom metilasyon yaklaşımının uygulanması ile ALL'de sadece CpG adalarında değil genler arası bölgelerde de değişmiş metilasyon varlığı gösterilmiştir. Erken dönem nüks örnekleri genellikle kendi tanı örneklerine benzer bir profil göstermektedir. Bu bulgular tanı anında var olan klonun baskın hale geçerek nükse yol açtığını desteklemektedir. Kanser gelişiminde anahtar role sahip olan genlerdeki (transmembran proteinleri, glikoprotein, homebox genleri, kinaz genleri, çinko parmak proteinleri) bozulmuş metilasyon, epigenetik mekanizmaların ALL'de tedavi direnci ve kötü prognoz ile ilişkili olabileceği savını kuvvetlendirmektedir.
Özet (Çeviri)
Our understanding of the genetic factors contributing to the pathogenesis of acute lymphoblastic leukemia has relied on the detection of gross chromosomal alterations and mutational analysis of individual genes. Although these approaches have identified many important abnormalities, they have been unable to identify the full repertoire of genetic alterations in ALL. Relapsed ALL ranks as the fourth most common childhood malignancy. To identify targets for new therapies, a through understanding of the genetic lesions contributing to establishment of the leukemic clone and resistance to therapy is required. In this study, we screened diagnosis/relapse bone marrow samples from children with early relapsed Pre B-ALL (n=10), T-ALL (n=6) and related control samples by using Infinium HumanMethylation450K BeadChip. Our genome-wide methylation analysis revealed a distinctly higher methylation level in the ALL cohort compared with controls. In cluster analysis, ALL patients clustered different branch according to their methylation subsets. ALL cases displayed increased CpG methylation and aberrant methylation of cancer pathways in the relapsed samples compared with diagnose materials. Significant aberrant DNA methylation had been detected in cell cycle, cell adhesion and glycosylation related genes in ALL according to controls. Greater methylation enrichment was observed not only in CpG islands but also in intergenic regions by using whole genome methylation application in ALL. Early relapse samples were more likely to be similar to their respective diagnostic sample suggests that early-relapse results from the emergence of a related clone. Differential methylation profile had been detected in key genes (such as transmembrane proteins, glycoprotein, homeobox genes, kinase genes, zinc finger proteins) that play important role in cancer development. These findings support the contribution of epigenetics changes during the evolution of drug resistance and relapsed ALL.
Benzer Tezler
- Pamukkale Üniversitesi Çocuk Hematoloji Kliniğinde 2010 – 2020 yılları arasında akut lenfoblastik lösemi tanısı alan hastaların komplikasyon, relaps ve sağkalım oranlarının retrospektif değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of complication, relapse and survival rates of patients diagnosed with acute lymphoblastic leukemia between 2010 and 2020 at Pamukkale University Pediatric Hematology Clinic
EDA DİDEM KAYAKIRAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıPamukkale ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YILMAZ AY
- Çocukluk çağı lösemilerinde kateter komplikasyonları
Catheter complications in childhood leukemias
PELİN CANSU TURAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP KARAMAN
- Çocukluk çağı akut lenfoblastik lösemilerinde tedavinin kemik mineral metabolizmasına etkileri
Effects of childhood acute lymphoblastic leukemia treatment over bone mineral metabolism
SÜMEYRA GEDİK ÇALIŞKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
Çocuk Sağlığı ve Hastalıklarıİstanbul ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP KARAMAN
- 1997-2017 yılları arasında çocuk hematoloji-onkoloji kliniğinde takip edilen akut lenfoblastik lösemi ve akut myeloblastik lösemi tanılı olguların retrospektif analizi
Retrospective analysis of acute lymphoblastic leukemia and acute myeloblastic leukemia diagnosed in childhood hematollogy-oncology clinic between 1997-2017
SEDEF TERZİOĞLU ÖZTÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
HematolojiAtatürk ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ZUHAL KESKİN YILDIRIM
- Akut lenfoblastik lösemili olgularda akım sitometri ile immunfenotipleme ve prognoz ilişkisi
Effect of immunophenotyping with flow cytometry on prognosis for childhood acute lymphoblastic leukemia: A single center experience
SULTAN AYDIN KÖKER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
HematolojiSağlık BakanlığıÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FERAH GENEL