Hamsi Balığı (Engraulis encrasicolus L., 1758)'nın genom düzeyinde doku spesifik transkriptom analizi
Genome-wide tissue specific transcriptome analysis of European Anchovy Fish (Engraulis encrasicolus L., 1758)
- Tez No: 411502
- Danışmanlar: PROF. DR. MELİKE BELKIZ ERKAN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Biyoloji, Genetics, Biology
- Anahtar Kelimeler: Moleküler genetik, Molecular genetic
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Zooloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Ülkemiz denizlerinde sürü oluşturan hamsi balığı, ekonomik ve ekolojik potansiyeli yüksek bir balık türüdür. Hamsi balığının ekolojik ve ekonomik açıdan önemi, yüksek üreme kapasitesi ve bununla paralel olarak populasyonları oluşturan birey sayısının fazla olmasından ileri gelmektedir. Çalışmamızda, hamsi balığının genom düzeyinde transkriptom profili Illumina HiSeq 2000 dizileme teknolojisi ortaya konulmuştur. Dizileme reaksiyonu sonucunda ~ 574 milyon temiz okuma elde edilmiş ve de novo inşaa yöntemleri ile 66,539 adet özgün transkript seti oluşturulmuştur. Biyoinformatik analizle hamsi balığının somatik doku (kas, karaciğer ve böbrek) ve juvenil bireye ait transkriptom seti, gonadal (testis ve ovaryum) transkriptom seti ile karşılaştırılmıştır. Analiz sonucunda, sırasıyla ovaryum ve testiste işlev gören; (i) 199 ve 325 protein dizisi, (ii) 62 ve 61 GO terimi, (iii) 46 ve 99 KEGG ortoloji terimi, (iv) 23 ve 27 transkriptsiyon faktörü belirlenmiştir. Ovaryum ve testis dokusu arasında 16,664 transkriptin ifadesinde (p<0.001) anlamlı değişim saptanmıştır. İfadesi en çok değişim gösteren transkriptler arasından, 12 transkriptin ifadesi gerçek zamanlı PCR ile doğrulanmıştır. Sonuç olarak, hamsi balığına ait konsensüs ve gonadal transkriptomik veri seti hamsi balığının yüksek üreme kapasitesine ilişkin önemli veri sunacaktır.
Özet (Çeviri)
Anchovy found in a large school of the ountry's seas is a fish species having a high economic and ecological potential. The significance of anchovies in terms of economic and ecological arised from their high reproduction capacity and in parallel with the number of individuals constituting populations. In our study, the genome-wide transcriptome profile of anchovy was determined using Illumina HiSeq 2000 sequencing technology. As a result of sequencing, ~ 574 million clean reads obtained and 66,539 unique transcript set was constructed using de novo transcriptome methods. With bioinformatic analysis, the transcriptomic sets of anchovy's somatic tissue (muscle, live and kidney) and juveniles were compared to gonadal (testis and ovary) transcriptomic sets. After analysis, (i) 199 and 325 protein sequences, (ii) 62 and 61 GO terms, (iii) 46 and 99 KEGG ontology terms and (iv) 23 and 27 transcription factors were determined in ovary and testis, respectively. A significant differences (p<0.001) was found in the expression levels of 16,664 transcripts between ovary and testis. Among most differentially expressed transcripts, the expressions of 12 transcripts were verified using qPCR. In conclusion, anchovy consensus and gonadal transcriptomic data sets will provide an important understanding about anchovy's high reproduction capacity.
Benzer Tezler
- Türkiye denizlerinde yaşayan hamsi (Engraulis encrasicolus (L. 1758))'nin morfolojik ve genetik yapısının incelenmesi
The Examination of morphologic and genetic structure of anchovy (Engraulis encrasicolus (L. 1758)) in Turkish seas
ZELİHA AKA
Doktora
Türkçe
2003
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HATİCE TORCU KOÇ
DOÇ. DR. CEMAL TURAN
- Sinop yöresinde avlanan kalkan (Scophthalmus maeoticus Pallas,1811) balıklarının, bazı biyolojik özelliklerinin belirlenmesi üzerine bir araştırma
The research on the determinates of the some biological characteristics of the turbot (Scophthalmus meaoticus Palla, 1811) caught in the Sinop region
NECATİ SAMSUN
Doktora
Türkçe
2004
Su ÜrünleriOndokuz Mayıs ÜniversitesiSu Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. OSMAN SAMSUN
- Hamsinin (engraulis encrasicolus L. 1758) balıkçılık biyolojisi bakımından çeşitli özelliklerine ilişkin bir araştırma
A Research on the some charecteristics of anchovy (engraulis encrosicolus L. 1758) as wiew point of the fishery biology
EMİN ÖZDAMAR
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Su ÜrünleriOndokuz Mayıs ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İBRAHİM ERKOYUNCU
- Farklı paketleme tekniklerinin hamsi (Engraulis encrasicolus L., 1758) marinatı üzerine uygulanabilirliği ve kalitelerinin incelenmesi
Investigation of the quality and application of the different packaging techniques on the anchovy (Engraulis encrasicolus L., 1758) marinate
İRFAN KESKİN
Doktora
Türkçe
2019
Su ÜrünleriSinop ÜniversitesiSu Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET EMİN ERDEM
- Buzdolabında depolanan hamsi (Engraulis Encrasicholus, L., 1758) balığının raf ömrüne biberiye (Rosmarinus officinalis L.) ekstraktının etkisi
Effect of rosemary (Rosmarinus officinalis L.) extract on anchovy (Engraulis encrasicholus, L., 1758) its shelf life of stored in the refrigerator
AYSUN GARGACI
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Su ÜrünleriSinop ÜniversitesiSu Ürünleri Avlama ve İşleme Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜNKAR AVNİ DUYAR