Geri Dön

High-performance meta-genomic gene identification

Başlık çevirisi mevcut değil.

PDF İndir

  1. Tez No: 401703
  2. Yazar: İBRAHİM SAVRAN
  3. Danışmanlar: PROF. JOHN R. ROSE
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Unıversıty Of South Carolıne
  10. Enstitü: Yurtdışı Enstitü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Özet yok.

Özet (Çeviri)

Computational Genomics, or Computational Genetics, refers to the use of computational and statistical analysis for understanding the structure and the function of genetic material in organisms. The primary focus of research in computational genomics in the past three decades has been the understanding of genomes and their functional elements by analyzing biological sequence data. The high demand for low-cost sequencing has driven the development of highthroughput sequencing technologies, next-generation sequencing (NGS), that parallelize the sequencing process, producing thousands or millions of sequences concurrently. Moore's Law is the observation that the number of transistors on integrated circuits doubles approximately every two years; correspondingly, the cost per transistor halves. The cost of DNA sequencing declines much faster, which implies more new DNA data will be obtained. This large-scale sequence data, produced with high throughput sequencing technologies, needs to be processed in a time-effective and cost-effective manner. In this dissertation, we present a high-performance meta-genome gene identification framework. This framework includes four modules: filter, alignment, error correction, and gene identification. The following chapters describe the proposed design and evaluation of this pipeline. The most computationally expensive kernel in the framework is the alignment procedure. Thus, the filter module is developed to determine unnecessary alignment operations. Without the filter module, the alignment module requires 1.9 hours to complete all-to-all alignment on a test file of size 512,000 sequences with each sequence average length 750 base pairs by using ten Kepler K20 NVIDIA GPU. On the other hand, when combined with the filter kernel, the total time is 11.3 minutes. Note that the ideal speedup is nearly 91.4 times faster when new alignment kernel is run on ten GPUs ( 10*9.14). We conclude that accuracy can be achieved at the expense of more resources while operating frequency can still be maintained.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    421146

    Discovery of new cellulose-hydrolyzing enzymes using metagenomic approach

    Metagenomik yöntem kullanılarak selüloz parçalayan yeni enzimlerin keşfedilmesi

    SEVDE ŞENCAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Mikrobiyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR

    DOÇ. DR. YAVUZ ÖZTÜRK

  2. Tez No

    622946

    Metastatik küçük hücreli dışı akciğer kanseri hastalarında likit biyopsi ile çalışılan mutasyon panelinin terapötik ve prognostik önemi

    The therapeutic and prognostic importance of the mutation panel working with liquid biopsy in patients with metastatic non small cell lung cancer

    MEHMET ERGİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    OnkolojiErciyes Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. METİN ÖZKAN

  3. Tez No

    688848

    Recombinant production and characterization of serine protease enzyme from Virgibacillus sp. AGTR strain using site directed mutagenesis

    Virgibacillus sp. AGTR suşundan izole edilen serin proteaz enziminin bölgeye yönelik mutagenez yöntemi kullanılarak rekombinant üretimi ve karakterizasyonu

    EVRİM KAPUCU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

  4. Tez No

    528622

    Anaerobic biodegradation of petroleum based waste

    Petrol bazlı atıkların anaerobik biyodegradasyonu

    ASLINUR ÇALIŞIYOR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Çevre MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BAHAR İNCE

    DOÇ. DR. SEVCAN AYDIN

  5. Tez No

    574407

    Investigation of various anaerobic biodegradation strategies on petroleum contaminated soil

    Petrolle kirlenmiş topraklarda çeşitli anaerobik biyodegradasyon stratejilerinin incelenmesi

    YILDIZ ERDENER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ORHAN İNCE

Geri Dön