Geri Dön

Inferring the binding preferences of RNA-binding proteins

Başlık çevirisi mevcut değil.

PDF İndir

  1. Tez No: 400724
  2. Yazar: HİLAL KAZAN
  3. Danışmanlar: DR. QUAID MORRIS
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2012
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Unıversıty Of Toronto
  10. Enstitü: Yurtdışı Enstitü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Özet yok.

Özet (Çeviri)

Post-transcriptional regulation is carried out by RNA-binding proteins (RBPs) that bind to speci c RNA molecules and control their processing, localization, stability and degradation. Experimental studies have successfully identi ed RNA targets associated with speci c RBPs. However, because the locations of the binding sites within the targets are unknown and because RBPs recognize both sequence and structure elements in their binding sites, identi cation of RBP binding preferences from these data remains challenging. The unifying theme of this thesis is to identify RBP binding preferences from experimental data. First, we propose a protocol to design a complex RNA pool that represents diverse sets of sequence and structure elements to be used in an in vitro assay to e ciently measure RBP binding preferences. This design has been implemented in the RNAcompete method, and applied genome-wide to human and Drosophila RBPs. We show that RNAcompete-derived motifs are consistent with established binding preferences. We developed two computational models to learn binding preferences of RBPs from large-scale data. Our rst model, RNAcontext uses a novel representation of secondary structure to infer both sequence and structure preferences of RBPs, and is optimized for use with in vitro binding data on short RNA sequences. We show that including structure information improves the prediction accuracy signi cantly. Our second model, MaLaRKey, extends RNAcontext to t motif models to sequences of arbitrary length, and to incorporate a richer set of structure features to better model in vivo RNA secondary structure. We demonstrate that MaLaRKey infers detailed binding models that accurately predict binding of full-length transcripts.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    346194

    A novel structural protein-protein interaction network model: Its applications on drug off-target prediction and genotype-phenotype linkage

    Yeni bir yapısal protein-protein etkileşimi ağ modeli: Bu modelin ilaç uzak-hedeflerinin tahmininde ve genotip-fenotip bağlantısı kurmaktaki uygulamaları

    HATİCE BİLLUR ENGİN ARAS

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolKoç Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

    PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA

  2. Tez No

    260509

    Pediatrik obez olgularda serum A-FABP, sVCAM-1, sE-selektin ve adiponektin düzeyleri ile karotis intima media kalınlığı arasındaki ilişkinin değerlendirilmesi

    The evaluation of the relationship between serum levels of A-FABP, sVCAM-1, sE--selectin, adiponectin and carotid intima media thickness in pediatric obese patients

    EYLEM SEÇKİN BOZKURT

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    BiyokimyaDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİLİZ KURALAY

  3. Tez No

    156600

    İlkokul çocuklarında boy kısalığı, malnütrisyon, obezite insidansı ve bazı nütrisyonel parametrelerin büyüme üzerine etkileri

    To determine the incidence of malnutrition, short stature and obesity in primary school children in the roles to the nutritional satus of these children

    ZEHRA ASLAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıErciyes Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. MUSTAFA KENDİRCİ

  4. Tez No

    335499

    Bis-akridin ligantlarının sentezi, yapısal karakterizasyonu, antimikrobiyal aktiviteleri ve DNA ile etkileşimlerinin incelenmesi

    The synthesis, structural charaterization, antimicrobial activities and DNA interaction of bis-acridin ligands

    HAYRETTİN DİNÇ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    BiyokimyaDicle Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT KIZIL

  5. Tez No

    207415

    İslam hukukunda muvazaa kavramı

    The notion of muvazaa in the Islamic law

    AHMET MEYDAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    HukukMarmara Üniversitesi

    Temel İslam Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. FAHRETTİN ATAR

Geri Dön