Yabani zeytinde (Olea europaea L. subsp. oleaster) yüksek verimli RNA dizilemesi ile yaprak ve pedisel dokularındaki korunmuş ve yeni miRNA ve hedef genlerinin karakterizasyonu
Characterization of conserved and novel miRNAs in leaf and pedicel Ttissue and their targets in Olive (Oleaea Europa L. subsp. oleaster) from RNA deep sequence
- Tez No: 395736
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Mikro RNA, Olea europaea L., Yabani zeytin, Micro RNA, Olea europaea L., Olea europaea L. subsp. oleaster
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çankırı Karatekin Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Zeytin bitkisi Akdeniz havzasına özgü ve iklimin tipik bitkilerinden birisi olup, sağlık, gıda, kozmetik gibi alanlarda yüksek ekonomik değeri olan ve ülkemizin de önemli miktarda yetiştiriciliğini üstlendiği bir ağaçtır. mikroRNAlar 18-22 nükleotid uzunluğunda, protein kodlamayan ancak gen ifadesi düzenlenmesinde post-transkripsiyonel olarak rol oynayan tek zincirli RNA dizileridir ve stres dayanıklılığı, gelişim gibi süreçlerde miRNAların işlevleri bilinmektedir. Bu çalışmada yabani zeytin bitkisinin yaprak ve pedisel dokularının Temmuz ve Kasım aylarında alınan örneklerinin RNAları izole edilerek yüksek verimli dizileme teknolojisiyle elde edilen okumalar üzerinden ve küçük RNA kütüphanesi kullanılarak yeni ve korunmuş miRNA tespiti biyoinformatik olarak yapılmış, katlanma yapıları RNAfold ile belirlenmiştir. Analizler sonucu toplamda 20 korunmuş, 23 yeni miRNA bulunmuştur. Hedef mRNAların gen ontolojisi Blast2GO ile yapılmış, miRNAlar ve hedefleri eş zamanlı PCR deneyi yapılmış ve 7 örnekten 5 miRNA/hedef arasındaki ilişki doğrulanmıştır.
Özet (Çeviri)
Olive is a tree that is specific to Mediterranean basin and one of the typical plants of the climate and has high values on fields like health, food, cosmetics and our country bears the production in significant amounts. microRNAs are 18-22 nucleotide long non-coding, single-stranded RNA sequences that regulates gene expression on post-transcriptional level and are known to be involved in various biological processes such as stress tolerance and development. In this study samples were taken on July and November from wild olive tree's pedicel and leaf tissues and their RNA extracted to identify conserved and novel miRNAs bioinformatically on the RNA sequence and small RNA deep-seq and novel and conserved miRNAs were obtained via bioinformatics. As a result 20 conserved and 23 novel miRNAs were detected. Gene ontologies of target mRNAs were done via Blast2GO and the expression levels of miRNAs and their target genes were quantified by qRT-PCR. 5 out of 7 miRNA/target gene relationship were verified.
Benzer Tezler
- Yabani zeytin (Olea europaea L. var. oleaster) bitkisi genomunda MADS-box transkripsiyon faktörü ailesi tanımlanması ve qRT- PZR ile ifade analizi
Identification and expression analysis of MADS-box transcription factor family genes in wild olive (Olea europaea L. var. oleaster) genome
GÜNSELİ BABAOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyolojiÇankırı Karatekin ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TURGAY ÜNVER
- Türkiye'nin batı kıyılarından örneklenen yabani zeytin (Olea europaea L. subsp. europaea var. oleaster ) populasyonlarındaki genetik çeşitliliğin RAPD belirteçleri yardımıyla belirlenmesi ve yaygın olarak kullanılan kültür zeytini (O. europaea L. subsp. europaea var. sativa) çeşitlerinin bu belirteçlerle genetik karakterizasyonu
Determination of genetic variation in wild olive (Olea europaea L. subsp. europaea var. sativa) in western coasts of Turkey by RAPD markers
DUYGU IŞIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
BiyolojiMuğla ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BELGİN GÖÇMEN TAŞKIN
- İslahiye ve Hassa ilçelerinde yabani zeytin (Olea europaea spp. Oleaster) seleksiyonu
Wild olive (Olea europaea spp.Oleaster) selection in Islahiye and Hassa region
HATİCE GÖZEL
Doktora
Türkçe
2018
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜRÜVVET ILGIN
- Kilis yağlık zeytin çeşidinde boncuklanmanın yağ oranı ve kalitesi üzerine etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of pilling on the oil ratio and quality in Kilis yaglik olive variety
ERHAN TURAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
ZiraatKilis 7 Aralık ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NAZIM ŞEKEROĞLU
- Basın perspektifinden Marmara Bölgesi'nde zeytin ve zeytincilik faaliyetleri (1923-1960)
Olive and olive growing activities in the Marmara Region as reflected in the press (1923-1960)
EMİNE DEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
TarihBilecik Şeyh Edebali ÜniversitesiTarih Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ DİLARA USLU