Streptococcus mutans karbonik anhidrazının ekspresyonu, saflaştırılması, elektroforetık ve kinetık özelliklerinin araştırılması
Expression and purification of streptococcus mutans carbonic anhydrase and investigation of its electrophoretic and kinetic properties
- Tez No: 395613
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. SEMRA IŞIK, YRD. DOÇ. DR. HATİCE YILDIRIM
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyokimya, Kimya, Biochemistry, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Streptococcus mutans, karbonik anhidraz, β-sınıfı enzim, ekspresyon, inhibitor, sulfonamid, Karbonat dehidrataz, Karbonik anhidraz inhibitörleri, Protein ekspresyonu, Streptococcus mutans, carbonic anhydrase, β-class enzyme, expression, inhibitor, sulfonamide, Carbonic anhydrase inhibitors, Protein expression
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Balıkesir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Diş çürüğü oluşumuna sebep olan oral patojenik bakteri Streptococcus mutans, β-sınıfı karbonik anhidrazı (CA, EC 4.2.1.1), SmuCA, kodlar. Karbonik anhidrazlar tüm canlılar aleminde karbondioksitin bikarbonat ve protona hidrasyonu gibi basit ancak fizyolojik açıdan önemli olan bir reaksiyonu katalizler. Bu çalışmada bazı klasik ve klinik sülfonamidlerin SmuCA üzerine inhibisyon etkileri araştırıldı. SMU_328 geni S.mutans UA159 genomundan PCR'a dayalı teknik ile çoğaltıldı. SMU_328 geni pGEM-T Easy vektörüne ve ardından da pET30a ekspresyon vektörüne klonlandı. SmuCA' nın ekspresyonu E.coli BL21(DE3) içerisinde gerçekleştirildi. SmuCA, Ni-NTA afinite kolonu ile saflaştırıldı. Enzimin saflığı Sodyum Dodesil Sülfat Poliakrilamid Jel Elektroforezi (SDS-PAGE) ile tespit edildi. Enzim aktivitesi ve inhibisyon çalışmaları Stopped flow cihazı ile yapıldı. SmuCA üzerine 40 adet sülfonamidin inhibisyon etkisi araştırıldı. SmuCA kcat = 4.2 x 105 s-1 ve kcat/Km = 5.8 × 107 M-1 x s-1 ile CO2 hidrasyon reaksiyonu için iyi bir katalitik aktivite göstermiştir ve çoğu sülfonamidler ile etkili bir şekilde inhibe edilmiştir (Kı değerleri 246 nM – 13.5 µM). En etkili SmuCA inhibitörleri bromosulfanilamid, deasetile asetazolamid, 4-hidroksimetilbenzensülfonamid, pirimidin-yerdeğiştirilmiş sulfanilamid, aminobenzolamid ve yapıca benzeri olanlar ile birlikte asetazolamid, metazolamid, indisulam ve valdekoksib olarak belirlenmiştir. Bu bileşikler 246 ve 468 nM arasında değişen inhibisyon sabiti göstermişlerdir.
Özet (Çeviri)
Streptococcus mutans, the oral pathogenic bacterium provoking dental caries formation, encodes for a β-class carbonic anhydrase (CA, EC 4.2.1.1), SmuCA. Carbonic anhydrases catalyze a simple but physiologically important reaction in all life kingdoms, the hydration of carbon dioxide to bicarbonate and protons. In this study the inhibition effects of some classical and clinical sulfonamides on SmuCA were investigated. SMU_328 gene was amplified from S.mutans UA159 genom by PCR based strategy. SMU_328 gene was cloned into pGEM-T Easy vector and subsequently into pET30a expression vector. The exypression of SmuCA was performed in E.coli BL21(DE3). SmuCA was purified by Ni-NTA affinity column. The purity of enzyme was determined by Sodium Dodesyl Sulfate Polyacrilamide Gel Electrophoresis (SDS-PAGE). Enzyme activity and inhibition studies were performed by Stopped Flow spectrophotometer. The inhibition effects of 40 sulfonamides on SmuCA were investigated. SmuCA has showed a good catalytic activity for the CO2 hydration reaction, with kcat 4.2 x 105 s-1 and kcat/Km of 5.8 × 107 M-1 x s-1, and was efficiently inhibited by most sulfonamides (KIs of 246 nM – 13.5 µM). The best SmuCA inhibitors were bromosulfanilamide, deacetylated acetazolamide, 4-hydroxymethylbenzenesulfonamide, a pyrimidine-substituted sulfanilamide, aminobenzolamide and compounds structurally similar to it, as well as acetazolamide, methazolamide, indisulam and valdecoxib. These compounds showed inhibition constants ranging between 246 and 468 nM.
Benzer Tezler
- İkiz çocuklarda ağız-diş sağlığı ve tükürük parametrelerinin değerlendirilmesi
Evaluation of oral-dental health and saliva parameters in twin children
NİL CEREN MUNGAN
Doktora
Türkçe
2020
Diş HekimliğiMarmara ÜniversitesiPedodonti Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERAP HATİCE AKYÜZ
- Streptococcus mutans ile enfekte edilen ratlarda enfektivite penceresi ve transplasental immünite açısından diş çürüğünün değerlendirilmesi
Evaluation of dental caries with respect to window of infectivity and transplasental immunity in streptococcus mutans infected rats
İZGÜ BEYAR
Doktora
Türkçe
2000
Diş HekimliğiGazi ÜniversitesiPedodonti Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. NEŞE AKAL
PROF.DR. GÜVEN KÜLEKÇİ
- Streptococcus mutans'ın aile bireylerinden izolasyonu, identifikasyonu ve aile içi geçişinin moleküler biyolojik yöntemlerle saptanması
Isolation and identification of Streptococcus mutans from family members and detection of intra-familial transmission by molecular biological methods
ELİF ESİN HAMEŞ KOCABAŞ
- Streptococcus mutans ve streptococcus sobrinus biyofilmlerinde üç farklı fluorid verniğinin fluorid konsantrasyonlarının ve antibakteriyel etkilerinin incelenmesi
The examination of the antibacterial effects and fluoride concentrations of three different dental varnishes in streptococcus mutans and streptococcus sobrinus biofilms.
ARZU PINAR ERDEM
- Streptococcus mutans'ın anne-çocuk geçişinin ap-pcr metoduyla saptanması ve diş çürüğü ile ilişkisi
The establishment of mother-child transmission of streptococcus mutans with ap-pcr method and the relation with dental caries
MEHMET SERTAÇ PEKER