Kabak sarı mozaik virüsü izolatlarının kodladığı genlerin diziliminin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu
Sequencing and moleculer characerization of genes encoded by Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) isolates
- Tez No: 392619
- Danışmanlar: PROF. DR. FİLİZ ERTUNÇ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Bitki virüsleri, Kabak sarı mozaik virüsü, Kabakgiller, Plant viruses, Zucchini yellow mosaic virus, Gourd family
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışma, kabakgil alanlarında problem olan kabak sarı mozaik virüsü (Zucchini yelllow mosaic virus–ZYMV) izolatlarının kodladığı genlerin dizilimlerinin belirlenmesi amacı ile yapılmıştır. Bu doğrultuda Ankara, Antalya, Burdur illerinden alınan enfekteli kabakgil bitkileri Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV), Cucumber mosaic virus (CMV), Watermelon mosaic virus (WMV), Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), Papaya ringspot virus-W (PRSV-W) ve Squash mosaic virus (SqMV) antiserumları ile DAS-ELISA testine tabi tutulmuştur. Test sonuçlarına göre 233 örneğin 86'sının (%36,9) ZYMV, 116'sının (%49,7) WMV, 36'sının (15,4) CMV, 22'sinin (%9) PRSV, 6' sının (%2,5) SqMV, 20'sinin (8,5) CGMMV ile enfekteli olduğu bulunmuştur. DAS-ELISA testleri sonunda Ankara ve Antalya illerinde en yaygın virüsler WMV ve ZYMV olarak belirlenmiştir. Çalışmada ilk defa sakız kabağı ve bal kabağı bitkilerinde CGMMV etmeninin varlığı serolojik olarak tespit edilmiştir. Test sonunda ZYMV ile enfekteli bitkiler seçilmiş ve Konya, Karaman ve Aksaray illerinden toplanan farklı kabakgillerden izole edilen ZYMV izolatları ile birlikte moleküler olarak, P1 protein, yardımcı bileşen protein (HC-Pro), P3 protein, silindirik inclusion protein (CI), Nüklear inclusion protein b (NIb) ve örtü proteini (CP) gen bölgelerinin baz dizilimi belirlenmiş ve MEGA 6 bilgisayar programı kullanılarak filogenetik ve protein analizi yapılmıştır. Çalışmada 53 izolatın gen bölgelerinin sekans verileri NCBI veri bankasında yer alan sekanslarla karşılaştırılmış ve 50 tane ZYMV Türkiye izolatı Dünya'da ve Avrupa'da en yaygın olan A1 grubunda yer alırken üç tane ZYMV Türkiye izolatı Avrupa'da yeni ortaya çıkan A4 grubunda yer almıştır. Bu sonuçlarla Türkiye'de ilk defa ZYMV izolatlarının gen bölgelerine ait bilgiler elde edilmiş ve rekombinant olan izolatların varlığı rapor edilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, was performed to determine the sequences of the genes encoded by isolates of Zucchini yellow mosaic virus causing problem in cucurbits. Collected samples suspected to be infected from Ankara, Antalya, Burdur were tested with DAS-ELISA test to Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV), Cucumber mosaic virus(CMV), Watermelon mosaic virus (WMV), Cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV), Papaya ringspot virus-W (PRSV-W) and Squash mosaic virus (SqMV). According to the test results, samples were found to be infected with 86 ZYMV (36,9%), with 116 WMV (49,7%), with 36 CMV (15,4%), with 22 PRSV (9%), with 6 SqMV (2,5%) and with 20 CGMMV (8,5%). DAS-ELISA tests based on the results of Ankara and the most common viruses in Antalya province has been identified as WMV and ZYMV. In this study, CGMMV were determined first time in squash and pumpkins plants. Selected plants with infected by ZYMV and ZYMV isolates from different cucurbit plants obtained from Konya, Karaman and Aksaray, were sequenced the P1 protein, helper components protein (HC-Pro), P3 protein, cylindrical inclusion (CI), nuclear inclusion (NIB) protein and coat protein (CP) were determined according to sequence of the gene. Fifty three protein isolate sequence data were compared with sequences located in the NCBI data base. Fifty isolates from ZYMV Turkey were grouped in common group A1 and three ZYMV isolate Turkey took place in the newly emerging group in Europe A4.
Benzer Tezler
- Tekirdağ ilinde bazı kabakgil virüslerinin araştırılması ve karpuz mozaik virüsü (watermelon mosaic virus, wmv)'nün moleküler karakterizasyonu
Investigation of some cucurbit viruses and molecular characterization of watermelon mosaic virus (wmv) in Tekirdağ province
DENİZ KARABULUT
Doktora
Türkçe
2020
ZiraatTekirdağ Namık Kemal ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GASSAN KÖKLÜ
- Hıyar mozaik virüsü ile Zucchini sarı mozayik virüsünün kabak bitkisinde karşılıklı etkileşimleri üzerinde araştırmalar
The dedection of the yield losses caused by the interactions of Cucumber mosaic virus and Zucchini yellow mosaic virus on squash
ZEKİYE VARGÜN
- Bazı yazlık kabak (Cucurbita pepo L.) çeşitlerinde Arbusküler Mikorhizal Fungus (AMF) uygulamasının kabak sarı mozaik virüsü (Zucchini yellow mosaic potyvirus - ZYMV)' ne etkileri
The effects of application of Arbuscular Mycorrhizal Fungus (AMF) on the Zucchini yellow mosaic potyvirus - ZYMV in the some of the summer squash cultivars
AYŞE COŞKUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
ZiraatYüzüncü Yıl ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMRA DEMİR
- Kabak sarı mozayik virüsü (Zucchini Yellow Mosaic Virus, ZYMV)'nün tanısı ve bitki aktivatörleri kullanılarak mücadele olanaklarının araştırılması
Identification of Zucchini Yellow Mosaic Virus (ZYMV) isolate and search of possible using of plant activators in ZYMV control
ASİME FİLİZ ÇALIŞKAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2007
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUHARREM ARAP KAMBEROĞLU
- Molecular evaluation of summer squash (Cucurbita pepo L.) germplasm for zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) resistance
Yazlık kabak (Cucurbita pepo L.) germplazmının kabak sarı mozaik virüsü (ZYMV) dayanıklılığı açısından moleküler olarak değerlendirilmesi
GİZEM GİRGİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyoteknolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiBiyomoleküler Bilimler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGE KARAKAŞ METİN