Prediction of drug-drug interactions from chemogenomic and gene-gene interactions and analysis of drug-drug interactions
İlaç-ilaç etkileşimlerinin kemogenomik ve gen-gen etkileşimlerinden tahmini ve analizi
- Tez No: 392237
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MURAT ÇOKOL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Mikrobiyoloji, Moleküler biyoloji, Reçetesiz ilaçlar, İlaç kombinasyonları, İlaç reçeteleri, İlaç tedavisi-kombine, Microbiology, Molecular biology, Nonprescription drugs, Drug combinations, Drug prescriptions, Drug therapy-combination
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Bilimleri ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bir organizmaya uygulanan farklı ilaçların beraber kullanıldıklarında gösterdikleri etkileşimler, gerek sinerji gerek antagonizm şeklinde, klinik önem taşımaktadır. Ayrıca, ilaç-ilaç etkileşimlerinin mekanizmasını ve doğasını anlamak büyük hem pratik hem de teorik açıdan önemlidir. Daha önce ilaç-ilaç ve gen-ilaç etkileşimleri üzerinde çalışılmış olsa da, bu verilerden ilaç-ilaç etkileşimlerinin tahmini ve rasyonalizasyonu karmaşık bir problem oluşturmaktadır. Projemizde bu problemin işlemli olarak çözülmesi için bir strateji sunuyoruz. Kullandığımız yöntem yayınlanmış, büyük çaplı genetik, kemogenomic ve ilaç-ilaç etkileşimi verilerini kullanarak S. cerevisiae'da sinerjistik ya da antagonistik etkileşimler yapma ihtimali yüksek olan bileşik çiftleri bulmaktadır. İlaçlar için, heterozigot delesyonları ilaca duyarlılık yaratan genleri 'hedef adayları' olarak tanımladık. İlaç çiftlerinin 'hedef adayları' arasındaki genetik etkileşimlerin sıklığına bakarak, bunu genel genetik etkileşim sıklığı ile karşılaştırdık. Bunu temel alarak bilinmeyen ilaç çiftlerinin etkileşimini tahmin etmeye çalıştık ve bazı tahminleri deneysel olarak kontrol ettik. Ayrıca, DrugBank veritabanında bulunan ilaç-ilaç etkileşimlerini analize ettik. DrugBank insanlarda klinik olarak kullanılan ilaçların etkileşimlerinin doğal dil olarak içermektedir. Bu verileri elle kategorize ve standardize ederek bilgisayarla okunabilen bir formata çevirdik. Bu verilerin de analizini sunuyoruz.
Özet (Çeviri)
The interactions between multiple drugs administered to an organism concurrently, whether in the form of synergy or antagonism, are of clinical relevance. Moreover, un-derstanding the mechanisms and nature of drug-drug interactions is of great practical and theoretical interest. Work has previously been done on gene-gene and gene-drug interactions, but the prediction and rationalization of drug-drug interactions from this data is not straightforward. We present a strategy for attacking this problem and produc-ing a computational solution. Our approach makes use of published work on large-scale genetic, chemogenomic and drug-drug interactions in order to find compound pairs that are likely to interact synergistically or antagonistically with each other in S. cerevisiae. We defined gene sets whose heterozygous deletion confers sensitivity to a drug as 'drug target candidates.' For each drug pair whose interaction is known in S. cerevisiae, we found the number of genetic interactions between each drug's 'target candidates.' We examined whether genetic interaction frequency between 'drug target candidates' is dif-ferent than overall genetic interaction frequency. We attempted to use this as a basis for prediction of drug-drug interactions, and experimentally tested some of the interactions. Additionally, we have also analyzed the DrugBank database of drug-drug interactions. DrugBank includes data about the interactions of clinically used drugs in human pa-tients, which is supplied in natural language format. We have standardized this data by a process of manual curation, and produced a large dataset of machine-readable human drug-drug interaction data. We also present some analyses performed on this dataset.
Benzer Tezler
- Biyoinformatik yaklaşımlarla ilaç-metabolit etkileşimlerinin tahmini:Toksikolojik profil ve ilaç geliştirme için potansiyel uygulamalar
Prediction of drug-metabolite interactions with bioinformatics approaches: Potential applications for toxicological profile and drug development
FIROUZ MOHAMMADI KHANGHAH
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Farmasötik ToksikolojiAnadolu ÜniversitesiToksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM ATLI EKLİOĞLU
- Predicting the binding affinities of drug-protein interaction by analyzing the images of binding sites
Bağlanma alanlarının görüntülerini inceleyerek ilaç-protein etkileşiminin bağlanma eğiliminin tahmin edilmesi
ÖZLEM ERDAŞ
Doktora
İngilizce
2013
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FERDANUR ALPASLAN
PROF. DR. MEHMET ERDEM BÜYÜKBİNGÖL
- Text-based machine learning methodologies for modelling drug-target interactions
Protein-ilaç etkileşimlerinin metin tabanlı makine öğrenmesi yöntemleri ile modellenmesi
HAKİME ÖZTÜRK
Doktora
İngilizce
2019
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolBoğaziçi ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ARZUCAN ÖZGÜR TÜRKMEN
DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
- Prediction of protein-protein interactions through sequence based contrastive representation learning method
Sekans tabanlı ayrımsal temsil öğrenmesi yöntemi ile protein-protein etkileşimlerinin tahmini
DUYGU GEÇKİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiDokuz Eylül ÜniversitesiBiyomedikal Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜLESER KALAYCI DEMİR
- Multi-scale analysis and prediction of protein-protein interactions
Protein-protein etkileşimlerinin çoklu ölçekte analizi ve tahmini
NURCAN TUNÇBAĞ
Doktora
İngilizce
2010
BiyolojiKoç ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEM KESKİN
PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY