Geri Dön

HIV-1 T transaktivasyonunun antisens oligonükleotid teknolojisi kullanılarak inhibe edilmesi

Inhibition of HIV-1 transactivation by antisense olignucleotide technology

PDF İndir

  1. Tez No: 390798
  2. Yazar: ÖMER FARUK ARICI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. İLHAN DEMİRHAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Pharmacy and Pharmacology
  6. Anahtar Kelimeler: HIV, TAT, CAT, TAR, antisens, Asetiltransferaz, HIV I, Hücre kültürü, Kloramfenikol, Mikro RNA, Oligonükleotidler, RNA, Tedavi, İmmün yetmezlik, HIV, TAT, CAT, TAR, antisense, Acetyltransferase, HIV I, Cell culture, Chloramphenicol, Micro RNA, Oligonucleotides, RNA, Treatment, Immun deficiency
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Erciyes Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Eczacılık Biyokimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

HIV-1'in yüksek oranda mutajeneze bağlı olarak antiretroviral ilaçlara karşı geliştirdiği direnç nedeniyle ilaç etkinliğinin ortadan kalkması, alternatif viral hedeflerin araştırılmasına yol açmıştır. Bu hedefler arasında gösterilen HIV-1 Tat proteini, enfekte hücrelerin nükleusunda trans-acting transkripsiyonel aktivatör olarak etki eder. Ayrıca tüm HIV-1 transkriptlerinin 5' ucunda yer alan iyi korunmuş TAR saç tokası yapısı ve bazı hücresel proteinler ile kompleks etkileşimlere girerek transkripsiyonun başlatılması ve RNA zincirinin uzamasında görev alır. Bu çalışma, farklı dizilim ve modifikasyonlar içeren antisens oligonükleotid (ASO) dizileri kullanılarak, HIV-1 transaktivatör proteini, Tat'ın oluşumunun dolayısıyla aktivitesinin inhibe edilmesi amacıyla yapıldı. ASO'lerin dizilimi, direnç gelişimini minimum düzeyde tutabilmek amacıyla tat mRNA'nın 5' ucu yakınındaki iyi korunmuş bölgenin farklı sekansları hedeflenerek belirlendi. Transaktivasyon modeli oluşturmak amacıyla, Jurkat hücrelerine HIV-1 tat ve rev geni içeren pCV1 plazmidi ile HIV-1 LTR ve CAT raportör genini içeren pC15CAT plazmidleri DEAE-dekstran metodu kullanılarak transfekte edildi. ASO'lerin Tat aktivitesi üzerine etkilerini araştırmak amacıyla, ASO'ler plazmid transfeksiyonu yapılmış jurkat hücre kültürüne 1 μM, 3 μM ve 5 μM konsantrasyonlarda ilave edildikten sonra hücre kültürü 48 saat inkübe edildi. İnkübasyon süresi sonunda oluşan CAT enzim ekspresyonu CAT ELISA kiti aracılığıyla tespit edildi. En yüksek CAT ekspresyonu inhibisyonu, 5 μM dozda CAT ekspresyonunu %43 inhibe eden Anti-Tat-1 dizisi ile elde edilmiştir. Sitotoksisite testi sonucu hücreler üzerinde toksik etki yarattığı tespit edilen Anti-Tat-2 ise aynı dozda CAT ekspresyonunu %35 inhibe etmiştir. Sonuç olarak bu çalışmada, antisens oligonükleotid teknolojisi kullanılarak Tat aktivitesinin inhibe edilebileceği gösterilmiştir. Tat geninin farklı korunmuş bölgeleriyle etkileşim gösterebilecek farklı dizilime ve modifikasyonlarla sahip sitotoksik olmayan ASO'lerin dizayn edilmesinin, tat aktivitesinin daha efektif olarak inhibe edilmesinde ve alternatif AIDS tedavilerinin geliştirilmesinde önemli olacağı düşünülmektedir.

Özet (Çeviri)

The elimination of antiretroviral drug efficacy due to drug resistance developed by high-rate HIV-1 mutagenesis has led to the investigation of alternative viral targets. One of these targets is the HIV-1 Tat protein, which functions as a trans-acting transcriptional activator in the nucleus of infected cells. Tat is also involved in the initiation of transcription and RNA chain elongation by a complex process involving interactions with cellular proteins and a hairpin loop called TAR which is a highly conserved stem-loop structure located at the 5' end of all HIV-1 transcripts. In this study, we aimed to inhibit Tat activity by using antisense oligonucleotides with different sequences and modifications. To reduce risk of resistance development, ASO sequences were selected by targeting well conserved region near the 5' end of the Tat mRNA. To create transactivation model, pCV1 plasmid containing tat and rev genes and pC15CAT plasmid containing HIV-1 LTR and CAT reporter genes were transfected in jurkat cells by DEAE-dextran method. In order to investigate the effects of ASOs on Tat activity in vitro, ASOs were added to the plasmid-transfected cell culture at concentrations of 1 μM, 3 μM and 5 μM and cell culture was subsequently incubated for 48 hours. At the end of incubation period, the expression level of the CAT reporter gene was measured using the CAT ELISA Kit. Highest inhibition of CAT expression obtained with Anti-Tat-1 at the dose of 5 μM was %43. Anti-Tat-2, which inhibited expression of CAT at the same dose by %35, was found cytotoxic according to cytotoxicity assay. Consequently, we have shown that Tat activity can be inhibited by using antisense oligonucleotide technology. Designing non-cytotoxic ASOs with different sequences and modifications that target different conserved regions of tat mRNA is thought to be important for inhibiting tat activity more effectivly and for development of alternative treatments of AIDS.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    302679

    HIV-1 pozitif pediatrik hastalarda virus tiplendirmesi ve direnç belirlenmesi

    Determination of drug resistance and virus typology in HIV-1 positive pediatric patients

    ÖZLEM YOLDAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Mikrobiyolojiİstanbul Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ AĞAÇFİDAN

  2. Tez No

    789206

    HIV-1 ile enfekte bireylere interlökin-6, sistatin-c, D-dimer düzeylerinin anksiyete ve depresyon ile ilişkisi

    The relationship of interleukin-6, cystatin C, D-dimer levels with anxiety and depression in people living with HİV

    MELİKE NUR KÜLTÜR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. GÖNÜL ŞENGÖZ

  3. Tez No

    88873

    HİV (-) akciğer tüberkülozlu olgularda T-lenfosit alt grupları

    T-lymphocyte subgroup in patients with HIV (-) pulmonary tuberculosis

    EKREM CENGİZ SEYHAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Göğüs Hastalıklarıİstanbul Üniversitesi

    Göğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEKİ KILIÇASLAN

  4. Tez No

    710671

    HIV infeksiyonlu olgularda fırsatçı hastalıkların viral yük ve CD4+ T hücre sayıları ile ilişkisi

    The relationship between the opportunistic diseases and viral load and CD4+ T cell count in patients with HIV infection

    AHMET CEM YARDIMCI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bakanlığı

    Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    UZMAN MUZAFFER FİNCANCI

  5. Tez No

    455227

    Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde saptanan hıv-1 izolatlarında sekans analizi yöntemi ile alt grupların saptanması

    The determination of sub-groups of hiv-1 isolates with method of the sequence analysis which is detected in Faculty of Medicine Hospital of Gaziantep University

    İHSAN DEVECİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    MikrobiyolojiGaziantep Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YASEMİN ZER

Geri Dön