Genome-wide localisation analysis for IRF4 target gene identification in melanoma cell lines
IRF4 hedef genlerinin melanom hücre hatlarında tanımlanması amacıyla genom düzeyinde lokalizasyon analizi
- Tez No: 387431
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İnterferon düzenleyici faktör 4 (IRF4), bağışıklık sistemi hücrelerinin fonksiyonlarında ve gelişimde önemli rol oynar. Ayrıca, IRF4 anlatımındaki artışın, bazı miyeloid ve lenfoid kanserlerinin hayatta kalmasında etkili bir faktör olduğu gösterilmiştir. IRF4 anlatımının melanosit ve melanom gibi immünolmayan hücrelerde ve tümörlerde de mevcut olduğu gösterilmiştir. Bizim laboratuvarımızda ve başka yerde yapılan araştırmalar, yüksek seviyedeki IRF4 anlatımının melanosit ve melanom hücre hatlarının yaşamsal faaliyetleri için kritik olduğunu göstermiştir. Melanomda IRF4 tarafından düzenlenen genler konusunda bildiklerimiz oldukça kısıtlı olduğu için Kromatin İmmünçoktürme-yüksek kapasiteli DNA dizilemesi (ChIP-seq) kullanarak IRF4'ün genom düzeyindeki lokalizasyonunu tanımlamayı hedefledik. Laboratuvarımızda ilk olarak ChIP-kantitatif PCR (ChIP-qPCR) methodunu kurup optimize ederek farklı bölgelerde birkaç IRF4 bağlanma bölgesi tespit ettik. Melanosit gelişimi için önemli bir gen olan tirozinaz bu bölgelerde bir örnek tir. Sonrasında, genom düzeyindeki hedef bölgeleri belirleyebilmek için bir melanom hücre hattında ChIP-seq uyguladık. Biyoinformatik yöntemler ile ChIP-seq verisini analiz ederek genome üzerinde IRF4 bağlanması gösteren bölgeleri, DNA bağlanma motifelerin ve ilişkili genleri bulduk. Sonraki adımda ilişkili genlerin, yolakların ve biyolojik süreçlerin, tanımlanmasını yaptık. Önceki RNA-seq verileri ile birleştirildiğinde bizim sonuçlarımız, IRF4'un hücre döngüsü ve proliferasyon ile ilişkili genleri, ve hücre içi taşıma sistemini düzenlediğini önermektedir.
Özet (Çeviri)
Interferon Regulatory Factor 4 (IRF4) is a key transcription factor in development and function of immune cells. Also it has been shown that elevated IRF4 expression is a key factor for survival in some myeloid and lymphoid cancers. Recently, studies have shown IRF4 expression also in non-immune cells and malignancies such as melanocytes and melanoma. Studies from our lab and elsewhere demonstrated elevated expression levels of IRF4 is critical for melanocytes and melanoma cell lines. There is lack of knowledge about IRF4 regulated genes in melanoma, so we aimed at identification of its localization genome-wide using high-throughput sequencing of immunoprecipitated chromatin (ChIP-seq). First, we established and optimized ChIP-qPCR (Chromatin immunoprecipitation coupled with quantitative polymerase chain reaction) experiments in our lab and confirmed several IRF4 binding regions in different loci such as Tyrosinase, a key developmental gene in melanocytes. Then, we performed ChIP-seq to identify IRF4 target genes genome-wide in a melanoma cell line. We set up a bioinformatics pipeline and analysed the ChIP-seq data to find putative IRF4 binding regions and their associated genes. Afterwards, we characterized DNA motifs,associated genes, pathways and biological processes. Our results integrated with previous RNA-seq data suggests that IRF4 is regulating genes related to cell cycle and proliferation, and in cellular transport system.
Benzer Tezler
- An improved antibody-based method to detect whole genome cytosine methylation in mouse embryonic fibroblasts
Fare embriyonik fibroblastlarında tüm genom sitozin metilasyonunun (5meC, DNA metilasyonu) tespiti için antikor temelli (immün-boyama) bir metodun geliştirilmesi
SELCEN ÇELİK
- Fluorescent labeling of SPOCK1 and localization studies in live neural cell lines
Canlı sinir hücre hatlarında SPOCK1'ın floresan işaretlenmesi ve lokalizasyonu
ZEYNEP EDA KARABOĞA
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇAĞDAŞ DEVRİM SON
DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
- Characterization of C17orf45 as a novel target of the Wnt/B-catenin pathway
Wnt/B-katenin yolağının yeni hedef geni olarak C17orf45'in karakterize edilmesi
TUNCAY ŞEKER
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. AHMET KOMAN
YRD. DOÇ. NECLA BİRGÜL İYİSON
- Initial characterization of CXXC5 as a putative DNA binding protein
Potensiyel olarak DNA'ya bağlanan CXXC5 proteininin ön karakterizasyonu
PELİN YAŞAR
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
OnkolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MESUT MUYAN
- Genome-wide analysis of yvfI gene in Bacillus subtilis
Bacillus subtilis?de yvfI geninin genom ölçeğinde analizi
ÖYKÜ İRİGÜL SÖNMEZ
Doktora
İngilizce
2012
Genetikİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ