Translational regulation of kidney injury molecule-1 mRNA: presence of an internal ribosomal entry site
Böbrek hasarı molekülü-1 mRNA sının translasyonel düzenlenmesi ̇: Dahili ribozom giriş bölgesinin mevcudiyeti
- Tez No: 387429
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. İBRAHİM YAMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Böbrek Hasarı Molekülü-1 (KIM-1) toksik veya iskemik hasar sonrası dediferan- siye olmuş böbrek proksimal tübül epitel hücrrelerinde büyük ölçüde ifade edilen birinci tip transmembran bir glikoproteindir. KIM-1,Amerikan Gıda ve İlaç Örgütü (FDA) ile Avrupa İlaç Örgütü tarafından kabul edilmiş bir nefrotoksisite belirtecidir, dolayısıyla bu genin kemotoksik stres altında transkripsiyonel ve translasyonel düzenlenmesini anlamak oldukça ̈onem arz etmektedir. Kemotoksisite ajanları olarak böbrek hücrelerinde stres yarattığı bilinen Okratoksin A, Sisplatin ve Gentamisin kullanılmıştır. Bu kimyasalların zaman ve doza bağımlı olarak insan böbrek hücre dizini HK-2 hücrelerindeki sito- toksik, nekrotik, apoptotik ve proliferatif etkileri saptanmıştır. cDNA Uçlarının Seri Amplifikasyonu (RACE) protokolüyle Kim-1 geninin transkripsiyon başlangıç bölgesi belirlenmiştir. Ayrıca, kemotoksik ajanlar etkisinde KIM-1 mRNA ve protein ifadelerindeki değişimler kantitatif gerçek ̧zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu ve western blotlama teknikleri ile ölçülmüştür. Kimyasalla muamele sonrasında hücrelerdeki toplam protein sentezindeki azalmaya rağmen, KIM-1 geninin protein ifadesinin arttığı gözlemlenmiştir. Bunun yanı sıra, KIM-1 mRNA düzeyinde kaydadeğer bir değişim görülememiştir. Bu sebepten ötürü Kim1- mRNA'sının translasyonunun dahili ribozom giriş bölgesi (IRES) mekanizmasıyla post-transkripsiyonel olarak düzenlendiğine dair bir hipotez geliştirilmiştir. Bu hipotez in vitro ortamda iki raportör protein ve KIM-1 geninin 5'UTR bölgesini içeren pRF vektör sistemi kullanılarak sınanmıştır. Elde ettiğimiz sonuçlar olası bir IRES bölgesinin KIM-1 mRNA'sının translasyonel ba ̧slangıç kodonunun 300 baz yukarısında olduğunu destekler niteliktedir.
Özet (Çeviri)
Kidney Injury Molecule-1 (KIM-1) is a type I transmembrane glycoprotein that is highly upregulated on regenerating dedifferentiated renal proximal tubular epithelial cells as a consequence of toxic or ischemic injury. KIM-1 is a recognized biomarker of nephrotoxicity by United States Food and Drug Administration (FDA) and Europe Medicines Agency; therefore, understanding its transcriptional and translational reg- ulation under chemotoxic stress is of the utmost importance. As chemotoxic stress inducers we used three xenobiotics, Ochratoxin A (OTA), Gentamicin (GM) and Cis- platin (CP) which are known to cause damage to kidney cells. The effects of these three xenobiotics on viability, proliferation, necrosis and apoptosis are examined us- ing the immortilized human proximal tubule epithelial HK-2 cell line. The transcrip- tional start region of Kim-1 gene is determined by Rapid Amplification of cDNA Ends (RACE). The changes in KIM-1 mRNA and protein levels are measured by Quan- titative Real Time PCR and Western Blotting, respectively. Although there was a significant decrease in global protein synthesis upon xenobiotic treatment, KIM-1 pro- tein levels increased. Furthermore, no significant change in KIM-1 mRNA levels can be detected which led us to suspect the existence of a possible post-transcriptional regulatory mechanism by which KIM-1 mRNA is translated via an Internal Ribosome Entry Site (IRES). This hypothesis is tested in vitro using bicistronic reporter vector pRF containing the 5'UTR of Kim-1 gene. Our results confirm our hypothesis of a possible IRES localized around 300 bp upstream of the translation initiation codon.
Benzer Tezler
- The role of tissue transglutaminase (dTG) in renal cell carcinoma cell adhesion and cell migration
Doku transglutaminaz (dTG)'ın böbrek hücre karsinomlu hücre yapışması ve metastazındaki rolü
YEŞİM BAĞATUR
- Henoch schönlein purpuralı hastalarda miRNA değişimleri, renal tutulumdaki etkileri ve renal tutulumu erken dönemde belirlemedeki etkisi
The changes of miRNA in patients with henoch schönlein purpura, its effects in renal involvement and its identification in early stages of renal involvement
BURCU SEVİCİ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıPamukkale ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELÇUK YÜKSEL
- Coiled-coil domain-containing 124 (CCDC124) proteininin işlevleri ve hücre-altı konumunun translasyon sonrası mekanizmalarla düzenlenmesi
Regulation of subcellular localization and functions of coiled-coil domain-containing 124 (CCDC124) protein by post translational mechanisms
ÖMER GÜLLÜLÜ
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyofizikGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UYGAR HALİS TAZEBAY
- Oxidative damage and regulation of antioxidant enzymes in streptozotocin induced diabetic rats
Streptozotosin ile oluşturulmuş diyabetik sıçanlarda oksidatif hasar ve antioksidan enzimlerin regülasyonu
GÖKHAN SADİ
Doktora
İngilizce
2009
BiyokimyaOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TÜLİN GÜRAY