Investigation of gas phase fragmentation reaction mechanisms of doubly-protonated bn (n=7-9) ions by ion trap mass spectrometry
Çifte-protonlanmış bn (n=7-9) iyonlarının gaz fazı parçalanma reaksiyon mekanizmalarının iyon tuzaklı kütle spektrometresi ile incelenmesi
- Tez No: 382959
- Danışmanlar: PROF. DR. TALAT YALÇIN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Kütle spektrometri, Mass spectrometry
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tez, ardışık kütle spektrometresi ile birleştirilmiş çarpışmayla indüklenmiş ayrışma (CID) altında, bazik amino asit içeren model peptitlerden elde edilen çift-protonlanmış b iyonlarının gaz fazı parçalanma mekanizmalarının araştırılmasını içermektedir. Histidin amino asidinin konumunun, peptidin N-ucundan C-ucuna doğru değiştiği iki farklı peptit dizisi kullanılmıştır, bunlar şu şekilde isimlendirilir; HYAGFLV-NH2, YHAGFLV-NH2, YAHGFLV-NH2, YAGHFLV-NH2, YAGFHLV-NH2, YAGFLHV-NH2, YAGFLVH-NH2 ve HAAAAAA-NH2, AHAAAAA-NH2, AAHAAAA-NH2, AAAHAAA-NH2, AAAAHAA-NH2, AAAAAHA-NH2, AAAAAAH-NH2. Bazik amino asidin konumunun ve peptit dizilimlerinin, çift-protonlanmış b iyonlarının parçalanma reaksiyonları üzerindeki etkisi araştırılmıştır. Çift-protonlanmış b iyonlarının çarpışmayla-indüklenmiş ayrışma (CID) altında çok aşamalı ikili kütle spektrometresi (MS3) spektrumlarında görülen içsel amino asit kopmaları, macrohalkalaşma tepkimesine kanıt teşkil etmektedir. Önerilen reaksiyon mekanizması, gaz fazındaki çifte-protonlanmış b iyonlarının yük-ayrımı reaksiyonu ile N-ucundan iminyum iyonları ve C-ucundaki okzazolon grubundan içsel b iyonları oluşturmasına dayanmaktadır. Adı geçen model peptitlere ek olarak C-ucu serbest asit içeren SVEHAGVIL, SHIGDAVVI, EHAGVISVL ve GRIDKPILK peptitleri kullanılarak çifte protonlanmış b8 iyonlarının makrohalkalaşmalarının kapsamlı araştırması yapılmıştır ve benzer sonuçlar elde edilmiştir. Bunun yanısıra C-ucu serbest asit içeren KRNGVIIAGY model peptidi daha büyük b iyonlarının davranışı araştırılmış tekli-protonlanmış içsel amino asit kopmalarının yanısıra çifte-protonlanmış amino asit kopmaları da elde edilmiştir. Bu bilgilerden yola çıkarak yeni bir mekanizma türetilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this dissertation, the gas-phase fragmentation mechanisms of doubly-charged bn (n=7, 8, and 9) ions from basic amino acid containing model peptides were investigated by means of collision-induced dissociation (CID) coupled tandem mass spectrometry (MS/MS). The study utilized two sets of C-terminal amidated model peptides that HYAGFLV-NH2, YHAGFLV-NH2, YAHGFLV-NH2, YAGHFLV-NH2, YAGFHLV-NH2, YAGFLHV-NH2, YAGFLVH-NH2 and HAAAAAA-NH2, AHAAAAA-NH2, AAHAAAA-NH2, AAAHAAA-NH2, AAAAHAA-NH2, AAAAAHA-NH2, AAAAAAH-NH2 where the position of the histidine (His) residue is varied from N-to-C-terminal. Both positional effect and peptide sequence effect were examined for the fragmentation reactions of doubly-protonated b7 ions for these heptapeptides. The CID-MS3 mass spectra of doubly-protonated b7 ions have internal amino acid losses which provide an evidence for macrocyclization reaction. The proposed reaction mechanism involves charge-separation reaction of doubly-protonated b ions in the gas-phase which generates a protonated iminium ion of the N-terminal residue and protonated internal b ion with C-terminal oxazolone group. In addition to these model peptides, the C-terminal acid free forms of peptides such as SVEHAGVIL, SHIGDAVVI, EHAGVISVL, and GRIDKPILK were also used for to understand the extent of macrocyclization of doubly-charged b8 ion and very similar results were obtained. Moreover, the C-terminal acid free forms of peptide KRNGVIIAGY were investigated for the behavior of doubly-protonated larger b9 ion and doubly-protonated internal eliminations were obtained meanwhile singly-protonated amino acid eliminations and the mechanism was adjusted according to the results.
Benzer Tezler
- Investigation of gas-phase fragmentation mechanism of doubly charge a ions by mass spectrometry
Çifte protonlanmış a iyonlarının gaz fazı parçalanma mekanizmalarının kütle spektrometre ile incelenmesi
DOĞACAN KIZILKOCA
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüBiyoteknoloji ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TALAT YALÇIN
DOÇ. DR. ALPER ARSLANOĞLU
- Kömürün mineral içeriğinin yanma özelliklerine etkisi
The Effect of mineral matter content of coal on its combustion properties
HANZADE AÇMA
- Uyarılmış 124Sn ve 124La atomik çekirdeklerinin parçalanma ürünlerindeki farklılıkların incelenmesi
Investigation of the differences in fragmentation products of excited 124Sn and 124La atomic nuclei
TUĞBA AYBAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Fizik ve Fizik MühendisliğiSelçuk ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RIZA OĞUL
- Development of novel proton conducting polymer membranes and investigation of their structure-property relationship
Yeni proton iletken polimer membranların geliştirilmesi ve membrandaki yapı-özellik ilişkisinin incelenmesi
ÇİĞDEM BİLİR
Doktora
İngilizce
2016
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜMİT TUNCA
PROF. DR. ADEM LEVEND DEMİREL
- Süpernova ve yıldızsı maddelerin istatistiksel çok katlı parçalanma yöntemi ile incelenmesi
Investigation of supernova and stellar matter with statistical multifragmantation model
AYŞEGÜL ERGUN
Yüksek Lisans
Türkçe
2011
Fizik ve Fizik MühendisliğiSelçuk ÜniversitesiFizik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİHAL BÜYÜKÇİZMECİ