Geri Dön

Identification of variations in some Crocus L. taxa from Bolu by analyses of rDNA its and cpDNA trnL-f regions sequences

Bolu'da bulunan bazı Crocus L. ( çiğdem) taksonlarının rDNA ıts ve cpDNA trnL-f bölgelerinin dizi analizleriyle çeşitliliğinin tanımlanması

PDF İndir

  1. Tez No: 382921
  2. Yazar: SERAP ÇEVİK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET TEKİN BABAÇ, DOÇ. DR. EMEL USLU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Botanik, Biyoloji, Genetik, Botany, Biology, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Abant İzzet Baysal Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu ön çalışmada Bolu ilinden örneklenen Crocus abantensis T. Baytop & B. Mathew, C. ancyrensis (Herb.) Maw, C. biflorus Mill. subsp. pulchricolor (Herb.) B. Mathew, C. olivieri J. Gay subsp. olivieri, C. speciosus M. Bieb. subsp. speciosus ve C. x paulineae Pasche & Kerndorff taksonlarının rDNA'nın ITS ve cpDNA'nın trnL-F bölgelerinin baz sekansları kullanılarak taksonomik sınırları belirlenmiştir. C. x paulineae melez taksonunun genetik durumu incelenerek moleküler veriler göre ebeveynleri belirlenmiştir. Çalışma bölgesinde C. abantensis ve C. olivieri subsp. olivieri arasındaki bazı olası melezlerin varlığı da moleküler verilere dayanarak araştırılmıştır. Ek olarak bu çalışma Türkiye'deki Crocus taksonlarının üzerinde yapılacak bir filocoğrafi çalışmada kullanılacak deneysel protokolün belirlenmesi için yapılmıştır. Moleküler analizlerde gDNA materyallerden izole edilerek ITS-4, ITS-5A, trnL-e, and trnL-f primerlerinin kullanılmasıyla ITS ve trnL-F bölgeleri bir PCR cihazında çoğaltılmıştır. CodenCode Aligner programı kullanılarak baz sekanslarının düzenlenmesinden sonra sekansların çoklu hizalanması CLUSTAL W programı ile yapılmıştır. Sonuçta PAUP* 4.0b10 programı kullanılarak sekanslara dayanan filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. Aşağı yukarı benzer kladları içeren ITS ve trnL-F filogenetik ağaçları çok az farklı olan sonuçlar ortaya koymuştur. Bu sonucun ITS sekanslarına (680-700 bp) nazaran 230-300 bp'lik trnL-F baz sekanslarının kısa olmasından ortaya çıktığı yorumlanmıştır. Bu nedenle taksonların filojenilerinin yorumlanması sırasında çoğu kez ITS sekanslarına dayanmış ağaçlar dikkate alınmıştır. Parsimoni, bootstrap, UPGMA ve NJ analizleri gibi filogenetik ağaçlar arasında uzaklık ve karakter temelli metot sonuçları oldukça olumlu uyumluluklar göstermiştir. Diğer bazı araştırıcılar tarafından elde edilmiş fenetik analizlerdeki takson grupları ile bu çalışmadan elde edilmiş takson grupları arasında farklılıkların olmadığı bulunmuştur. Son olarak ITS ve trnL-F analizlerine göre C. x paulineae taksonunun genetik durumu C. abantensis x C. ancyrensis'in bir melezi olduğunu desteklemiştir. Araştırma alanında C. abantensis ve C. olivieri subsp. olivieri arasında diğer melez taksonların varlığı filogenetik olarak bulunamamıştır.

Özet (Çeviri)

In this preliminary study, taxonomic boundaries of Crocus abantensis T. Baytop & B. Mathew, C. ancyrensis (Herb.) Maw, C. biflorus Mill. subsp. pulchricolor (Herb.) B. Mathew, C. olivieri J. Gay subsp. olivieri, C. speciosus M. Bieb. subsp. speciosus and C. x paulineae Pasche & Kerndorff sampled from Bolu province were determined by using the base sequences of rDNA ITS and cpDNA trnL-F regions. The genetic status of the hybrid taxon, C. x paulineae was examined and its parents were determined in terms of molecular data. Existence of some other possible hybrids taxa between C. abantensis and C. olivieri subsp. olivieri were also investigated based on these molecular data in the studied area. Additionally, this study was carried out to determine the experimental protocols being involved in a phylogeographical research on Crocus taxa in Turkey. In moleculer analyses, gDNA isolated from the samples, and then ITS and trnL-F regions were amplified using the ITS-4, ITS-5A, trnL-e, and trnL-f primers in a PCR apparatus. After editing of base sequences by using CodenCode Aligner program, the multiple alignments of the sequences were made with the CLUSTAL W packed program. Consequently, all the phylogenetic trees based on the sequences were created by using the PAUP* 4.0b10 program. The phylogenetic trees of ITS and trnL-F produced slightly different results containing more or less similar clades. This result was interpreted that it occurred because of having short, 230-300 bp sequences of trnL-F in regard to ITS base sequences (680-700 bp). Therefore, the trees based on the ITS sequences were mostly considered during the interpretations of phylogenies of taxa. The results of distance and character based methods showed a quite positive congruencies between the phylogenetic trees such as parsimony, bootstrap, UPGMA, and NJ analyses. It was found that there were no differences between the groups of taxa obtained from this study and the groups of taxa obtained from the phenetic analyses by some other researchers. Finally, genetic status of the C. x paulineae taxon supported to be a hybrid of C. abantensis x C. ancyrensis species in terms of ITS and trnL-F analyses. Presence of other hybrid taxa between C. abantensis and C. olivieri subsp. olivieri could not be phylogenetically found in the research area.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    473117

    Yulaf genotiplerinde bazı tarımsal karakterlerin ve allelik varyasyonlarının basit dizi tekrar (SSR) markörleriyle belirlenmesi

    Identification of some agricultural characters and allelic variations in oat genotypes using simple sequence repeat markers (SSR)

    SONGÜL ÇİFTÇİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. LEYLA İDİKUT

  2. Tez No

    546146

    Ekmeklik buğdayda (Triticum aestivum L.) bazı agro morfolojik ve kalite özelliklerinin tanımlanması ve bu özelliklerle ilgili gen bölgelerinin allelik varyasyonlarının belirlenmesi

    Identification of some agro-morphological and quality characteristics and determination of allelic variations of gene regions related to those characteristics in Turkish cultivars of bread wheat (Triticum aestivum L.)

    ALİ ALPASLAN EZİCİ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatÇukurova Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKAN ÖZKAN

  3. Tez No

    744149

    Türk toplumundaki RhD varyantlarının genotiplendirilerek serolojik tanı ile korelasyonunun araştırılması

    Genotyping RhD variations in Turkish population and investigate the correlation of molecular results with serologic identification

    LEVENT TUFAN KUMAŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Allerji ve İmmünolojiBursa Uludağ Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HALUK BARBAROS ORAL

  4. Tez No

    882510

    Bazı yerel makarnalık buğdayların yüksek sıcaklık stresiyle ilişkili DNA markörlerinin ve seleksiyonda kullanılabilecek morfolojik ve fizyolojik karakterlerinin belirlenmesi

    Identification of DNA markers associated with hightemperature stress and morphological and physilogical traits for selection in some local durum wheat varieties

    MUSTAFA OKAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    ZiraatDicle Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYDIN ALP

    PROF. DR. KAMİL HALİLOĞLU

  5. Tez No

    489483

    Identification and source apportionment of trace elements in urban and suburban area of Ankara

    Ankara'da eser elementler için kaynak belirleme çalışması

    TAYEBEH GOLI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Çevre MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SÜLEYMAN GÜRDAL TUNCEL

    YRD. DOÇ. DR. SEDA ASLAN KILAVUZ

Geri Dön