An investigation of mutation on ader and ades gene regions in gentamicine resistance acinetobacter baumannii isolates
Gentamisin dirençli acınetobacter baumannıı izolatlarında ader ve ades gen bölgelerindeki mutasyonların araştırılması
- Tez No: 382773
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA PETEK, DOÇ. DR. İHSAN HAKKI ÇİFTCİ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Fatih Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada aminoglikozid direnci ve aktif atım pompaları arasındaki ilişki incelenmiş, aminoglikozid modifiye edici enzimlerinin direnç mekanizmalarındaki rolü irdelenmiştir. Ek olarak, çeşitli klinik örneklerden izole edilen A. baumannii suşlarında gentamisin direnciyle ilişkili mutasyonlar araştırılmıştır. Çalışmaya 32 A. baumannii izolatı dahil edilmiş, ve identifikasyon ve duyarlılık testleri konvansiyonel yöntemlerle ve otomatize sistemlerle yapılmıştır. Genomik RNA, DNA ve komplementer DNA'nın elde edilmesinde ticari kitler kullanılmıştır. adeR, adeS ve yedi aminoglikozid modifiye edici enzim için primer Genbank veritabanına ve önceki çalışmaların verilerine göre dizayn edilmiştir. Tüm suşlar adeR, adeS ve aminoglikozid modifiye edici enzim varlığı için polimeraz zincir reaksiyonuna (PZR) tabii tutulmuştur. Optimizasyon çalışmaları için elde edilen PCR ürünleriyle elektroforez gerçekleştirilmiştir. adeRS lokusunun mutasyon analizleri sekans yapılmıştır. 2 suşun sekans sonuçlarına göre adeRS operonunda diğer suşlardan farklı 5 mutasyon bulunmuştur. A21 suşunda 3 mutasyon tespit edilmiştir. Bunların bulundukları yerler (Tyr31→Phe), (Val136→Ala) ve (Leu142→Ile) şeklindedir. A24 suşunda 3 mutasyon tespit edilmiştir. Bunların bulundukları yerler (Asn115→His), (Leu142→Ile). Çalışmamızda incelediğimiz gen bölgelerinin A. baumannii'nin önemli direnç mekanizmalarında rol oynadığı kabul edilmektedir. Sonuçlar adeR ve adeS ekspresyonunun aminoglikozit direnci üzerine etkisini açıkça göstermektedir. Ancak, sadece gen ekspresyonuda yeterli gibi görünmemektedir. Bu çalışma ülkemizde gentamisin dirençli Acinetobacter baumannii suşlarında adeABC atım pompalarının incelendiği ilk çalışma olmuştur.
Özet (Çeviri)
In this study we evaluated the relationship between aminoglycoside resistance and active efflux pump, and determined the role of the Aminoglycoside-modifying enzymes in resistance mechanisms. Additionally, the mutations related to gentamicin resistance were investigated in A. baumannii strains that are isolated from different clinical specimens. Thirty two A. baumannii isolates were included in this study, and identifications and susceptibilities tests of the isolates were done using conventional techniques and automated system. The total genomic RNA, DNA and cDNA were extracted using the commercial extraction kit. Primers of the adeR, adeS and seven aminoglycoside-modifying enzymes were designed according to GenBank database and previous study data. All strains were subjected to polymerase chain reaction (PCR) for presence of adeR, adeS and aminoglycoside-modifying enzyme. The obtained PCR products were carried out to electrophoresis for optimization study. Sequence analysis of our two strain's adeRS operons showed five mutations differ than other strains. A21 strain have 3 mutations that was located in the (Tyr31→Phe), (Val136→Ala) and (Leu142→Ile). A24 strain have two mutations that was located in the (Asn115→His), (Leu142→Ile). In our study, examined gene regions that play a role in resistance mechanisms of A. baumannii are considered important. Results indicate that adeR and adeS expression have been clearly shown to be effective on aminoglycoside resistance. But, it does not seem like enough of gene expression alone. This is the first study to focus on adeABC efflux pump expression level in gentamicine resistance A. baumannii isolates in Turkey.
Benzer Tezler
- Bazı-2-sübstitüe 1-H-fenantroimidazol bileşiklerinin mutajenik etkilerinin araştırılması
An investigation on the mutagenic effects of some 2-substitue 1-H-fenantro (9,10-d) imidazole compounds
EMEL ERGENE
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
BiyolojiAnadolu ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HÜLYA ZEYTİNOĞLU
- Hamile ratlarda oksidatif strese neden olan radyasyona karşı kolemanitli betonun koruyucu etkisinin araştırılması
An investigation of protective effect of concrete with colemanite on the radiation-induced oxidative stress in pregnant rats
OSMAN GENÇEL
Doktora
Türkçe
2009
İnşaat MühendisliğiSüleyman Demirel Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA NAZIROĞLU
PROF. DR. MÜMİN FİLİZ
- Revers transkriptaz-PCR tekniği (mRNA analizi) ile talasemiye neden olan mutasyonların alfa ve beta gen ekspresyonları üzerine etkilerinin incelenmesi
An Investigation on the relative expressional levels of alpha and beta mRNA allels by the reverse transcriptase-PCR (RT-PCR) technique
MUSTAFA MERT SÖZEN
- Koroner anjioplasti sonrası restenoz gelişen hastalarda peroksizom proliferatör aktive reseptör gama fonksiyonel gen varyasyonlarının etkilerinin araştırılması
An investigation on the effects of peroxisome proliferator-activated receptor gamma functional gene variations in patients with restenosis after coronary angioplasty
ZAHRA JAVADOVA
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Moleküler Tıpİstanbul ÜniversitesiMoleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜLYA YILMAZ AYDOĞAN
- Covid-19 pandemisinin ekonomik etkilerinin incelenmesi: OECD ülkeleri üzerine bir uygulama
An investigation on the economical effects of the Covid-19 pandemic: An application on the OECD countries
SABRİ KAAN HALICI
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
EkonomiKırıkkale Üniversitesiİktisat Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NAZAN ŞAHBAZ KILINÇ