Geri Dön

Genome scaffolding using pooled clone sequencing

Havuzlanmış klon dizileme ile genom iskeleleme

PDF İndir

  1. Tez No: 379583
  2. Yazar: ELİF DAL
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CAN ALKAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

DNA dizileme teknolojileri genomların insan hayatını nasıl etkilediği, organizma evrimini ve aynı türler arasındaki genetik ilişki bilgilerini oluşturarak bilim adamlarını yönlendirecek büyük umutlar vaat ediyor. Günümüzde genom dizileme verilerini elde etmek eski teknolojilere göre daha hızlı ve ucuz olmasına rağmen henüz dizileme hataları aşılamamıştır. Bu verilerin birleştirilerek yüksek kalitede bitmiş genom dizilimi elde etmek zorlu bir süreçtir. Günümüzde bir ̧cok genom birleştirme algoritmaları mevcuttur fakat performans ve cıktıları açısından farklıdırlar. Daha da önemlisi, birleştirilmiş genom dizilimlerinin kalitesini de ̆gerlendirmek büyük ölçüde belirsizdir. Bu tezde, aynı insan genomundan oluşturulmuş iki farklı tipteki verileri kullanarak bir takım genom iskeleme algoritmalarının hassasiyetini inceledik: (i) genom saçma dizileme (WGS), (ii) havuzlanmış klon dizileme (PCS). Eğer PCS verisi kullanılırsa WGS verisine göre toplam birleştirme uzunluğu daha fazla ve daha az iskele sayısı elde etmenin mümkün olduğunu gözlemledik. Fakat ̧su anki iskeleme algoritmaları sadece WGS için geliştirilmiştir ve PCS ile iskeleme algoritmaları hala çözülmemiş bir problemdir.

Özet (Çeviri)

The DNA sequencing technologies hold great promise in generating information that will guide scientists to learn more about how the genome affects human health, organismal evolution, and genetic relationships between individuals of the same species. The process of generating raw genome sequence data becomes cheaper, faster, but more error prone. Assembly of such data into high-quality, finished genome sequences remains challenging. Many genome assembly tools are available, but they differ in terms of their performance, and in their final output. More importantly, it remains largely unclear how to best assess the quality of assembled genome sequences. In this thesis, we evaluated the accuracies of several genome scaffolding algo- rithms using two different types of data generated from the genome of the same human individual: i) whole genome shotgun sequencing (WGS), and ii) pooled clone sequencing (PCS). We observed that, it is possible to obtain less number of scaffolds with longer total assemble length if PCS data is used, compared to using only WGS data. However, the current scaffolding algorithms are developed only for WGS, and PCS-aware scaffolding algorithms remain an open problem.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    692439

    Characterization of genomics data of Vuralia turcica and studying the effects of the knockout candidate gene, SĞL16, on the carpellary structure of Arabidopsis thaliana

    Vuralia turcica bitkisinin genomik sekanslama verilerinin karakterize edilmesi ve inaktif bir aday genin, SPL16, Arabidopsis thaliana bitkisinin karpel yapısı üzerindeki etkileri

    SEZGİN MENGİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyoteknolojiSabancı Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji, Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET SELİM ÇETİNER

    DR. NİHAL OZTOLAN EROL

  2. Tez No

    232650

    Integration of interactome and transcriptome data to reveal glucose repression pathway in Saccharomyces cerevisiae

    Saccharomyces cerevisiae'de glikoz baskilanma yolağini açiğa çikarmak için etkileşim ve anlatim verisinin bütünleştirilmesi

    DİCLE HASDEMİR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2008

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. BETÜL KIRDAR

    PROF. ZEYNEP İLSEN ÖNSAN

  3. Tez No

    304967

    Genome wide variation analysis of formalin fixed paraffin embedded pulmonary metastatic tumor samples of osteosarcoma patients

    Osteosarkom hastalarının parafinlenmiş akciğer metastatik tümör örneklerinde genom düzeyindeki çeşitliliklerin analizi

    ZELHA NİL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Bilim ve TeknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Bölümü

    PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ

  4. Tez No

    315332

    Genome-wide analysis of yvfI gene in Bacillus subtilis

    Bacillus subtilis?de yvfI geninin genom ölçeğinde analizi

    ÖYKÜ İRİGÜL SÖNMEZ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2012

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ

  5. Tez No

    363686

    Genome-wide analysis of the effect of bacilysin biosynthetic operon in Bacillus subtilis

    Bacillus subtilis'de basi̇li̇si̇n bi̇yosentez operonunun etki̇leri̇ni̇n genom ölçeği̇nde anali̇zi̇

    TÜRKAN EBRU KÖROĞLU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Mikrobiyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ

Geri Dön