Geri Dön

Monte Carlo simülasyon tekniği içeren tüm-atom temsilli protein modelleri için efektif paralel programlar ve algoritmalar geliştirilmesi

Developing effective parallel programs and algorithms for all-atom protein models containing Monte Carlo simulati̇on technique

PDF İndir

  1. Tez No: 379273
  2. Yazar: FERHAT AYAZ
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. HÜSEYİN KAYA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Algoritmalar, Amino asitler, Bilgisayar yazılımları, Monte Carlo benzetimi, Protein bağlama, Proteinler, Algorithms, Amino acids, Computer softwares, Monte Carlo simulation, Protein binding, Proteins
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Proteinlerin dinamiğinin daha iyi anlaşılmasını sağlamak için, atomlar arasındaki etkileşmelerin temel fiziksel ve kimyasal prensiplerini incelenmemizi sağlayacak yeni tüm-atom Monte Carlo protein modeli geliştirilmiştir. Protein spesifik Go modeli yaklaşımı ve Grand Central Dispatch kütüphanesi kullanılarak Monte Carlo programımız paralelleştirilmiştir. Kuyu potansiyeli ve Lennard-Jones etkileşim potansiyelini içeren modelimiz için elde edilen sonuçlar %30'a varan hız avantajının elde edildiğini göstermektedir. Simülasyondan elde edilen yolakların analizi; katlanma ve açılma geçişlerinin gerçek proteinlerde ki gibi termodinamiksel olarak kooperatif şekilde gerçekleştiğini göstermektedir. Bu tez çalışmasında geliştirilen protein modeli ve paralel program; proteinlerin uzun zaman ölçekli davranışların analizi, protein- protein etkileşmeleri, protein yapı tahminleri ve mutasyonlar altında protein kararlılığındaki değişimler hakkında araştırmalar yapılamasına büyük kolaylık sağlayacaktır.

Özet (Çeviri)

For better understanding the dynamics of proteins, it is aimed to propose new all-atom Monte Carlo protein models enabling us to investigate the fundamental physical and chemical principals of interactions among atoms. We have parallelized our Monte Carlo simulation program for protein specific Go model approach by using the Grand Central Dispatch library. The results indicate that using well potentials and Lennard-Jones potentials show up to 30% improvement in performace to its serial counterpart. The analyzes of the pathways produced by our simulation illustrates that thermodynamically folding and unfolding transitions are in good agreement with the real proteins. The protein model and the parallelized program developed in this dissertation will help us to understand the long time-scale behaviour of proteins, protein-protein interactions, protein structure predictions, as well as the change in stability of protein mutations.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    351412

    Tıp eğitiminde simülasyonun önemi ve simülasyon eğitimi ile acil tıp ekibinin kardiyopulmoner resüsitasyon uygulamasında takım performansının artırılması

    The importance of simulation in medical education and improving the emergency team performance on cardiopulmonary resuscitation by using simulation based education

    DEMET ARI YILMAZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    İlk ve Acil YardımGaziantep Üniversitesi

    Acil Tıp Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CUMA YILDIRIM

  2. Tez No

    354793

    Çok kategorili puanlanan maddelerde madde işlev farklılığının mantel test ve olabilirlik oran testi ile karşılaştırılması

    Comparision of mantel test and likelihood ratio test for detection of differential item functioning in polytomous item responses

    SAFİYE BİLİCAN DEMİR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Eğitim ve ÖğretimAnkara Üniversitesi

    Ölçme ve Değerlendirme Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. RAHİME NÜKHET DEMİRTAŞLI

  3. Tez No

    465444

    Modelling flooding risk under urbanization andclimate change in Istanbul, Turkey

    İstanbul'da şehirleşme ve iklim değişikliği tesirleri altında taşkın riskinin modellenmesi

    TEWODROS ASSEFA NIGUSSIE

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    İnşaat Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ABDÜSSELAM ALTUNKAYNAK

  4. Tez No

    316250

    Doğrusal tip ıı regresyon tekniklerinin monte-carlo benzetim çalışması ile karşılaştırılması: sağlam, bulanık ve sağlam bulanık teknikler

    Comparison of linear type ii regression tecniques via monte-carlo simulation study: robust, fuzzy and robust fuzzy techniques

    CENGİZ GAZELOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    İstatistikAfyon Kocatepe Üniversitesi

    İstatistik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. SİNAN SARAÇLI

  5. Tez No

    154620

    JIT protokollü süperpaket anahtarlamalı optik ağların modellenmesi ve benzetimi

    Modelling and simulation of the JIT protocol in OBS networks

    ERHAN ÇETİN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ERCAN TOPUZ

Geri Dön