Antik DNA örneklerinde ticari STR kitlerinin karşılaştırılması
Comparison of the commercial STR kits on ancient DNA samples
- Tez No: 377034
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. HAVVA ALTUNÇUL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Adli Tıp, Forensic Medicine
- Anahtar Kelimeler: Adli bilimler, Adli tıp, DNA, Genotip, Kemik ve kemikler, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Forensic sciences, Forensic medicine, DNA, Genotype, Bone and bones, Polymerase chain reaction
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Adli Tıp Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fen Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Farklı çevre koşullarına maruz kalmış ve zamanla postmortem bozunmaya uğramış örneklerden DNA elde edilmesi geçmişten günümüze aktarılan genetik bilginin kullanımına olanak sağlamaktadır. Adli genetik çalışmalarında, kemik ve diş gibi sert dokulardan elde edilen DNA ile yapılan PCR çalışmalarından önce DNA miktarının doğru bir şekilde belirlenmesi çalışmanın en kritik noktasını oluşturmaktadır. Genetik profil elde etmek için geliştirilen çok lokuslu ticari kitler; kullanım kolaylığı, otomasyona uygunluğu, kısa zamanda ve tek bir PCR ile 15-16 DNA bölgesini çoğaltmaları ve özellikle yüksek ayrım gücüne sahip olmaları bakımından tercih edilmektedir. Çalışmada, materyal olarak seçilen 2002 yılında Van-Yoncatepe nekropolü kazısından çıkarılmış 35 adet insan kemik örneklerinde, genetik tiplendirmede kullanılan STR sistemlerinin (AmpFℓSTR® Identifiler®, AmpFℓSTR® Minifiler™, AmpFℓSTR® SGM Plus®, Investigator™, Hexaplex ESS, AmpFℓSTR® NGM SElect™) karşılaştırılması, bu kitlerin oldukça degrade örnekler için uygunluğunun belirlenmesi ve en başarılı sistemin adli çalışmalar için sunulması amaçlanmıştır. Kemik örneklerinden DNA izolasyonu silika temeline dayalı yöntem ile gerçekleştirilmiştir. qPCR yöntemi ile genomik DNA belirlenen örneklerde 5 adet STR kiti kullanılarak genotip tayini yapılmıştır. Kullanılan 35 kemik örneğinden 4 farklı bireye ait, iki farklı izolasyondan elde edilen 6 adet örnekte 0,005-0,059 ng/µl genomik DNA belirlenmiştir. Çalışmada kullanılan 5 adet ticari kit ile yapılan PCR analizleri sonucunda elde edilen aleller pik dengesizlikleri ve rfu değeri göz önünde bulundurularak değerlendirilmiştir. Buna göre; AmpFℓSTR® NGM SElect™ kiti ile 6 örnekte, AmpFℓSTR® MiniFiler™ kiti ile 5 örnekte, AmpFℓSTR® Identifiler® kiti ile 4 örnekte, AmpFℓSTR® SGM Plus® kiti ile 3 örnekte, Investigator™ Hexaplex ESS kiti 2 örnekte güvenilir lokuslar elde edilmiştir. Elde edilen bu lokuslar amplikon boyutu 86-409 bç aralığındadır. Güvenilir lokus sayısı ve baz çifti aralığı açısından değerlendirildiğinde AmpFℓSTR® NGM SElect™ kiti tüm örnekler için daha fazla genetik bilgi vermektedir. Bu çalışmada, yaklaşık 3000 yıllık kemikler kullanılarak yapılan STR analizleri ve kullanılan yöntemler bozunmuş örneklerle, özellikle kemik örnekleriyle yapılan çalışmalar açısından adli bilimlere ve moleküler arkeoloji çalışmalarına önemli katkılar sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
DNA recovery from samples that undergo postmortem decay, taken from different environmental conditions enable the usage of genetic information from past. In forensic genetics studies, determination of exact DNA amount which is obtained from hard tissues as tooth and bone is the most critic part of study before PCR analysis. Commercial kits that are used to obtain genetic profile are preferred because of their properties such as ease of application, suitability of automation, amplification of 15-16 loci in a short time and one PCR reaction, especially having a high discrimination of power. In this study, 35 human bones that are taken from Van-Yoncatepe necropolis excavation were used to compare 5 STR systems (AmpFℓSTR® Identifiler®, AmpFℓSTR® Minifiler™, AmpFℓSTR® SGM Plus®, Investigator™, Hexaplex ESS, AmpFℓSTR® NGM SElect™), in order to determine availability of these kits for degraded samples and present the best system for forensic studies. DNA extraction from bone samples were performed by silica-based method. Genotype typing was made on the genomic DNA determined samples by using 5 STR systems. 0,005-0,059 ng/µl genomic DNA was determined in 6 samples that were obtained from different extractions and 4 individuals in 35 bones. Obtained alleles were evaluated by considering peak imbalances and rfu values. According to these evaluations, the following AmpFℓSTR® NGM SElect™, AmpFℓSTR® MiniFiler™, AmpFℓSTR® Identifiler®, AmpFℓSTR® SGM Plus®, Investigator™ Hexaplex ESS kits have shown multiple reliable loci on 6, 5, 4, 3, 2 samples respectively. Amplicon sizes of obtained loci were between 86-409 bp. AmpFℓSTR® NGM SElect™ kit gave more genetic information in contrast with the other kits by considering the number of loci and base pair interval. In this study, STR analyses on bones that are about 3000 years old and the used method contribute greatly to molecular archeology studies and forensic sciences in terms of work on degraded samples and especially bone samples.
Benzer Tezler
- Bazı Anadolu antik kentlerindeki kazılardan çıkarılan kemiklerin DNA analizi
DNA analysis of excavated bones in some antique Anatolian cities
EVRİM TEKELİ
- Comparative evaluation of prokaryotic community of salda lake using oxford nanopore-minion and next generation sequencing-illumina
Salda gölü'nün prokaryotik topluluğunun oxford nanopore-minıon ve yeni nesil dizileme-illumina ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmesi
KÜBRA DOYMUŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ORHAN İNCE
- Lipopolisakkarit indüksiyonu ile sepsis modeli oluşturulan farelerde mirisetin, genistein, hesperidin ve apigeninin böbrek dokusundaki antioksidan ve antienflamatuvar etkinliklerinin araştırılması
Investigation of the antioxidant and anti-inflammatory effects of myrisetin, genistein, hesperidin and apigenin administration in renal tissue in mice with sepsis model induced by lipopolysaccharide induction
SEDA AYTİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyokimyaVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiTemel Eczacılık Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEHMET BERKÖZ
- Ratlarda akrilamid ile indüklenen renal oksidatif stres, inflamasyon, apoptozis ve DNA hasarına karşı melatonin'in etkileri
Effects of melatinin against acrylamide-induced renal oxidative stress, inflammation, apoptosis and DNA damage in rats
FATMA İBAOKURGİL
- Mikrobiyom kaynaklı antimikrobiyal direnç genlerinin taksonomik orjinlerinin tespiti
The taxonomic origins of antimicrobial resistance genes in hot spot environments
MEHMET HORA
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
MikrobiyolojiErciyes ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYCAN GÜNDOĞDU