Characterization of chemosensitivity profiles of breast cancer cell lines, with and without stem cell like features
Kök-hücre özelliği olan ve olmayan meme kanseri hücre hatlarının ılaç hassasiyet profillerinin tanımlanması
- Tez No: 374394
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ALİ OSMAY GÜRE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Moleküler Tıp, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Meme kanseri, teşhisindeki zorluk ve tedaviye direncinden dolayı dünyada en ölümcül ikinci kanserdir. Literatürdeki son çalışmalar göstermiştir ki meme tümörleri diğer katı tümörler gibi kanser kök hücresi (KKH) olarak adlandırılan bir sup-grup içermektedir. KKH`lerinin kanser tedavilerine dirençli yapılarından dolayı öldürülmesi güçtür. İlacın etki etmediği bu grup hücreler tedavi sonrası tümörün nüksetmesine neden olmaktadır. Bilinen bazı meme kanseri hücre hatları ise genel olarak KKH gibi davranmakta ve kanser kök hücresi-benzeri hücre hatları olarak adlandırılmaktadırlar. Bu çalışmada temel olarak KKH benzeri ve KKH benzeri olmayan hücre hatlarını, gen ifadesi ve bu iki gruba ayrı ayrı etki eden ilaçlara verdikleri cevaplara dayanarak karakterize etmeyi amaçladık. Bilinen hücre hatlarının çoğunun gen ifade ve ilaçlara hassasiyet bilgisini içeren iki veritabanı kullandık, Kanser Hücre Hatları Ansiklopedisi (Cancer Cell Line Encyclopedia, CCLE) and Kanser Genom Projesi (Cancer Genome Project, CGP). Meme kanseri hücre hatlarının gen ifade bilgisi, bu hücre hatlarını KKH benzeri ve KKH benzeri olmayan gruplara ayırabilen 2 farklı gen listesini in siliko analizler sonucunda elde etmek için kullanılmıştır. Bu gen listelerini Patentlenebilen ve Patentlenemeyen listeler olarak adlandırdık. Buna ek olarak KKH benzeri hücrelere ve KKH benzeri olmayan hücrelere ayrı ayrı etki edebilecek ikişer ilaç (sırasıyla, Midostaurin, Elesklomol, Panobinostat ve Lapatinib) belirledik. Daha sonra bu bulguları in vitro çalışmalarla doğruladık. Patentlenemeyen gen listesini mikroarray bilgisi ile uyumlu olmamasından dolayı doğrulayamadık. Öte yandan, Patentlenebilen gen ifadesi mikroarray verisiyle uyumlu sonuç verdi. Aynı zamanda iki grup arasında istatistiksel olarak anlamlı ifade farkı elde ettik. Seçilen 4 ilaçtan, Panobinostat ve Lapatinib KKH benzeri olmayan hücre hatlarına daha etkili iken, Midostaurin KKH benzeri hücre hatlarında yüksek toksisite gösterdi. Daha derin araştırmak için hücre hatlarını kök hücre özelliklerini arttırmak amacıyla 3 boyutlu kültürde büyüttük. Ancak KKH benzeri olarak belirlenen hucre hatlarından sadece MDA-MB-157 hücre hattı beklenen sonucu verdi. Buna ek olarak, bu hücre hattı Lapatinib ve Panobinostat ilaçlarına karşı direnç artışı gösterirken, Midostaurin ilacına karşı daha hassas hale geldi. Korelasyon analizleri gösterdi ki bazı genler seçilen ilaçlar için potansiyel biyobelirteç görevi görebilir. Sonuç olarak, bu çalışmada KKH benzeri hücre hatlarını KKH benzeri olmayan hücre hatlarından ayırabilecek çeşitli genler önerilmiştir. Uzun vadede Midostaurin KKH benzeri hücreleri; Lapatinib ve Panobinostat KKH benzeri olmayan hücreleri hedefleyen potansiyel ilaç olabilir.
Özet (Çeviri)
Breast cancer is the second most common cause of death worldwide from cancer due to complications with its diagnosis and resistance to therapy. Recent studies have shown that breast tumors when compared with other solid tumors also contain a subpopulation termed as cancer stem cells (CSCs). CSCs are hard to kill due to their therapy resistant capacities. These unharmed cells then result into relapse of tumor after treatment. Some established breast cancer cell lines also behave in similar fashion to CSCs in overall manner thus termed as CSC like cell lines. This study primarily focuses on characterizing CSC like cell lines from non CSC like cell lines based upon their gene expression and prediction of drugs which can target these groups separately. In this study two databases, Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) and Cancer Genome Project (CGP), were used which contain gene expression data and drugs cytotoxicity data for most of the established cancer cell lines. Breast cancer cell lines gene expression data was used to predict two gene lists which can separate breast cancer cell lines into CSC like and non CSC like cell lines by in silico analysis. These gene lists were named as Patentable and Non Patentable. Additionally four drugs were predicted which can target CSC like group (Midostaurin and Elesclomol) and non CSC like group (Panobinostat and Lapatinib) separately. Later these findings were validated in vitro. Non Patentable gene list could not be validated due to low concordance with microarray data. On the other hand, Patentable gene list was validated and was found concordant with microarray data. Out of four selected drugs, Panobinostat and Lapatinib showed increased toxicity to non CSC like cell lines while only Midostaurin showed toxicity to CSC like cell lines. To investigate further that cell lines were grown in 3D cell culture conditions, to increase their stem cell like properties (stemness). But only one cell line MDA-MB-157 which was found as CSC like, showed expected behavior. Additionally this cell line increased resistance to Lapatinib and Panobinostat and became more sensitive to Midostaurin. Correlation analysis showed some genes as potential biomarkers for selected drugs. In conclusion, in this study various genes are proposed to differentiate CSC like cell lines from non CSC like cell lines. And Midostaurin can be potential drug to treat CSC like cells while Lapatinib and Panobinostat showed increased activity against non CSC like cell lines.
Benzer Tezler
- Karaciğer solid lezyonlarının malign-benign ayırımında difüzyon ağırlıklı manyetik rezonans görüntülemenin tanıya katkısının değerlendirilmesi
The evaluatıon of the contrıbutıon of the dıffusıon weıghted magnetıc resonance ımagıng to the dıfferantıal dıagnosıs of the benıgn and the malıgn solıd lıver masses
ERSİN ŞENGÜL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2011
Radyoloji ve Nükleer TıpTrakya ÜniversitesiRadyodiagnostik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAKAN GENÇHELLAÇ
- Characterization of Ankara meat packing plant wastewater and its treatment with a rotating biological contactor
Başlık çevirisi yok
MİNE YURDAKUL
Yüksek Lisans
İngilizce
1990
Çevre MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA OĞUZ
- Characterization of uncured and cured hydroxyl terminated polybutadiene prepolymer
Başlık çevirisi yok
REŞADET ÖZTÜRK