Ege ve Akdeniz bölgesindeki gökkuşağı alabalıklarından izole edilen Flavobacterium psychrophilum şuşlarının fenotipik ve genetik farklılıklarının belirlenmesi
Determinatin of phenotypic and genotypic diversity of Flavobacterium psychrophilum strai̇ns isolated from rainbow trout farms in Eagean and Mediterranean region
- Tez No: 373152
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. SEÇİL METİN, DOÇ. DR. ERTAN EMEK ONUK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Su Ürünleri, Aquatic Products
- Anahtar Kelimeler: Oncorhynchus mykiss, F. psychrophilum, identifikasyon, API ZYM, PCR, RAPD PCR 2014, 69 sayfa, Oncorhynchus mykiss, F. psychrophilum, identification, API ZYM, PCR, RAPD PCR 2014, 69 pages
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Süleyman Demirel Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışma ile Ege ve Akdeniz bölgesindeki bulunan 14 ayrı Gökkuşağı alabalığı (Oncorhynchus mykiss Walbaum, 1792) işletmesindeki anaç balıkların sperm, yumurta, gözlenmiş yumurta, keseli larva ve 0.2-5 gr ağırlığındaki larvalardan Flavobacterium psychrophilum'un varlığı ile fenotipik ve genotipik özelliklerinin araştırılması hedeflenmiştir. Bu amaçla, Kasım 2012-Mart 2013 tarihleri arasında ticari alabalık işletmelerinden örnekler alınmıştır. Örneklerden olası F. pyschrophilum hücrelerinin izolasyonu konvansiyonel mikrobiyolojik metotlar kullanılarak yapılmış ve toplamda 172 adet izolat (enfekte balıkların karaciğerinden 53, dalağından 12 ve böbreklerinden 37, gözlü yumurtalardan 60, spermden 2, gözlü yumurtalardan 6 ve solungaçlardan 2) elde edilmiştir. Elde edilen tüm izolatların enzim aktivitesi API ZYM test sistemine göre tespit edilmiştir. Bu izolatların moleküler olarak doğrulanmasında F. pyschrophilum spesifik Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR) metodu kullanılmıştır. Hasta balıklardan izole edilen 17 izolatın (11 karaciğer, 3 dalak ve 3 böbrek) ve standart suşun (F. psychrophilum NCIMB 1947T) F. psychrophilum'a özgü 971 bp'lik bant verdiği saptanmıştır. İzolatlar arası klonal ilşkinin belirlenmesi amacıyla RAPD-PCR metodu kullanılmıştır. Bu metoda göre F. psychrophilum izolatlarının beş farklı RAPD bant paterni verdiği saptanmış (F1-F5) ve izolatların % 85 benzerlik katsayısına göre bir“unique”tip (F1 nolu genotip) ve bir küme içerisinde gruplandığı belirlenmiştir. İzolatların, oksitetrasiklin, tobramisin, streptomisin, enoksasin, oksasillin, kloramfenikol, florfenikol, penisilin, klindamisin, tetrasiklin, enrofloksasin, amoksilin, ampisilin, eritromisin, kanamisin ve sulfametoksazol+trimetoprim antibiyotiklerine karşı direnç durumu, disk diffüzyon yöntemi ile araştırılmıştır. Antibiyotik direnç profilinin değişken olduğu görülmüştür. İzolatların tamamının kloramfenikol, florfenikol, oksitetrasiklin ve enrofloksasin antibiyotiklerine karşı duyarlı olduğu belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study, it was aimed to identify and investigate phenotypic and genotypic charecteristics with Flavobacterium psychrophilum presence in sperm, eyed egg, egg, sac fry and 0,2-5 g fry of broodstock in fourteen rainbow trout farms in Eagean and Mediterranean Region. For this purpose, samples were taken from commercial trout farms between 2012 (November)-2013 (March). Isolation of potential F. psychrophilum cells from samples were made using conventional microbiological methods and a total of 172 obtained strains. Enzyme activity of obtained 172 strains identified according to API ZYM test system.. PCR assay was used in molecular confirming of these strains. Then, 17 strains isolated from diseased fish (11 of them liver, 3 of them spleen, 3 of them kidney) and reference strains (F. psychrophilum NCIMB 1947T) were determined that showing specific 971 bp band to F. psychrophilum. RAPD-PCR assay was used to purpose identifying of clonal relationship between strains. F. psychrophilum isolates was determined that showing five different RAPD band patterns (F1-F5) according to this methods. This strains detected to be grouped into 1 cluster and according to similarity coefficient %85“unique”type (F1 the genotype). Strains, oxytetracycline, tobramycin, streptomycin, enoxacin, ocsasil, chloramphenicol, florfenicol, penicillin, clindamycin, tetracycline, enrofloxacin, amoxycillin, ampicillin, erythromycin, kanamycin and sulfamethoxazole+ trimethoprim antibiotic resistance to the situation, was investigated by disc diffusion method. Showed that antibiotic resistance is variable. All isolates chloramphenicol, florfenicol, enrofloxacin oxytetracycline and were found to be sensitive to antibiotics.
Benzer Tezler
- Saprolegnia türlerine karşı bazı tıbbi bitkilerin esansiyel yağlarının antifungal aktivitesi
Antifungal activity of essential oils of some medicinal plants against Saprolegnia species
ÖZNUR GÖRMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Su ÜrünleriSüleyman Demirel ÜniversitesiSu Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZNUR DİLER
- Ege ve Akdeniz bölgesindeki Halictidae ve Andrenidae familyalarına ait arılarla ilişkili nematodların belirlenmesi
Determination of the phoretic nematodes associated with the bees in family Halictidae and Andrenidae in Aegean and Mediterranean regions
SEÇİL KAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyolojiAdnan Menderes ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SELÇUK HAZIR
- Akdeniz ve Ege bölgesindeki bireylerin çevre bilinci ve davranışı
Environmental awareness and behavior of individuals in the Mediterranean and Aegean region
FADİME CAF ÖZKAN
Doktora
Türkçe
2021
ZiraatÇukurova ÜniversitesiTarım Ekonomisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK BOSTAN BUDAK
- Ege ve Akdeniz' de kültürü yapılan levrek balığı (Dicentrarchus labrax)'nın kalite ve kimyasal kompozisyonunun karşılaştırılması
Comparison of the quality and chemical composition of cultured sea bass (Dicentrarchus labrax) in the Aegean and Mediterranean
ERÇİN ATALAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Su ÜrünleriMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiSu Ürünleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TAÇNUR BAYGAR
- Akdeniz ve Ege bölgesi'nden örneklenen Bemisia tabaci popülasyonlarının biyotiplerinin ve insektisit direnç mutasyon frekanslarının belirlenmesi
Determination of biotypes and insecticide resistance mutation frequencies in Bemisia tabaci populations sampled from the Mediterranean and Aegean regions
ÖMER YÜZER
Doktora
Türkçe
2025
GenetikMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPER TONGUÇ