qPCR validation of in vivo diagnostic importance and regulation by estrogen for CHRNA5 isoform expression in breast cancer
Meme kanserinde CHRNA5 isoform ifadesinin ın vıvo tanısal önemi ve östrojenle düzenlenmesinın qpcr ile doğrulanması
- Tez No: 373010
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ÖZLEN KONU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Meme kanserinin birden çok alt tipi bulunmaktadır; bunlar tümör hücresinin reseptör durumuna bağlı olan normal benzeri, bazal benzeri, luminal A, luminal B ve HER2 pozitiftir. Kanser tedavisi, kanser tipine göre belirlenir; bu da teşhis amaçlı yeni bir markör bulmanın en iyi tedavi yöntemini bulmaktaki önemini göstermektedir. Kolinerjik reseptör nikotinik alfa 5 (CHRNA5) nikotinik asetilkolin reseptörlerinin bir alt birimi olup bağımlılık ve kanserde önemli rol oynamaktadır. Bu çalışmada, CHRNA5'in östrojenle ve/veya östrojen reseptörü ile modüle edilen bir reseptör olduğu meme kanseri örneklerinde in vivo ve in vitro qPCR doğrulama çalışmalarıyla gösterilmiştir. CHRNA5 izoform ifadesi farklı dozda estradiol E2 uygulamasına maruz bırakılan ER- ve ER+ hücre hatlarında hücre kültürü çalışmalarıyla ölçülmüş; MCF7 hücre hattı uzun süreli E2 açlığına maruz bırakılmış ve diğer bir deneyde ise E2 varlığında ve yokluğunda bir ER antagonisti olan tamoxifen (4-OHT) uygulanmasına maruz bırakılmıştır. E2 tedavisinden sonra ER+ MCF7 hücre hattında doza bağlı olarak CHRNA5 izoform ifadesinin arttığı, ER- MDA-MB 231 hücre hattında ise CHRNA5 izoform ifadesinin yön ve miktar açısından değişkenlik gösterdiği bulgulanmıştır. CHRNA5 izoform ifadesi genel olarak ER+ MCF7 hücre hattında 4-OHT tedavisi sonucunda azalmıştır. Altı aylık E2 yokluğundan sonra ER+ hücre hatlarında CHRNA5_v3 ve ESR1 (ER geni) ifadesinin arttığı gözlenmiştir. In vivo, bir insan meme kanseri cDNA paneli, özel olarak tasarlanmış primerlerle qPCR yöntemi ve MATLAB'da özel yazılmış GUI uygulaması kullanılarak taranmıştır. Normal ve tümör cDNA'leri arasında istatistiksel olarak önemli bir ifade farklılığı gösteren CHRNA5 geninin, meme kanseri teşhisinde önemli bir biyobelirteç olduğu bulgulanmıştır. Ayrıca, CHRNA5_v3 izoformu ER+ ve ER- meme tümörü örneklerini ayırt edebilmektedir. CHRNA5 izoformlarının miktarının stage ve HER2 statusüne göre nasıl değiştiği de test edilmiştir. Bulgularımız CHRNA5 izoformlarının birbirleriyle korale olduğuğunu ve meme kanserinde reseptör statüsüne bağlı olarak E2 tarafından regüle edildiğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Breast cancer has multiple molecular subtypes; normal-like, basal-like, luminal A, luminal B and HER2 positive depending on receptor status of tumor cells. Cancer therapy is tailored according to the type of cancer; hence finding new diagnostic markers is important to decide on the best treatment approach. Cholinergic nicotinic receptor alpha 5 (CHRNA5) is one of the subunits of nicotinic acetylcholine receptors with significant roles in addiction and cancer. In the present study, CHRNA5 has been validated as an estrogen and/or Estrogen receptor (ER) modulated nicotinic acetylcholine receptor by qPCR in in vitro and in vivo in breast cancer samples. CHRNA5 isoform expression was measured using in vitro cell culture studies in which ER- and ER+ cell lines treated with different doses of estradiol (E2); MCF7 cell line was exposed to long-term E2 depletion, in another experiment it was treated with tamoxifen (4-OHT), an ER antagonist, and with or without E2. We found that all CHRNA5 isoforms exhibited increased expression in response to E2 dose-dependently in the ER+ MCF7 cell line while in the ER- MDA-MB-231 cell line CHRNA5 isoform expression response was variable in direction and magnitude. CHRNA5 isoform expression in general steadily decreased in ER+ cell line MCF7 after 4-OHT treatment. After six months of E2 depletion, ER+ MCF7 cell line had increased CHRNA5_v3 isoform and ESR1 (ER gene) mRNA expression. In vivo, a human breast cancer cDNA panel was scanned with specially designed primers with qPCR using a custom-written GUI in MATLAB. It was found that CHRNA5, showing a statistically significant difference between normal and tumor cDNA, was a good candidate gene in diagnosis of breast cancer. CHRNA_v3 was able to distinguish between ER+ vs ER- breast tumor samples. We also addressed whether CHRNA5 isoforms exhibited differences in distinguishing tumor stage, and HER2 status. Our findings showed that expression of CHRNA5 isoforms were correlated with each other and regulated by E2 in breast cancer depending on ER receptor status.
Benzer Tezler
- Bazı böcek türlerinde fukoziltransferazların in silico yöntemlerle tanımlanması ve in vivo doğrulanması
In silico identification and in vivo validation of fucosyltransferase in some insect species
SADİYE OYLUM
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
BiyolojiEge ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GAMZE TURGAY İZZETOĞLU
- Zebrafish as an in vivo model of drug screens for liver cancer: The role of phenothiazines
Karaciğer kanserinde ilaç taramaları için in vivo model olarak zebra balığının incelenmesi: Fenotiyazinlerin rolü
BÜŞRA KORKMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Moleküler Tıpİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
DR. GÜLÇİN ÇAKAN AKDOĞAN
- Larinks kanserinde kras-3'UTR-LCS6 varyantı (RS61764370) ile ıl-6/JAK2/STAT3 sinyal yolağı arasındaki ilişkisinin incelenmesi
Investigation of the relationship between kras-3'UTR-LCS6 variant (RS61764370) and il-6/JAK2/stat3 signaling pathway in laryngeal carcinoma
MUHAMMED BURAK KAPLAN
- Nauphoeta cinera (Olivier, 1789) (Blattodea, blaberıdae) türündegerçek zamanlı RT-qPCR ile kantitatif ekspresyon analiziiçin referans genlerin tanımlanması ve doğrulanması
Identification and verification of reference genes for quantitative expression analysis by real-time RT-qPCR in nauphoeta cinera (Olivi̇er, 1789) (Blattodea, blaberidae)
KÜBRA ÖZCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞEYDA BERK
- Blaptica dubia (Servılle, 1838) (Blattıdae, blaberınae) türünde gerçek zamanlı RT-QPCR normalizasyonu için endojen referans genlerin tanımlanması ve ekspresyon stabilitesinin değerlendirilmesi
Identification of endogenic reference genes for real time RT-QPCR normalization in Blaptica dubia (serville, 1838) (Blattidae, blaberinae) and assessment of expression stability
EMİN UFUK KARAKAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
GenetikSivas Cumhuriyet ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ŞEYDA BERK