Computational investigation of interactions between pyrene, hydoxypyrene and some selected aminoacids
Pren ve hidroksiprenin bazı seçilmiş aminoasitlerle etkileşimlerinin hesapsal yönetemlerle incelenmesi
- Tez No: 371390
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NURSEL AÇAR SELÇUKİ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu tezde donör-akseptör moleküller arasında oluşan yük transfer kompleksleri hesapsal yöntemlerle incelenmiştir. Poliaromatik hidrokarbonlar olan pren ve 1-hidroksipren akseptör olarak seçilirken, aromatik aminoasit olan fenilalanin, tirozin ve triptofan donör olarak kullanılmıştır. Hesaplamalar Gaussian09, GaussView5 ve Spartan08 moleküler modelleme yazılımları ile yapılmıştır. Temel hal geometri optimizasyonları simetri sınırlaması yapılmadan ω-B97XD/6-31G(d,p) seviyesinde DFT methodu ile yapılmıştır. Vakumda ve suda piren ve hidroksipirenin elektronik enerjileri, dipol momentleri, sıfır noktası enerjileri ve bağıl enerjileri hesaplanmıştır ve su için çözünme enerjileri gösterilmiştir. TD-DFT metodu yardımıyla çalışılan bütün sistemlerin UV-Vis karakteristikleri incelenmiştir. Triptofanın, Py ve PyOH ile temel ve uyarılmış halde oluşturduğu kompleksler, Fenilalanin ve Tirozinin Py ve PyOH ile yaptığı komplekslerden daha kararlı olduğu görülmüştür.
Özet (Çeviri)
Charge transfer complexes between donor and acceptor molecules have been investigated by computational methods. Polyaromatic hydrocarbons pyrene and 1-hydroxypyrene are chosen as acceptors whereas aromatic amino acids phenylalanine, tyrosine and tryptophan are chosen as donors. Calculations have been carried out with Gaussian09, GaussView5 and Spartan08 softwares. Gound state geometry optimizations have been carried out at ω-B97XD/6-31G(d,p) level using DFT method without any symmetry constraints. Total electronic energies, dipole moments, zero-point vibrational energy corrections and relative energies are calculated both in gas phase and in water. Solvation energies are also calculated at the same level. UV-Vis characteristics of all studied systems are investigated by TD-DFT method. Ground and excited state Tryptophan complexes with Py and PyOH are calculated to be more stable than the complexes of Phenylalanine and Tyrosine formed with Py and PyOH.
Benzer Tezler
- Photophysical and computational investigation of interactions between some polyaromatic hydrocarbons and porphyrins
Bazı poliaromatik hidrokarbonlar ve porifrinler arasındaki etkileşimlerin fotofiziksel ve hesapsal yöntemlerle incelenmesi
ZELİHA GAMZE ALP
Yüksek Lisans
İngilizce
2011
KimyaEge ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURSEL ACAR SELÇUKİ
- Investigation of ground and excited state interactions of selected polyaromatic hydrocarbons with aromatic biomolecules and some pharmaceuticals present in biological systems by photophysical and computational methods
Seçilmiş poliaromatik hidrokarbonların biyolojik sistemlerde varolan aromatik biyomoleküllerle ve bazı ilaç molekülleriyle temel ve uyarılmış haldeki etkileşimlerinin fotofiziksel ve hesapsal yöntemlerle incelenmesi
PINAR GÜLOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
KimyaEge ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURSEL ACAR SELÇUKİ
- İnsan TfR1 proteini ile SARS-CoV-2 Spike proteini arasındaki moleküler etkileşimlerin hesaplamalı yaklaşımlar ile incelenmesi
Investigation of molecular interactions between human TfR1 protein and SARS-CoV-2 Spike protein via computational approaches
KAAN ÖZDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Biyoistatistikİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaBiyoistatistik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ OSMAN MUTLUHAN UĞUREL
- Investigation of the interactions of the promazine with selected biomolecules using photophysical and computational methods
Promazin molekülünün seçilmiş biyomoleküllerle etkileşimlerinin fotofiziksel ve hesapsal yöntemlerle incelenmesi
TUĞÇE ŞENER RAMAN
- SMA tedavisinde kullanılan risdiplam molekülünün kısa nükleik asit dizileriyle etkileşimlerinin hesapsal yöntemlerle incelenmesi
Computational investigation of the interactions of the risdiplam molecule used in SMA treatment with short nucleic acid sequences
GÜLDEN AYDIN