Böbrek transplantasyonu yapılan hastalarda polyomavirus BK alttiplerinin saptanması
Detection of BK polyomavirus subtypes in kidney transplant recipients
- Tez No: 370086
- Danışmanlar: PROF. DR. OSMAN ŞADİ YENEN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Amino asitler, Böbrek hastalıkları, Böbrek nakli, Genler, Genotip, Polyomavirüs, Amino acids, Kidney diseases, Kidney transplantation, Genes, Genotype, Polyomavirus
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Tıp Bilimleri Bölümü
- Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, Türkiye?de BK Polyomavirus (BKPyV) genotiplerinin dağılımının belirlenmesi amacıyla böbrek transplantasyonu yapılmış hastaların idrar örneklerinden elde edilen 94 BKPyV suşunun alt tip ve alt grupları saptanmıştır. Ayrıca VP1?in BC kıvrımındaki aminoasit değişimleri analiz edilmiş ve olası klinik etkileri değerlendirilmiştir. BKPyV alt tip I %71,3 oranıyla baskın alt tip olarak belirlenmiştir; bu suşların %13,4?ü Ib-1, %86,6?sı Ib-2 alt grubunda saptanmıştır. BKPyV alt tip II %8,5, alt tip IV ise %20,2 oranlarında bulunmuş olup alt tip IV suşlarının tümü IVc-2 alt grubunda sınıflandırılmıştır. Alt tip III BKPyV suşu saptanmamıştır. Genotip dağılımı sonuçlarımız incelendiğinde, Avrupa ve Batı Asya?dan bildirilen sonuçlarla uyumlu olduğu görülmektedir. BKPyV suşlarının 18?inde BC kıvrımında aminoasit değişimleri belirlenmiştir. D60N, E61D, L68V, D77E, E82Q ve E82D olarak belirlenen değişimlerin saptandığı bu suşlar, polyomavirus ile ilişkili nefropati bulgusu olmayan hastalardan elde edilmiştir. Çalışmamızda, GenBank?ta bildirimi bulunmayan 11 dizi saptanmıştır. İstanbul Üniversitesi, Tıbbi Mikrobiyoloji A.D.?nda kullanılmakta olan BKPyV real-time PCR testi, BKPyV DNA?sında görülen dizi çeşitliliği nedeniyle oluşabilecek yalancı negatif sonuçlara karşı BKPyV DNA?sının saptanmadığı 70 idrar örneği ile test edilmiştir. BKPyV VP1 ve VP2 gen bölgelerine özgül primerlerle iki ayrı PCR uygulanmıştır. Örneklerin tümünde negatif sonuç alınmıştır. Coğrafi bölgemizde bazı BKPyV genotipleri nadir bulunmakta ya da hiç bulunmamaktadır. Değerlendirmede, bu durumdan kaynaklanan kısıtlamalara rağmen real-time PCR testinin BKPyV DNA?sının saptanmasında güvenilir bir yöntem olduğu sonucuna ulaşılmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study, subtypes and subgroups of 94 BK Polyomavirus (BKPyV) strains obtained from urine specimens of the kidney transplant recipients were determined to gain data on the distribution pattern of BKPyV genotypes in Turkey. Also amino acid alterations in BC loop of VP1 were analysed and their possible clinical significance were evaluated. BKPyV subtype I was found to be predominant subtype with 71.3% and subgroups Ib-1 and Ib-2 were detected with 13.4% and 86.6% of subtype I stains respectively. BKPyV subtype II was identified in 8.5% while subtype IV was present in 20.2% and all the subtype IV strains were classified as IVc-2 subgroup. BKPyV subtype III strain was not detected. Our genotype distribution pattern was found similar to that demonstrated previously in Europe and West Asia. Amino acid substitutions in BC loop were determined in 18 BKPyV strains. These strains with D60N, E61D, L68V, D77E, E82Q and E82D substitutions were obtained from the patients without polyomavirus-associated nephropathy. We detected 11 VP1 sequences which are not present in GenBank. BKPyV real-time PCR assay that has been used in Medical Microbiology Department was examined with 70 BKPyV DNA negative urine specimens for the false negative results due to BKPyV DNA sequence variations. Two separate PCR were performed and BKPyV DNA was negative for all samples tested. In our geographic region some BKPyV genotypes are found rare or not detected. In spite of these limitations in evaluation, real-time PCR assay was found as a reliable tool for BKPyV DNA detection.
Benzer Tezler
- Böbrek transplantasyonu yapılan hastalarda BKV DNA' nın araştırılması ve sonuçların retrospektif olarak değerlendirilmesi
Investigation of BKV DNA in renal transplant patients and to retrospective evaluation of results
NURAY ÖZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Mikrobiyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ AĞAÇFİDAN
- Karaciğer transplantasyonu yapılan hastaların BK virüs yönünden izlemi
Monitoring of BK virus in liver transplant recipients
KÜBRA DEMİR ÖNDER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VİLDAN AVKAN OĞUZ
- Böbrek nakil alıcılarında post-transplant eritrositoz risk faktörlerinin retrospektif incelenmesi
Retrospective analysis of risk factors for post-transplant erythrocytosis in kidney transplant recipients
AZİM ALİ EKİZOĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
NefrolojiUludağ Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ABDULMECİT YILDIZ
- Renal transplant hastalarında BKV spesifik immün yanıtın ELISPOT yöntemi ile ölçülmesi
Measuring of BKV specific immune response by ELISPOT method in renal transplant patients
ESVET MUTLU
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2014
Allerji ve İmmünolojiAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MERAL GÜLTEKİN
- Kronik allograft fonksiyon bozukluğu risk faktörleri ve nedenleri
Underlying causes and risk factors of chronic renal allograft dysfunction among renal transplant recipients
GÖKSEL GÜVEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
NefrolojiHacettepe Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. Ş.RAHMİ YILMAZ