Subtyping of Salmonella isolated from human clinical and animal non-clinical cases, as well as different food samples using pulsed field gel electrophoresis (PFGE)
Klinik insan vakaları, klinik olmayan hayvan vakaları ve farklı gıdalardaki Salmonella çeşitliliğinin vuruşlu alan jel elektroforezi (PFGE) kullanılarak moleküler düzeyde belirlenmesi
- Tez No: 368858
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER, PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Genetik, Biyoteknoloji, Microbiology, Genetics, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Bağırsak patojenleri, Gıda zehirlenmesi, PFGE, Salmonella, Stereotip, Intestine pathogens, Food poisoning, Pulsed field gel electrophoresis, Salmonella, Stereotyping
- Yıl: 2014
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Salmonella, dünya genelinde gıda kaynaklı hastalık yapan etmenler arasında en fazla bildirilen patojendir. Güvenli gıdalar sağlanabilmesi için,“tarladan çatala”gıda zincirinde gözetim ve kontrol sistemleri kullanılmalıdır. Geliştirilmiş çok sayıda tiplendirme yöntemi, salmonellosis salgınlarını ortaya çıkarma gücünü arttırmış ve tarladan çatala gıda zincirinde bulunan kontamine kaynakların tespitine olanak sağlamıştır. Salmonella enfeksiyonlarının epidemiyolojisi, genetiği ve ekolojisi hakkında edinilen bilgiler hastalıklardan korunma ve düzenleme tekniklerini kolaylaştırmaktadır; bu bilgilerin sağlanması tiplendirme metodlarına bağlı sayılabilir. Bu çalışmada, Şanlıurfa yöresinden izole edilen 59 gıda kaynaklı, 53 hayvan kaynaklı izolatı ve klinik insan vakalarından elde edilen 50 adet izolatı tanımlamak fenotipik alt tiplendirme yöntemi olan serotiplendirme ile günümüzde“altın standart”moleküler alt tiplendirme yöntemi olarak kabul edilen vuruşlu-alan jel elektroforezi (PFGE) için kullanılmıştır. Salmonella, gıda kaynakları içerisinde en çok tavuk eti ve sığır sakatatında (% 58.3) rastlanmış, hayvan dışkılarında ise Salmonella pozitif örneklerin yaygınlığı kaynaklara göre farklılık göstermiştir. Paratyphi B, klinik insan izolatlarında en fazla bulunan serovar olarak belirlenmiştir. Enteritidis, Typhimurium ve Kentucky serovarları ise her üç kaynaktan da elde edilmiştir. Hayvan dışkı örnekleri her iki alt tiplendirme yöntemi için de en fazla çeşitliliği göstermiş; subsp. enterica'ya ait 13 serovar ile birlikte subsp. diarizonae ve subsp. salamae ile temsil edilmiş; bunu yanında 28 PFGE tipine ayrılmışlardır. PFGE'nin (SID; 0.977) izolatları farklı tiplere ayırma gücünün serotiplendirmeye (SID: 0.915) kıyasla daha fazla olduğu görülmüş; en çok çeşitlilik 8 PFGE tipiyle serovar Montevideo'da gözlenmiştir. Sonuçlar halka açık bir databankaya yüklenmiştir (Pathogen Detector: pathogendetector-metu.rhcloud.com); bu şekilde elde edilen bilgiler Türkiye adına tarladan çatala gıda zincirinin araştırılmasına yararlı olmuş ve aynı zamanda Türkiye'deki Salmonella evrimi, ekolojisi ve aktarımı için önemli bilgiler sunmuştur. Bu çalışma, bilgimiz dahilinde Türkiye'deki tarladan çatala zincirdeki Salmonella çeşitliliğini aynı zaman diliminde ve aynı yer için raporlayan ilk çalışmadır.
Özet (Çeviri)
Salmonella is one of the most reported pathogens in foodborne outbreaks worldwide. In order to ensure safety of foods, farm-to-fork surveillance and control systems must be utilized. Development of numerous typing methods have improved the ability to detect salmonellosis outbreaks, enabling to trace the contaminated source from farm to fork. Facilitating prevention and regulation of techniques, knowledge of the epidemiology, genetics and ecology of Salmonella infections depend on the information provided by typing methods. In this study a phenotypic subtyping method, serotyping, and the current“gold standard”molecular subtyping method for bacterial pathogens, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) was used for characterization of 59 isolates of food origin, 53 isolates of animal origin and 50 clinical human isolates collected from Şanlıurfa region. Salmonella was prevalent mostly in chicken and offal samples (58.3 %), while Salmonella isolates from positive samples were much diverse in animal feces. Paratyphi B was the main serovar recorded for clinical human isolates; serovars Enteritidis, Typhimurium and Kentucky were recovered from all three sources. Having the most diversity from both typing methods, 53 animal isolates were represented by 13 subsp. enterica serovars and subspecies diarizonae and salamae; moreover, 28 PFGE types were observed. For all isolates, PFGE (SID: 0.975) represented a higher discriminatory power with respect to serotyping (SID: 0.915); serovar Montevideo had the most variation with 8 different PFGE types. The results were uploaded to a publicly available databanks (Food Microbe Tracker: http://www.foodmicrobetracker.com/login/login.aspx and Pathogen Detector: pathogendetector-metu.rhcloud.com); therefore, the information could be useful for investigations on farm-to fork chain, as well as for evolution, ecology and transmission of Salmonella in Turkey. From our knowledge, this is the first study reporting Salmonella diversity through farm to fork chain in the same period of time and at the same location in Turkey.
Benzer Tezler
- Çocukluk çağı hodgkin ve non-hodgkin lenfomalarında serum IL-13 düzeylerinin ilk tanıda, remisyonda ve eğer gelişi rse relapsta belirlenmesi, histopatolojik subtipleri ve EBV enfeksiyonu ile beraberliğinin araştırılması
Serum IL-13 levels in initial diagnosis, remission and relaps periods in childhood hodgkin and non-hodgkin lymphomas and relationship with histopathological sybtype and EBV infection
DERYA ÖZYÖRÜK
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2011
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıAnkara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLSAN YAVUZ
- HLA DR ve DP allellerin DNA düzeyinde belirlenmesi
DNA typing of HLA-DR and DP alleles
FATMA OĞUZ (SAVRAN)
Doktora
Türkçe
1998
Tıbbi Biyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MAHMUT NEZİH ÇARİN
- Akut strok hastalarında National Institutes of Health stroke skalası, Glasgaw koma skalası ve bilgisayarlı beyin tomografisinin erken dönem prognos tahminindeki değerliliği ve aralarındaki korelasyonun...
The Short term prognostic values of NIHSS, GCS, early CT and the assesment of their currelations in acute stroke
FİGEN COŞKUN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2000
İlk ve Acil YardımDokuz Eylül Üniversitesiİlk ve Acil Yardım Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALİ GÜNERLİ
- Türk HBsAg taşıyıcılarında hepatit B virüs subtipleri
HBV subtypes in HBsAg carrier Turkish patients
AHMET REŞAT TÜRKYILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiTemel Hepatoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. A. MİTHAT BOZDAYI
DOÇ.DR. HAKAN BOZKAYA
- Helicobacter pylori cagA and vacA gene variability in dyspeptic patients in Turkey
Türkiye'de bulunan dispeptik hastalarda Helicobacter pylori cagA ve vacA gen varyasyonu
HÜSEYİN SARIBAŞAK
