Yüksek sıcaklık ve PH'da aktif yeni bir kimerik ksilanazın oluşturulması ve karakterizasyonu
Construction and characterization of a new chimeric xylanase active at high temperature and PH
- Tez No: 365253
- Danışmanlar: PROF. DR. SABRİYE ÇANAKÇI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Biotechnology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Bacillus halodurans C-125, Geobacillus sp. TF16, DNA shuffling, Kimerik gen, Halofilik bakteriler, Rekombinant DNA teknolojisi, Termofilik bakteriler, Bacillus halodurans C-125, Geobacillus sp. TF16, DNA shuffling, Chimeric gene, Halophilic bacteria, Recombinant DNA technology, Thermophilic bacteria
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, Bacillus halodurans C-125 ve Geobacillus sp. TF16 ksilanaz genleri PCR'la çoğaltıldı. Bu genler PGEMT-Easy vektörüne klonlandı ve sekans analizi yapılarak istenen gene ait diziler oldukları belirlendi. Daha sonra B. halodurans C-125 bakterisine ait ksilanaz geni E. coli ekspresyon vektörü olan pET20b(+)'ye aktarıldı. Fakat B. halodurans C-125 ksilanazında ekspresyon görülmedi. Geobacillus sp. TF16 ksilanaz geni ise pET20b(+) vektörüne aktarılamadığından, ksilanaz proteini bakteriden doğrudan elde edildi. TF16 ksilanazı amonyum sülfat çöktürmesi ve iyon değişimi kolon kromatografisi kullanılarak saflaştırıldı. TF16 ksilanaz enzimi optimum pH, optimum sıcaklık ve kinetik parametreler açısından değerlendirildi. Enzimin optimum pH'sı; 9.0, optimum sıcaklığı; 70 °C, Km; 6,86± 0,615 mg/ml, Vmax; 720,24± 22,99 U/mg olarak hesaplandı. B. halodurans C-125 ve Geobacillus sp. TF16 ksilanaz genleri kullanılarak DNA shuffling yöntemini temel alan bir yaklaşımla kimerik ksilanaz genleri oluşturuldu. Bu kimerik genler; GeoInH2CTer, GeoInH2CTer2, GeoIntraH2Int3 ve GeoIntraH2Int4 olarak isimlendirildi. Kimerik genler pET28a(+) ekspresyon vektörüne aktarılarak, E. coli BL21 (DE3) suşu içerisinde çoğaltıldı. Aktarım sonucunda GeoIntraH2Int3 ve GeoIntraH2Int4'de ekspresyon görülürken, GeoInH2CTer, GeoInH2CTer2'de ekspresyona rastlanmadı. GeoIntraH2Int3'ün optimum sıcaklığı 60 °C, pH'sı 8,0, GeoIntraH2Int4'ün optimum sıcaklığı 50-60 °C, optimum pH'sı ise 8,0-10,0 olarak bulundu.
Özet (Çeviri)
In this study, the xylanase genes of Bacillus halodurans C-125 and Geobacillus sp. TF16 were amplified with PCR. These genes were cloned into the pGEMT Easy cloning vector and the sequences of the genes were revealed. After that the B. halodurans C-125 xylanase gene was cloned into pET20b(+) expression vector, but there was no expression in B. halodurans C-125 xylanase gene. Because Geobacillus sp. TF16 xylanase gene can't transferred into pET20b(+) vector, the protein harvested directly from bacteria. The purification of TF16 xylanase has been performed by ammonium sulphate precipitation and ion-exchange column chromatography. Optimum pH, optimum temperature and kinetic parameters of the enzyme were determined. Optimum pH was 9.0, optimum temperature was 70 °C and Km, Vmax values were 6,86 ± 0,615 mg/ml, 720,24 ± 22,99 U/mg, respectively. Chimeric xylanase genes were constructed from B. halodurans C-125 and Geobacillus sp. TF16 genes with a method based on DNA shuffling. These chimeric genes were named as GeoInH2CTer, GeoInH2CTer2, GeoIntraH2Int3 and GeoIntraH2Int4. Chimeric genes were cloned into pET28a(+) expression vector. GeoIntraH2Int3 and GeoIntraH2Int4 were succesfully expressed in E. coli BL21 (DE3), but there was no expression for GeoInH2CTer and GeoInH2CTer2. Optimum temperature of GeoIntraH2Int3 and GeoIntraH2Int4 were 60 °C, 50-60 °C and optimum pH of them were 8,0 and 8,0-10,0, respectively
Benzer Tezler
- Recombinant production and characterization of a bifidobacterium castoris associated novel α-L-fucosidase
Bifidobacterium castoris ile ilişkili yeni bir α-L-fukosidazın rekombinant üretimi ve karakterizasyonu
BURCU PEKDEMİR
Doktora
İngilizce
2026
BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SERCAN KARAV
- Biogas recovery during anaerobic treatment of lignocellulose-rich pollutants with high sulphate content: an investigation via innovative applications
Yüksek sülfat içerikli lignoselüloz bakımından zengin kirleticilerin havasız arıtımı sırasında biyogaz geri kazanımı: yenilikçi uygulamalarla bir araştırma
EDA YARSUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİĞDEM GÖMEÇ
- Recombinant production and biochemical characterization of novel CYP102S from hisaralan and antarctica identified by metagenomics approaches
Hisaralan ve antarktika'dan metagenomik yaklaşımla yeni tanımlanan CYP102S enzimlerinin rekombinant üretimi ve biyokimyasal karakterizasyonu
ELİF MEHVEŞ ÖZER
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
- Determination of nanotoxicological effects of silver (Ag0) and aluminium (Al0) nanoparticles on microbial community structure in activated sludge
Gümüş (Ag0) ve aluminyum (Al0) nanoparçacıklarının aktif çamurdaki mikrobiyal yapıya olan nanotoksikolojik etkilerinin belirlenmesi
ELİF BUKET PARLAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Mühendislik Bilimleriİstanbul Teknik ÜniversitesiNanobilim ve Nanomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL KOYUNCU
- Recycling and reuse of metals with deep eutectic solvents: A green and circular approach for the resynthesis of NMC cathodes from li-ion battery nmc cathode materials
Derin ötektik çözücüler ile metallerin geri dönüşümü ve yeniden kullanımı: li-iyon pil NMC katotlarından yeşil ve döngüsel bir yaklaşımla yeniden NMC katot sentezi
GİZEM BURCU BİLGİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Metalurji Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMetalurji ve Malzeme Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BİLLUR DENİZ KARAHAN