Arpa'da (Hordeum vulgare L.) endojen sirevirüs analizi
Analysis of endogenous sirevirus in barley (Hordeum vulgare L.)
- Tez No: 357261
- Danışmanlar: PROF. DR. NERMİN GÖZÜKIRMIZI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, ilk kez soya bitkisinde bulunmuş olan SIRE1 retrotranspozonu, IRAP yöntemi ile arpa bitkisinde araştırıldı. Çalışmada, tek bir bitkiye ait 10 günlük dört kök ve 10 günlük dört yaprak analiz edildi. Kontrol materyali olarak olgun arpa embriyosu kullanıldı. IRAP analizi sonucu olgun embriyo, kök ve yaprak DNA'larında polimorfik bantlar gözlendi. Embriyo, kök ve yapraklardaki polimorfizm oranı % 0-64 arasında bulundu. Embriyolar arasında % 0-27, kökler arasında % 8-60 ve yapraklar arasında da % 11-50 oranında polimorfizm gözlendi. Farklı bitkilere ait kökler ve yapraklar arasında görülen polimorfizm aynı fideden elde edilen kök ve yapraklarda da tespit edildi (% 11-64). IRAP analizinin yanı sıra SIRE1 retrotranspozonunun gag, rt ve env domenleri de embriyo, kök ve yapraklarda analiz edildi. Embriyo, kök ve yapraklarda bu domenlerin buluınduğu tespit edildi. Env ve rt domenlerinin analizi sonucunda örneklerin bant profillerinin farklı olduğu gözlendi. Bu farklılık, gelişim sürecinden kaynaklanabilir veya domenler içerisindeki dizilerin duplikasyonu veya delesyonu ile ortaya çıkabilir. SIRE1 gag, env, rt domenlerinin dizi analizi gerçekleştirildi. BLAST analizi sonuçlarına göre SIRE1 retrotranspozonunun Ty1- copia retrotranspozonlarına benzerlik oranı, gag domeninde %79, rt domeninde %84 ve env domeninde %95 olarak bulundu.
Özet (Çeviri)
In this study, it was investigated activation of SIRE1 retrotransposon on barley by using IRAP technique. It was used 4 root and 4 leaf DNA belong to same seed. We used mature barley embryos as control material. It was observed polymorphic band patterns for embryo, root and leaf DNA at the end of IRAP analysis. It was found that polymorphism rates among embryo, root and leaf between 0-64 %. Polymorphism rates was determined among embryos 0-27 %, among roots 8-60 %, among leaves 11-50 %. Polymorphism which was seen among different roots and leaves, was also seen roots and leaves belong to same seed (% 11-64). In addition to IRAP analysis, it was analyzed gag, rt and env domains in embryos, roots and leaves. It was detected these domains in embryos, roots and leaves. It was observed different band patterns in samples at the end of rt and env analysis. This variation results from developmental period, sequence duplication or sequence deletion. SIRE1 gag, rt and env domains was sequenced. As a result of BLAST analysis, it was found that similarities of SIRE1 retrotransposon to Ty1- Copia retrotransposons were 79 % for gag domain, 84 % for rt domain and 95 % for env domain.
Benzer Tezler
- Brassinosteroidlerin arpada (Hordeum vulgare L.) kök büyümesi, antioksidant sistem ve hücre bölünmesi üzerine etkileri
Effects of brassinosteroids on barley (Hordeum vulgare L.) root growth, antioxidant system and cell division
GÖNÜL KARTAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2008
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NERMİN GÖZÜKIRMIZI
- ?Arpa'da (Hordeum vulgare L.) virüs aracılığıyla gen susturulması çalışmaları?
?Virus-induced gene silencing studies in barley(Hordeum vulgare L.)?
ELİF KARLIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Biyoteknolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FİLİZ GÜREL
- Arpa (Hordeum vulgare L.) ve buğday (Triticum aestivum L.)'da kuraklığa dirençli bitkilerin biyoteknolojik yöntemlerle tanımlanması
Identification of drought resistant plants with biotechnological methods in barley (Hordeum vulgare L:) and wheat (Triticum aestivum L.)
AHU ALTINKUT UNCUOĞLU
Doktora
Türkçe
2001
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NERMİN GÖZÜKIRMIZI
- Arpa (Hordeum vulgare L.)da uygulanan EMS (Ethyl Methane Sulphonate) dozları, yıkama suyu sıcaklık ve süresinin M1 ve M2 bitki özelliklerine etkileri
The Effects of different doses of EMS (Etpyl Methane Sulphonate) and the temperatures and periods of post washing applied on the some characters in M1 and M2 plants of barley (Hordeum vulgare L.)
SAİME ÜNVER
- Ankara koşullarında arpa (Hordeum vulgare L.)'da kış öncesi büyüme ve gelişmenin verim ve bazı bitki karakterlerine etkisi
The Effect of fall growth and development on yield and some plant characters in barley (Hordeum vulgare L.) under Ankara conditions
MEHMET SAİT ADAK