Single tree genetic linkage mapping of taxusbrevifolia nutt. Based on random applified polymorphic DNA (RAPD) markers using DNA from haploid megagametophytes
Taxus Brevifolia' nın haploid megagametofit DNA' larını kullanarak rastgele üretilen polimorfik DNA (RAPD) belirleyiciler yardımıyla tek ağaçta yapılan genetik bağlantı haritası
- Tez No: 35568
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ZEKİ KAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Pasifik porsuğu (Taxus brevifolia Nutt), Rastgele Üretilen Polimorfik DNA (RAPD) belirleyicileri, Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PCR), Genetik Bağlantı Haritası, Pacific yew {Taxus brevifolia Nutt.), Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) markers, Polymerase Chain Reaction (PCR), Genetic Linkage Map. Science
- Yıl: 1994
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada Pasifik Porsuğu {Taxus brevifolia Nutt) için rastgele üretilen polimorfik DNA belirleyicilerine (marker) dayanan bir genetik bağlantı haritası yapılmıştır. İlk olarak, tür için tekrarlanabilirliği ve güvenilirliği yüksek olan bir protokol oluşturabilmek amacıyla bir seri polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) optimizasyon deneyi uygulanmıştır. Bu deneylerde, PCR karışımı İçerisinde düşük primer konsantrasyonu (0.2 uM) ile birlikte yüksek MgCİ£ konsantrasyonu (5.5 mM) en iyi amplifikasyon ürünlerini oluşturmuşlardır. PCR ürünleri, şablon (template) DNA'ların 37 °C'de 3 saat 0.02 ug RNase / 1 ng DNA ile işleme tabii tutulmasıyla tam olarak iyleştirilmiştir. Takip eden deneyler sığır serum albuminin (BSA) de PCR ürünleri üzerine RNase ile aynı etkiye sahip olduğunu göstermiştir.Haritalamada, tek bir tohum ağacından elde edilen 39 tohuma ait haploid megagametofit DNA'ları kullanılmıştır. Bunlar arasından oluşturulan 6Tık bir alt grup ile 345 tane on-baz uzunluğundaki rastgele sırada oligonükleotid primer taranmıştır. Bunlardan 96 tanesi en az bir polimorfik lokus belirlemiştir. Bu polimorfik primerlerden 86 tanesinin tüm popülasyon üzerinde denenmesi ile beklenen 1:1 segregasyonu gösteren 102 RAPD genetik lokusu tanınmıştır. GMendel bilgisayar programı ile 0.40 rekombinasyon değeri ve 3.00 LOD değeri kriterlerine göre yapılan bağlantı analizi, 102 lokustan 41 tanesinin 17 bağlantı grubuna dağıtıldığını ve toplam 305.8 cM kapladığım göstermiştir. Daha fazla tokusun belirlenerek haritaya eklenmesiyle geri kalan 61 lokus da bağlantı gruplarına katılabilir. Daha somaki çalışmalarla geliştirildiği takdirde bu haritadan türün gen kaynaklarının kullanılması ve genetik ıslahı konularında çeşitli şekillerde yararlanılabilir.
Özet (Çeviri)
A genetic linkage map was constructed for Pacific yew (Taxus brevifolia Nutt.) based on randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. A series of optimization experiments were conducted to develop a highly repeatable and a reliable protocol for Pacific yew. In these experiments, high MgCİ£ concentration (5.5 mM ) together with a low primer concentration (0.2 um) in the polymerase chain reaction (PCR) mixture yielded the best amplification products. PCR amplification products were further improved by treating the template DNAs with 0.02 ug RNase / I ng DNA at 37 °C for three hours. Furthermore, the results of subsequent experiments indicated that BSA has the same kind of effect on PCR amplification as RNase. mThe segregating mapping populations consisted of 39 haploid megagametophytes from a single mother tree. DNAs from a subset of 6 megagametophytes were screened against 345 ten-base oligonucleotide primers of arbitrary sequence. Of the screened primers, ninety-six of them revealed at least one polymorphic locus. Eighty-six of these polymorphic primers were used with the entire set of megagametophyte DNAs and 102 loci were scored which segregated in the expected 1:1 ratio. Linkage analysis was conducted with computer program (GMendel) which showed that forty-one of 102 markers were distributed into 17 linkage groups and covered 305.8 cM. Linkage criteria of 0.40 recombination value and log likelihood ( LOD ) of 3.00 were used. Remaining 61 unlinked markers should be assigned to linkage groups as more markers are added to the map. This map can be used in a variety of ways in the gene resource management and the genetic improvement of the species.
Benzer Tezler
- Çiftlik hayvanlarında major genler. Bunların belirlenmesi, transferi ve endüstriyel kullanımı
Major genes in farm animals: Their identification, transfer and industrial utilization
İBRAHİM CEMAL
- Proje değerlendirmede şebeke analizi ve bir bilgisayar uygulaması
Network analysis in project evaluation and a computer program
ZİYA ŞAHBAZOĞLU
- Ağaçişleri endüstrisinde kullanılan önemli bazı yerli ağaç türleri odunlarının yapışma özelliklerinin tespiti üzerine araştırmalar
The Research on determination of the bonding properties of some native tree species used in woodworking industries
ÖZGÜR DENİZ BALKIZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Ağaç İşleriHacettepe ÜniversitesiAğaç İşleri Endüstri Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH ASLAN
- Zonguldak Orman Bölge Müdürlüğü meşe meşcerelerinin biyokütle tablolarının düzenlenmesi
Başlık çevirisi yok
BİRSEN DURKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
1998
Ormancılık ve Orman MühendisliğiAkdeniz ÜniversitesiOrman Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEDİM SARAÇOĞLU
- Zonguldak Orman Bölge Müdürlüğü kestane meşcerelerinin biyokütle tablolarının düzenlenmesi
Construction of biomass tables of chestnut in Zonguldak forest regional headquarter
OSMAN İKİNCİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2000
Ormancılık ve Orman MühendisliğiZonguldak Karaelmas ÜniversitesiOrman Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEDİM SARAÇOĞLU