Geri Dön

Nazal polipli hastalarda SCGB1C1 (Lıgand-Bındıng Protein RYD5) genindeki moleküler patolojilerin araştırılması

Investigation of molecular pathologies in SCGB1C1 (Ligand-Binding Protein RYD5) gene in patients with nasal polyposis

PDF İndir

  1. Tez No: 355671
  2. Yazar: SİBEL UNURLU ÖZDAŞ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AFİFE İZBIRAK
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Burun, DNA, DNA mutasyon analizi, Gen ifadesi, Hastalık, Nazal polipler, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Polimorfizm-genetik, Nose, DNA, DNA mutational analysis, Gene expression, Disease, Nasal polyps, Polymerase chain reaction, Polymorphism-genetic
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Nazal polipozis (NP), nazal kaviteye doğru sarkan iyi huylu mukozal çıkıntılar olup, kronik inflamatuvar bir hastalıktır. NP, birçok nedeni olan bir hastalık olup, oluşumunda genetik faktörler önemli bir yer tutmaktadır. Patogenezinin, pro-inflamatuvar ve anti-inflamatuvar sitokinler arasında gelişen dengeyle düzenlendiği düşünülmektedir. RYD5 (SCGB1C1) geni yeni tanımlanmış bir gen ailesi olan sekretoglobinlerin (SCGB) bir üyesidir. RYD5 (ligand-binding protein) dimerik yapıda, biyolojik olarak aktif, fizyolojik ve patofizyolojik olarak önemli bir protein olup, anti-inflamatuvar ve immüno-modülatör fonksiyona sahip olduğu düşünülmektedir. Bu çalışma, RYD5 genindeki genotipik varyasyonların ve gen ifadesindeki değişikliklerin, NP oluşum mekanizmasındaki etkilerini araştırmak için yapılmıştır. RYD5 geninde var olabilecek nükleotit değişiklikleri ve bunların pozisyonlarını (promotor, splizing noktaları ve ekzon dağılımlarını) değerlendirmek için 91 NP?li hasta ve 110 sağlıklı bireyden oluşan kontrol grubunun kan örneklerinde gen dizi analizi yapılarak, genotipik varyasyonlar incelenmiştir. Ayrıca, NP?li 13 hastanın polip dokusu ve kendi sağlam nazal mukozasından elde edilen DNA örneklerinde RYD5 gen dizileri karşılaştırılmıştır. NP?li 13 hastanın polip dokusuyla, 9 hastanın kendi sağlam nazal mukozasından ve sağlıklı 10 bireyin nazal mukozasından alınan doku örneklerinde RYD5 geninin ifade düzeyleri Kantitatif Ters Transkripsiyon PZR (KTT-PZR) yöntemiyle değerlendirilmiştir. Verilerin karşılatırılmasında, Pearson ki-kare ve Fisher?in tam testi kullanılmıştır. p<0.05 istatistiksel olarak anlamlı kabul edilmiştir. Hasta ve kontrol gruplarında yapılan dizi analizi sonucunda, on farklı tek nükleotit değişikliği tespit edilmiş olup, bunlardan (c.13C>T) ve (c.152G>T) nükleotit değişiklikleri, RYD5 gen ürününde amino asit değişikliğine yol açabilecek niteliktedir [sırasıyla (R5C) (G51V)]. (c.13C>T) tolere edilebilir bir protein varyasyonu olup, sadece NP?li hastalarda tespit edilmiş olan RYD5 (c.152G>T) nükleotit değişikliği daha önce bildirilmemiş ve PROVEAN, PolyPhen-2 programına göre tolere edilemeyen, SIFT programına göre tolere edilebilir bir protein varyasyonuna neden olmaktadır. (c.-264A>G) ve (c.-103G>A) nükleotit değişiklikleri ile NP patogenezi arasında istatistiksel olarak anlamlı bir ilişki saptanmıştır (p<0.05). NP?li hastaların polip dokusu ile kendi sağlam nazal mukozaları arasında, RYD5 gen dizisi açısından fark bulunmamıştır. Çalışmamızın gen ifade düzeyi analiz sonucuna göre, NP?li hastanın kendi sağlam mukozasına kıyasla, polip dokusunda RYD5 gen ifade seviyesi düşük olsa da, istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır (p=0.367). Kontrol grubuna kıyasla, nazal polip dokusunda RYD5 gen ifade seviyesi artmıştır. Ancak bu fark istatistiksel olarak anlamlı bulunmamıştır (p=0.121). RYD5 gen ifade çalışmasında, kontrol grubu ile nazal polip dokusundaki nükleotit değişikliklerinin dağılımı istatistiksel olarak değerlendirilememiştir. Sonuç olarak, RYD5 genindeki (c.-264A>G) ve (c.-103G>A) nükleotit değişikliklerinin, genin ifade düzeyini etkilediğini ve inflamasyonun şiddetini değiştirerek NP gelişimine katkıda bulunduğunu düşünmekteyiz.

Özet (Çeviri)

Nasal polyposis (NP) is a chronic inflammatory disease consisting of benign mucosal protrusions that can extend towards the nasal cavity. NP is a multifactorial disease in which genetic factors assume an important role in its development. Its pathogenesis is regulated by the balance between pro-inflammatory and anti-inflammatory cytokines. The RYD5 (SCGB1C1) gene is a member of newly defined gene family of the secretoglobins (SGCB). It is a dimeric, biologically active, physiologically and pathophysiologically important protein with anti-inflammatory and immuno-modulator functions. This study has been conducted to investigate the effects of genotypic variations and deviations in gene expression in RYD5 gene on NP formation mechanism. Genotypic variations have been studied by performing DNA Sequencing in blood samples of 91 patients with NP and 110 healthy individuals to evaluate nucleotide changes and their positions that might be in RYD5 gene (promotor, splicing points and exon distributions). Moreover the polyp tissues of 13 patients with NP and RYD5 gene sequences in their healthy nasal mucosa have been compared. RYD5 gene expression levels have been evaluated by Quantitative Reverse Transcription PCR (QRT-PCR) method in tissue samples taken from polyp tissue of 13 patients with NP, healthy nasal mucosa of 9 patients and nasal mucosa of 10 healthy individuals. In comparison of data, Pearson chisquare and Fisher?s exact test have been used. P<0.05 was considered statistically significant. As a result of sequence array analyze conducted in patients and control group, 10 nucleotide changes have been identified in those (c.13C>T) and (c.152G>T) mutations are such as to cause a residual change in RYD5 gene product [respectively (R5C) (G51V)]. (c.13C>T) nucleotide change is a tolerable protein variation (MAF=0,27), and (c.152G>T) nucleotide change that was found only in patients with NP can cause a protein variation that has never been reported before and is intolerable according to PROVEAN, PolyPhen-2 program, tolerable according to SIFT program. It has been found a statistically significant relation ship between (c.-264A>G) and (c.-103G>A) nucleotide changes and NP pathogenesis (p<0,05). No difference was found between the polyp tissue of patients with NP and their healthy nasal mucosa in terms of the RYD5 gene sequence. According to the expression analyze results of our study, RYD5 gene expression level in polyp tissue of patients with NP was low in comparison to their healthy mucosa, and no statistically significant difference was found (p=0, 367). In comparison to the control group, RYD5 gene expression level has been increased in nasal polyp tissue, however this difference was not statistically significant (p=0.121). The relation RYD5 gene expression, distributions of mutations in control group and nasal polyp tissue could not been evaluated statistically. In conclusion, we consider that in RYD5 gene (c.-264A>G) and (c.-103G>A) nucleotide changes alter the severity of chronic inflammatory diseas and contribute to NP development by affecting the level of gene expression.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    242792

    Nazal polipli hastalarda ameliyat öncesi ve sonrası yaşam kalitesi

    Quality of life(QOL) in patients with nasal polyp before and after surgery

    MEHMET ÖZGÜR PINARBAŞLI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Kulak Burun ve BoğazEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Kulak Burun Boğaz Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HAMDİ ÇAKLI

  2. Tez No

    272249

    Nazal polipli hastalarda sistemik, topikal ve intralezyoner kullanılan steroid etkinliğinin polip apoptozis düzeylerine bakılarak karşılaştırılması

    Comparison of the effects of systemic, topical and intralesional steroid treatments on apoptosis level of polyp tissue in patients with nasal polyposis

    YUSUF BURAK KAPUCU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Kulak Burun ve BoğazGata

    Kulak Burun Boğaz Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. İ. ENGİN ÇEKİN

  3. Tez No

    435631

    Nazal polipli hastalarda eozinofilik aktivite ile semptom ve radyolojik skorlama arasındaki ilişki

    The relationship between eosinophilic activity and symptoms and radiological scoring in patients with nasal polyps

    GÖKSEL GÖKTAŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Kulak Burun ve BoğazGaziosmanpaşa Üniversitesi

    Kulak Burun Boğaz ve Baş-Boyun Cerrahisi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET EYİBİLEN

  4. Tez No

    464051

    Nazal polipli hastalarda AOPP ve sod doku düzeylerinin belirlenmesi

    Determination of AOPP and sod tissue levels in nasal polyposis

    MEHMET EKREM ZORLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Kulak Burun ve BoğazGazi Üniversitesi

    Kulak Burun Boğaz ve Baş-Boyun Cerrahisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KADİR KEMAL UYGUR

  5. Tez No

    665179

    Nazal polipli hastalarda t hücre kutuplaşması ve allerjik inflamasyon göstergelerinin klinik bulgularla ilişkisi

    The association of t-cell polarization and the relationship of allergic inflammation indicators with clinical findings in patients with nazal polyposis

    SAİT YEŞİLLİK

    Tıpta Yan Dal Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Allerji ve İmmünolojiGata

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OSMAN ŞENER

Geri Dön