Klinik örneklerden izole edilen E. coli izolatlarının genotiplendirmesi
Genotyping of E. coli strains which were isolated from clinical specimens
- Tez No: 352825
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MELEK İNCİ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji, Moleküler Tıp, Microbiology, Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Escherichia Coli, GSBL, Kinolon direnci, Klonal yakınlık, Rep-PCR, Escherichia coli enfeksiyonları, Polimeraz zincirleme reaksiyonu, Escherichia coli, ESBL, Quinolone resistance, Clonal proximity, Rep-PCR, Escherichia coli infections, Polymerase chain reaction
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Mustafa Kemal Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada idrar örneklerinden izole edilen genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten ve kinolona dirençli E. coli kökenlerinin epidemiyolojisinin ve risk faktörlerinin araştırılması, bunun yanı sıra rep-PCR (repetitive-sequence-based polymerase chain reaction) yöntemiyle izolatlar arasındaki klonal ilişkinin belirlenmesi amaçlandı.Gereç ve yöntem: Çalışmaya idrar örneklerinden izole edilen ve etken olarak kabul edilen, GSBL üreten ve kinolona dirençli 96 E. coli kökeni çalışmaya dâhil edildi. İzolatlarda GSBL varlığı çift disk sinerji testiyle, kinolon direnci siprofloksasin diski kullanılarak Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile araştırıldı. GSBL üreten E. coli ile enfeksiyon geçirmek için hastalarda mevcut olan risk faktörleri belirlendi. Hastaya ait kayıtların incelenmesi sonucu, CDC kriterleri esas alınarak enfeksiyonun toplum veya hastane kökenli olduğu belirlendi. İzolatların klonal yakınlıkları rep-PCR yöntemiyle saptandı.Bulgular: Çalışmaya alınan 96 suşun 52'sinin (%54.2) hastane kaynaklı, 44'ünün (%45.8) ise toplum kaynaklı enfeksiyonlardan izole edildiği belirlendi. Hastaların GSBL pozitif E. coli ile enfeksiyon geçirmek için ortalama 3 risk faktörüne sahip olduğu ve en sık karşılaşılan risk faktörünün son 6 ayda hastanede yatış olduğu saptandı. Rep-PCR ile 9'u ana klonları ve 20 si sporadik olmak üzere toplam 29 farklı klon belirlendi.Sonuç: Toplum kökenli enfeksiyonlara sebep olan izolatlar hastane ile ilişkili olabilir. Bu kökenler uzun süre hastanede kolonize olarak değişik ünitelerde enfeksiyonlara neden olabilir. Çoklu ilaca dirençli üriner system enfeksiyonlarına neden olan E. coli kökenlerinin epidemiyolojisinin belirlenebilmesi için klonal ilişkinin araştırılması faydalıdır.
Özet (Çeviri)
In this study, it was aimed to investigate the epidemiology and risk factors in Expended Spectrum Beta Lactamase (ESBL) positive and quinolone resistant Escherichia coli strains isolated from urinary tract infections. In addition, the clonal relationships among Escherichia coli strains was aimed to determine by repetitive-sequence-based Polymerase Chain Reaction (rep-PCR) method.Materials & methods: A total of 96 E. coli strains isolated from urine samples and identified as the infection agent were included. All of strains were ESBL posive and quinolone resistant. ESBL production and quinolone resistance in E. coli isolates were tested by the Kirby-Bauer disk diffusion method according to the Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI). ESBL production was evaluated by the double disc synergy test. Risk factors for infection by ESBL-producing E. coli in patients. Based on the Centers for Disease Control criteria, whether community hospital acquired infections were identified. The clonal proximity of the isolates was determined rep-PCR method.Results: It was found that 52 of 96 isolates (54.2%) were isolated from nosocomial infections wheras totally 44 (45.8%) isolates were isolated from community acquired infections. Usually the three risk factors in patients with regard to ESBL-positive E. coli infections were identified. The most common risk factors in patients assessed as the hospitalization in the last 6 months. It was shown to be a total of 29 clones including 9 major clones and 20 sporadic clones by Rep-PCR technique.Conclusion: Community-acquired isolates that cause infections may be associated with the hospitalization.These strains colonized in hospital for along time can cause infections in various departmants. It is usefull to investigate the clonal relationship to determine multi-drug resistant E. coli epidemiology which causes urinary tract infections.
Benzer Tezler
- Sağlıklı tavuk dışkılarından ve çevresel materyallerden izole edilen Escherichia coli suşlarının kolistin ve çoklu antibiyotik dirençliliklerinin araştırılması ve genotiplendirilmesi
Investigation of colistin and multiple antibiotic resistances of Escherichia coli strains isolated from healthy chicken stools and environmental samples and geneotyping these strains
ALİ SERDAR
Doktora
Türkçe
2024
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiVeterinerlik Mikrobiyolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU FINDIK
- Klinik örneklerden izole edilen e. colı ve klebsıella cinsi bakterilerde çift difüzyon tarama ve çift sinerji yöntemleri ile genişlemiş spektrumlu beta laktamaz varlığının araştırılması
Investigation of the antibiotic resistance and preventing of extended spectrum beta-lactamase of e. coli and klebsiella species isolated from clinic samples
ÖZGENUR ÜNAL ÇOLAK
- Klinik örneklerden izole edilen escherichia coli, klebsiella pneumoniae ve pseudomonas aeruginosa suşlarında kolistin direnç oranlarının mikrodilüsyon yöntemiyle araştırılması
Investigation of colistin resistance rates in escherichia coli, klebsiella pneumoniae and pseudomonas aeruginosa strains isolated from clinical samples by microdilution method
ELANUR VELİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiAtatürk ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN AKTAŞ
- Ekstraintestinel enfeksiyonlardan izole edilen ve virulans faktörleri tanımlanan E.coli suşlarının filogenetik ilişkilerinin tespitinde rapd yönteminin önemi
Significance of rapd method for the detection of filogenetic relation between virulance factors identified E.coli strains isolated from extraintestinal infections
BAŞAK BEDİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Farklı kaynaklardan izole edilen CTX-M-15 üreten escherichia coli izolatlarının plazmid replikon tipleri varlığı yönünden incelenmesi
Investigation of the presence of plasmid replicone types among CTX-M-15 producing escherichia coli isolates from different sources
ÇAĞLA AZİZOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
MikrobiyolojiHatay Mustafa Kemal ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CEMİL KÜREKCİ
DR. ÖZLEM ÜNALDI