Applications of heuristic search on phylogeny reconstruction problems
Yeniden filojeni kurma problemlerinde sezgisel arama uygulamaları
- Tez No: 348685
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. ESRA ERDEM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Genetik, Biyomühendislik, Computer Engineering and Computer Science and Control, Genetics, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Biyolojik evrim, Filogeni, Genom, Biological evolution, Phylogeny, Genome
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Verilen bir tür ailesi için oluşturulan filojeniler veya evrim ağaçları bu türler arasındaki evrimsel ilişkileri gösterir. Ağacın yaprakları verilen türleri, ara düğümleri ortak ataları ve ayrıtları da genetik ilişkileri belirtir. Türler genom bilgileriyle tanımlanabilir ve türler arasındaki evrimsel ilişkiler bir genomu diğerine dönüştüren genom yeniden düzenleme olayları (mesela mutasyonlar) ile ölçülebilir. Genom verisinden filojeni çıkarımı yapmak için kullanılan yaklaşımlardan biri, türler arasındaki toplam evrimsel mesafeyi en aza indirgemeye çalışırken genom üçlüleri için ortanca genom problemi çözmek veya genom çiftleri için genom yeniden düzenleme problemi çözmektir.Bu tezde, yeniden filojeni kurma problemini çözmek amacıyla, gen tekrarı içermeyen aynı uzunluktaki dairesel genomlar için ortanca genom problemi çözümüne dayanan iki tane arama tabanlı algoritma geliştirdik ve gerçekledik.Algoritmalarımızın uygulanabilir ve etkili olduğunu gösterebilmek adına rastgele üretilmiş örnekler ve Metazoa'ya ait türlerin mitokondri genomlarını ve Campanulaceae ailesine ait türlerin kloroplast genomlarını içeren iki gerçek veri kümesiyle algoritmalarımızı sınadık.
Özet (Çeviri)
Phylogenies or evolutionary trees for a given family of species show the evolutionary relationships between these species. The leaves denote the given species, the internal nodes denote their common ancestors and the edges denote the genetic relationships. Species can be identified by their whole genomes and the evolutionary relations between species can be measured by the number of rearrangement events (i.e. mutations) that transform one genome into another. One approach to infer phylogeny from genomic data is by solving median genome problems for three genomes, or the genomerearrangement problem for pairs of genomes, while trying to minimize the total evolutionary distance among the given species.In this thesis, we have developed and implemented three search based algorithms for phylogeny reconstruction problem based on solving median genome problems for circular genomes of the same length without gene duplication.In order to show applicability and effectiveness of our algorithms, we have tested them with randomly generated instances and two real data sets: mitochondrial genomes of Metazoa and chloroplast genomes of Campanulaceae.
Benzer Tezler
- Paralel karınca kolonisi optimizasyon algoritması ve test problemlerindeki performansının incelenmesi
Parallel ant colony optimization algorithm and the examination of its performance on the test problems
FATİH SARIKOÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolErciyes ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. ADEM KALINLI
- Yapı mühendisliğinde metasezgizel algoritmalar ile optimizasyon uygulamaları
Optimization applications by metaheuristic algorithms in structural engineering
AYLİN ECE KAYABEKİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
İnşaat Mühendisliğiİstanbul Üniversitesiİnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GEBRAİL BEKDAŞ
- A stagnation aware cooperative breakout local search algorithm for the quadratic assignment problem on a multi-core architecture
Çok çekirdekli bir mimari üzerinde karesel atama problemi için iş birliği yapan durgunluk bilinçli yerel arama kaçış algoritması
YAĞMUR AKSAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET COŞAR
- Heuristic search techniques in problem reduction method
Başlık çevirisi yok
MOHAMMED A. ARTEİMİ
Yüksek Lisans
İngilizce
1988
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik ÜniversitesiDOÇ. DR. MÜREN GÖKERİ
- Heuristic solution to the product targeting problem based on mathematical programming
Başlık çevirisi yok
FİLİZ ÇETİN
Doktora
İngilizce
2016
Endüstri ve Endüstri MühendisliğiMarmara ÜniversitesiMühendislik Yönetimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÇİĞDEM ALABAŞ USLU