A drug-gene network for understanding drug mechanism of action
ilaçların etki mekanizmalarını anlayabilmek için ilaç-gen ağı
- Tez No: 348679
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MURAT ÇOKOL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyoloji, Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Genetics, Biology, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Genetik ve kimyasal karışıklıkların birleştirildiği kemogenomik deneyler, genotip ve fenotip arasındaki ilişkinin keşfedilmesi için veri sağlar. Bu araştırmada biz, 300 tane kimyasala karşı S. cerevisiae'daki bütün delesyon suşlarının büyüme bilgisinin içerildiği, şu ana kadar üretilmiş olan en büyük kemogenomik veriyi hesaplamalı olarak analiz ettik. Şimdiye kadarki kemogenomik veri analizlerinde hep delesyon suşlarının kimyasallara karşı duyarlılık ilişkisi incelenmiştir ki bu ilaçların etki mekanizmalarının anlaşılmasına ve ilaç hedeflerini bulmaya ışık tutar. Biz ise bunun yanında bir de delesyon suşlarının kimyasallara karşı olan 'direnç' ilişkisini inceledik. Öyle bir gen kümesi bulduk ki bu genlerin hücreden silinmesinin, maya hücresini birçok ilaca karşı dirençli kıldığını farkettik. İlginç bir şekilde, bu genlerin RNA metabolizmasıyla ilgili fonksiyonlarda tesadüfen beklenmeyecek kadar işlevi olduğunu bulduk. Bu projedeki yaklaşımımız bize ilaçların ve genlerin birbiriyle 'duyarlılık' ve 'direnç' ilişkileriyle bağlandığı bir ilaç-gen ağı oluşturmamızı sağladı. Bu ağa kalite kontrol olarak yaptığımız analizlerde, ağdaki yüksek dereceli motiflerin aslında biyolojik olarak anlam ifade ettiğini farkettik. Bununla beraber, bu ağı kullanarak ilaç benzerlikleriyle ilgili, biyolojik amaca uygun bir ağ yansıması oluşturduk, ve sonrasında bu ağı ayrıntılı olarak analiz ettik. Elde ettiğimiz bu ilaç benzerlik ağını, ilaçların etki mekanizmalarını daha iyi anlayabilmek için yararlı bir araç olarak sunuyoruz.
Özet (Çeviri)
Chemogenomics experiments, where genetic and chemical perturbations are combined, provide data for discovering the relationships between genotype and phenotype. Here, we computationally analyzed the largest chemogenomics dataset, which combines more than 300 chemicals with virtually all gene deletion strains in the yeast S. cerevisiae. Traditionally, analysis of chemogenomic datasets has been done considering the sensitivity of the deletion strains to chemicals, and this has shed light into drug mechanism of action and nding drug targets.We also considered the deletion strains which are resistant to chemicals. We found a small set of genes whose deletion makes the yeast cell resistant to many chemicals. Curiously, these genes were enriched for functions related to RNA metabolism. Our approach allowed us to generate a network of drugs and genes that are connected with resistance or sensitivity relationships. As a quality assessment, we showed that the higher order motifs found in this network make biological sense. Moreover, by using this network, we constructed a biologically relevant network projection pertaining to drug similarities, and subsequently analyzed this network projection in detail. We propose the drug similarity network as a useful tool for understanding drug mechanism of action.
Benzer Tezler
- Analysis of biochemical pathway with graph based algorithms
Biyokimyasal yolaklarda çizge teorisi algoritmalarıyla analiz
EMİNE RAVZA GÜR
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALPER YILMAZ
- Liquid to soft solid transition of cellulose nanocrystal suspensions in presence of micelle forming surfactants
Selüloz nanokristal süspansiyonlarının misel oluşturan sürfaktanlar aracılığılya sıvıdan yumuşak katı formuna geçmesi
EREN KUŞHAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2020
Kimya MühendisliğiKoç ÜniversitesiKimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ERKAN ŞENSES
- Nano-boyutlu biyoinformatik analiz ile kanser hastalıklarının tanısı
Cancer diagnosis based on nanoscale bioinformatics analysis
AHMET TOPRAK
Doktora
Türkçe
2022
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiSelçuk ÜniversitesiNanoteknoloji ve İleri Malzemeler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESMA ERYILMAZ DOĞAN
- Systems biology analysis of kinase inhibitors in liver cancer cells using next generation sequencing data
Yeni nesil dizileme tekniği kullanılarak karaciğer kanserinin sistem biyolojisi analizi
KÜBRA NARCI
Doktora
İngilizce
2021
Tıbbi BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiSağlık Bilimleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YEŞİM AYDIN SON
PROF. DR. RENGÜL ÇETİN ATALAY
- Biological Network Modeling of Pediatric Retinoblastoma for Early Diagnosis and Drug Repurposing
Pediatrik retinoblastomanın erken tanısı için biyolojik ağ modellemesi ve ilaç yeniden konumlandırma
SENA ÖZYİĞİT
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BESTE TURANLI