Virtual screening and docking of potential Protein Kinase B inhibitors
Potansiyel Protein Kinaz B inhibitörlerinin sanal taraması ve doklanması
- Tez No: 325593
- Danışmanlar: PROF. DR. KUTLU ÜLGEN, YRD. DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, pankreas ve yumurtalık kanseri vakalarının %30-40'ında aktivasyonu gözlenen protein kinaz B-ß (PKB-ß / AKT-2) için yeni ?ATP rekabetçi? inhibitörlerin moleküler doklanması hedeflenmiştir. AKT-2 proteininin farklı inhibitörlere bağlandığında geçirdiği yapısal değişiklikleri hesaba katmak için iki farklı AKT-2 yapısına, Phase ile üç boyutlu farmakofor filtreleme ve Glide ile çok adımlı doklama ve skorlama uygulanmıştır. CoCoCo molekül kütüphanesi isabet molekülleri (hit) bulmak için taranmıştır. Bu çalışmada kullanılan uygulama ile farmakofor oluşturma ve veritabanı tarama yöntemleri birleştirildi, bağlanma sırasındaki protein yapısal değişikliği iki farklı protein konformasyonu kullanılarak ele alındı, ve aynı zamanda korunmuş su molekülleri aktif bölgeye dahil edilerek çözünme etkisi dikkate alındı. Üst sıradaki moleküllerin AKT-2 ile olan etkileşimleri detaylı olarak analiz edildi ve Glide'ın nihai doklama sonuçları, önceden tanımlanmış inhibitörlerle yapılarına ve kimyalarına göre karşılaştırıldı. Sonuç olarak, on olası inhibitör önerildi ve bu moleküllerin ADME ve PKB-ß' ya seçicilik özellikleri incelendi.
Özet (Çeviri)
This study aims to carry out a molecular docking process of novel ATP competitive inhibitors for protein kinase B-beta (PKBß / AKT-2), activation of which has been observed in 30-40% of ovarian and pancreatic cancers. 3D pharmacophore filtering by Phase and multistep docking and scoring by Glide were applied to two different conformations of AKT-2 to take into account the conformational change upon binding of different inhibitors. The molecule library CoCoCo was screened to find hits. The procedure employed here combines the pharmacophore building and database screening methods, considers the protein conformation change upon binding by using two different protein conformations and also takes into account the solvation effect by including conserved water molecules in the active site. The top ranked molecules were further analyzed according to their interactions with AKT-2 and the final docking results from Glide were compared with previously identified inhibitors based on structure and chemistry. As a main contribution, ten putative inhibitors were proposed and analyzed for absorption, distribution, metabolism, and excretion (ADME) properties and selectivity for PKB-ß.
Benzer Tezler
- Kanser tedavisi için potansiyel polo-benzeri kinaz 1 (plk1) inhibitörlerinin hesaplamalı yaklaşımlar ile belirlenmesi ve plk1 protein hedefinin biyomoleküler etkileşimleri
Identification of potential polo-like kinase 1 (plk1) inhibitors for cancer therapy by computational approaches, and biomolecular interactions of polo-like kinase 1 (plk1) protein target
GÜLCE DAVUTLAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Tıbbi BiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTıbbi Sistem Biyolojisi Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ FERAH CÖMERT ÖNDER
- Investigating allosteric modulators for pathogenic enzymes using molecular docking and molecular dynamics simulations
Patojenik enzimler ıçin allosterik modülatörlerin moleküler yerleştirme ve moleküler dinamik simülasyonları kullanılarak araştırılması
MERVE YÜCE
Doktora
İngilizce
2025
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞE ÖZGE KÜRKÇÜOĞLU LEVİTAS
- Docking tabanlı ters sanal tarama ve moleküler dinamik simülasyon ile karvakrol'un potansiyel anti-diyabetik özelliğinin insan hedef proteinlerine etkisinin araştırılması
Investigation of the efficacy of the potential antidiabetic properties of carvacrol on human target proteins by docking-based inverse virtual screening and molecular dynamic simulation
NAİL BEŞLİ
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜLKAN KILIÇ
- Sanal tarama ve çok boyutlu moleküler modelleme yöntemleri ile p53-MDM2 potansiyel inhibitörlerinin belirlenmesi
Identification of p53-MDM2 potential inhibitors with virtual screening and multidimensional molecular modeling methods
GÜLŞAH AYDIN
Doktora
Türkçe
2020
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİNE YURTSEVER
PROF. DR. SERDAR DURDAĞI
- In silico identification of potential inhibitors targeting n terminal of human replication protein a for cancer therapy
Kanser tedavisi için insan replikasyon protein a n-terminal bölgesini hedefleyen potansiyel inhibitörlerin in silico tanımlanması
SÜLEYMAN SELİM ÇINAROĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyoteknolojiAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiDOÇ. DR. EMEL TİMUÇİN