Geri Dön

Hidrofobik-polar model protenlerin konformasyon uzaylarının incelenmesi

Investigation of the conformational space of hydrophobic-polar model proteins

PDF İndir

  1. Tez No: 323235
  2. Yazar: BUKET TAŞDİZEN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. HANDAN OLĞAR
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, İstatistik, Polimer Bilim ve Teknolojisi, Biophysics, Statistics, Polymer Science and Technology
  6. Anahtar Kelimeler: AB protein modeli, multikanonik algoritma, 3 boyutlu konformasyon uzayı, dönme tensörü, anizotropi, küresel olmama durumu parametresi, AB protein models, multicanonical algorithm, 3-d configuration space, gyration tensor, anisotropy, asphericity
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Proteinlerin potansiyel enerji yüzeyleri çok sayıda bölgesel minimum, bariyerler ve topolojik şekillerden oluşur. Proteinin doğal yapısı en düşük enerjiye sahip olduğu için, özellikle yerel minimuma yakın olan enerjiler çok önemlidir, çünkü potansiyel enerji yüzeyi sistemin davranışını tanımlar. Proteinlerin 3 boyutlu konformasyon uzayı yapısının iri taneli örgü dışı bir protein modeli olan AB model ile multikanonik algoritma kullanılarak araştırılması dizilimlerin serbest enerji yüzeyleri ve katlanma karakteristikleri hakkında bilgi verir. Bu çalışmada farklı heteropolimerlerin önce dönme yarıçapı ile konformasyon uzayları çalışılmış, daha sonra dönme tensörü özdeğerlerinden yararlanılarak yazılan küresel olmama durumu ve anizotropi gibi yeni parametreler tanımlanmıştır. Tanımlanan yeni parametrelerle dönme yarıçapıyla elde edilen verilere destekleyici bilgiler bulunmuştur. Gerçek proteinlerden ve yapay peptitlerden bilinen katlanma karakteristikleri gözlemlenmiştir.

Özet (Çeviri)

The configuration space of proteins presents a complex energy profile consisting of numerous local minima, barriers and further topological features. The topography of the energy landscape, especially near the global minimum is of particular importance; this is because the potential energy surface defines the behavior of the system. Within the frame of an effective, coarse-grained hydrophobic-polar protein model, we employ multicanonical algorithm to investigate free-energy landscapes and folding channels. The obtained pictures serve as a useful tool for visualization of the funnel-like structure of considered systems in the configuration space.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    721380

    Predicting novel small inhibitors of SARS-CoV-2: Targeting SARS-CoV-2 spike protein, human ACE2 protein and SARS-CoV-2 NsP16 via molecular docking

    SARS-CoV-2 için yeni küçük inhibitör moleküllerin tahmini: Moleküler yanaştırma yöntemiyle SARS-CoV-2 spike proteini, insan ACE2 proteini ve SARS-CoV-2 NsP16 hedeflenmesi

    ONUR ÖZER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    DOÇ. DR. MERT GÜR

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY

  2. Tez No

    285032

    Hidrofobik-polar model proteinlerin farklı yüzeylere adsorpsiyonunun incelenmesi

    Investigation of the adsorption of hydrophobic-polar model proteins on different surfaces

    HAKAN ALABOZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Fizik ve Fizik MühendisliğiAnkara Üniversitesi

    Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HANDAN OLĞAR

  3. Tez No

    374292

    Protein yapısının yapay arı kolonisi algoritması ile tahmini

    Protein structure prediction with artificial bee colony algorithm

    TURGAY BATBAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolErciyes Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. CELAL ÖZTÜRK

  4. Tez No

    270434

    Computational prediction of protein-protein interactions in sphingolipid signaling network

    Sfingolipid sinyal ağındaki protein-protein etkikleşimlerinin hesapsal tahmini

    YASEMEN GÜNGÖRMEZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyoteknolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. KUTLU ÖZERGİN ÜLGEN

    YRD. DOÇ. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ

  5. Tez No

    392991

    Artificial intelligence based methods for the solution of protein folding problem by using coarse-grained lattice and off-lattice models

    Protein katlanma probleminin çözümü için kaba-taneli kafes ve kafes-dışı modelleri kullanan yapay zeka tabanlı yöntemler

    BERAT DOĞAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Elektronik ve Haberleşme Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TAMER ÖLMEZ

Geri Dön