G PROTEİNİ BETA/GAMA ALT BİRİMİNİN ÜÇÜNCÜL YAPISININ HOMOLOJİ (BENZEŞİM) MODELLEMESİ İLE BELİRLENMESİ
DETERMINING THE TERTIARY STRUCTURE OF BETA/GAMMA SUBUNITS OF G PROTEIN USING HOMOLOGY MODELLING
- Tez No: 310159
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CEVDET NACAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyofizik, Biophysics
- Anahtar Kelimeler: Benzetim, Benzetim tekniği, Bilgisayar yazılımları, G proteinleri, Moleküler dinamik benzetimi, Proteinler, Simulation, Simulation technique, Computer softwares, G proteins, Molecular dynamic simulation, Proteins
- Yıl: 2012
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyofizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Bu çalışmada, hücre içi sinyal iletiminde rol alan ve daha çok merkezi sinir sisteminde bulunan insan Go proteininin ?, ß ve ? altbirimlerinin yapısı benzeşim modellemesi ile modellendi. Elde edilen model daha sonra yapılması planlanan teorik yapı işlev çalışmalarında kullanılacaktır.Benzeşim modellemesi için MODELLER yazılımı kullanıldı. Kalıp dizileri olarak sıçan ve sığır proteinlerinin birleşiminden oluşa kimerik protein dizisi (PDB ID: 3AH8) ve insan protein dizisi (PDB ID: 2QNS) kullanıldı. Elde edilen en iyi modelin enerjisi moleküler dinamik simülasyon yöntemi kullanılarak minimize edildi. Enerji minimizasyonu için NAMD yazılımı kullanıldı.Elde edilen ß? dimer ve ?ß? heterotrimer üçüncül yapıların, X-ışını kristalografisinden elde edilen benzer protein yapıları ile uyumlu olduğu görüldü.
Özet (Çeviri)
In this study, tertiary structure of ?, ß and ? subunits of human Go protein which plays an important role in signal transduction and is found mostly in central nervous system was modelled by homology modelling. The tertiary structure obtained from modelling will be used for further studies on structure and function studies.Homology modelling was done by MODELLER. Chimeric rat/bovine (PDB ID: 3AH8) and human protein (PDB ID: 2QNS) sequences were used as template sequences. Energy of the best model was minimized by molecular dynamic simulation using NAMD.Tertiary structures of ß? dimer ve ?ß? heterotrimer are highly consistent with the tertiary structures obtained by X-ray crystallography.
Benzer Tezler
- Antakya tarihi ticaret merkezi mekansal yapı değişim ve gelişim sürecinin kent ticaret merkezi planlamasına etkinliği
The Effectiveness of spatial structural chance and development period of the historical trade center of Antakya in the urban trade planning
NEVİN TURGUT
Yüksek Lisans
Türkçe
1986
Şehircilik ve Bölge PlanlamaGazi ÜniversitesiŞehir ve Bölge Planlama Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NURCAN UYDAŞ
- Landsat uydusu aracılığı ile elde edilen görüntülerin sınıflandırılmaları ve bunlara ilişkin bilgisayar programlarının hazırlanması
Başlık çevirisi yok
G. FERZAN KÜÇÜKA
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolEge ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HALİS PÜSKÜLCÜ
- Meniere hastalığında endolenfatik kese cerrahisi
Endolymphatic sac surgery in meniere's disease
NEBİL GÖKSU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1987
Kulak Burun ve BoğazGazi ÜniversitesiKulak Burun Boğaz Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NECMETTİN AKYILDIZ
- 7-14 yaş grubu çocuklarının karşılaştıkları trafik kazaları ve bunlara uygulanan trafik eğitimi
Başlık çevirisi yok
METLİBAN KUŞHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
UlaşımGazi ÜniversitesiKazaların Çevresel ve Teknik Araştırması Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. EYÜP G. İSPİR